Glycopeptide identification using liquid-chromatography-compatible hot electron capture dissociation in a radio-frequency-quadrupole ion trap

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 4, 2013, Pages 2056-2063

  Manri, Naomi ^a   Satake, Hiroyuki ^a   Kaneko, Akihito ^a   Hirabayashi, Atsumu ^a   Baba, Takashi ^a,b   Sakamoto, Takeshi ^a  

^a HITACHI LTD   (Japan)

^b MDS SCIEX   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTRON CAPTURE DISSOCIATION; ELECTRON ENERGIES; GLYCANS; GLYCOPEPTIDES; GLYCOPROTEOMICS; HOT ELECTRON CAPTURE DISSOCIATIONS; ION TRAPS; N-GLYCAN; N-GLYCANS; N-LINKED; NANO-LC; PRECURSOR IONS; SEQUENCE COVERAGES;

DISSOCIATION; ELECTRON ENERGY LEVELS; EXPERIMENTS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETERS;

PEPTIDES;

EGG PROTEIN; GLYCOPEPTIDE; ION; METALLOPROTEINASE; PEPTIDYL LYS METALLOENDOPEPTIDASE; PEPTIDYL-LYS METALLOENDOPEPTIDASE; TRANSFERRIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; ARTICLE; CHEMISTRY; CHICKEN; EQUIPMENT; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; CHICKENS; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; EGG PROTEINS; GLYCOPEPTIDES; HUMANS; IONS; METALLOENDOPEPTIDASES; MOLECULAR SEQUENCE DATA; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TRANSFERRINS;

EID: 84874103116     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac301834t     Document Type: Article

References (49)

1. Apweiler, R.; Hermjakob, H.; Sharon, N. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1473, 4-8
2. Okuyama, N.; Ide, Y.; Nakano, M.; Nakagawa, T.; Yamanaka, K.; Moriwaki, K.; Murata, K.; Ohigashi, H.; Yokoyama, S.; Eguchi, H.; Ishikawa, O.; Ito, T.; Katao, M.; Kasahara, A.; Kawano, S.; Gu, J.; Taniguchi, N.; Miyoshi, T. Int. J. Cancer 2006, 118, 2803-2808
3. Kyselova, Z.; Mechref, Y.; Al Bataineh, M. M.; Dobrolecki, L. E.; Hickey, R. J.; Vinson, J.; Sweeney, C. J.; Novotny, M. V. J. Proteome Res. 2007, 6, 1822-1832
4. Pan, S.; Chen, R.; Aebersold, R.; Brentnall, T. A. Mol. Cell. Proteomics 2011, R110.003251
5. Amano, M.; Nishimura, S.-I. Methods Enzymol. 2010, 478, 109-125
6. Alley, W. R., Jr.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23, 161-170
7. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
8. Mirgorodskaya, E.; Roepstorff, P.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 1999, 71, 4431-4436
9. Haselmann, K. F.; Budnik, B. A.; Olsen, J. V.; Nielsen, M. L.; Reis, C. A.; Clausen, H.; Johnsen, A. H.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 2001, 73, 2998-3005
10. HaÌŠkansson, K.; Cooper, H. J.; Emmett, M. R.; Costello, C. E.; Marshall, A. G.; Nilsson, C. L. Anal. Chem. 2001, 73, 4530-4536
11. Kjeldsen, F.; Budnik, B. A.; Haselmann, K. F.; Jensen, F.; Zubarev, R. A. Chem. Phys. Lett. 2002, 356, 201-206
12. Zubarev, R. A. Mass Spectrom. Rev. 2003, 22, 57-77
13. HaÌŠkansson, K.; Chalmers, M. J.; Quinn, J. P.; McFarland, M. A.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2003, 75, 3256-3262
14. Cooper, H. J.; HaÌŠkansson, K.; Marshall, A. G. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 201-222
15. Renfrow, M. B.; Cooper, H. J.; Tomana, M.; Kulhavy, R.; Hiki, Y.; Toma, K.; Emmett, M. R.; Mestecky, J.; Marshall, A. G.; Novak, J. J. Biol. Chem. 2005, 280, 19136-19145
16. Adamson, J. T.; HaÌŠkansson, K. J. Proteome Res. 2006, 5, 493-501
17. Vosseller, K.; Trinidad, J. C.; Chalkley, R. J.; Specht, C. G.; Thalhammer, A.; Lynn, A. J.; Snedecor, J. O.; Guan, S.; Medzihradszky, K. F.; Maltby, D. A.; Schoepfer, R.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 923-934
18. Renfrow, M. B.; Mackay, C. L.; Chalmers, M. J.; Julian, B. A.; Mestecky, J.; Kilian, M.; Poulsen, K.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G.; Novak, J. Anal. Bioanal. Chem. 2007, 389, 1397-1407
19. Deguchi, K.; Ito, H.; Baba, T.; Hirabayashi, A.; Nakagawa, H.; Fumoto, M.; Hinou, H.; Nishimura, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 691-698
20. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
21. Coon, J. J.; Ueberheide, B.; Syka, J. E. P.; Dryhust, D. D.; Ausio, J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 9463-9468
22. Hogan, J. M.; Pitteri, S. J.; Chrisman, P. A.; McLuckey, S. A. J. Proteome Res. 2005, 4, 628-632
23. Schroeder, M. J.; Webb, D. J.; Shabanowitz, J.; Horwitz, A. F.; Hunt, D. F. J. Proteome Res. 2005, 4, 1832-1841
24. Catalina, M. I.; Koeleman, C. A.; Deelder, A. M.; Wuhrer, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 1053-1061
25. Wu, S. L.; Hühmer, A. F.; Hao, Z.; Karger, B. L. J. Proteome Res. 2007, 6, 4230-4244
26. Wuhrer, M.; Stam, J. C.; van de Geijn, F. E.; Koeleman, C. A.; Verrips, C. T.; Dolhain, R. J.; Hokke, C. H.; Deelder, A. M. Proteomics 2007, 7, 4070-4081
27. Darula, Z.; Medzihradszky, K. F. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2515-2526
28. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Wirtala, M.; Schwartz, J. C.; Syka, J. E.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 477-485
29. Horn, D. M.; Ge, Y.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 4778-4784
30. Takahashi, K.; Wall, S. B.; Suzuki, H.; Smith, A. D., 4th; Hall, S.; Poulsen, K.; Kilian, M.; Mobley, J. A.; Julian, B. A.; Mestecky, J.; Novak, J.; Renfrow, M. B. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2545-2557
31. Satake, H.; Hasegawa, H.; Hirabayashi, A.; Hashimoto, Y.; Baba, T. Anal. Chem. 2007, 79, 8755-8761
32. Yoshimura, Y.; Matsushita, T.; Fujitani, N.; Takegawa, Y.; Fujihira, H.; Naruchi, K.; Gao, X.-D.; Manri, N.; Sakamoto, T.; Kato, K.; Hinou, H.; Nishimura, S.-I. Biochemistry 2010, 49, 5929-5941
33. Hashimoto, R.; Fujitani, N.; Takegawa, Y.; Kurogochi, M.; Matsushita, T.; Naruchi, K.; Ohyabu, N.; Hinou, H.; Gao, X.-D.; Manri, N.; Satake, H.; Kaneko, A.; Sakamoto, T.; Nishimura, S.-I. Chem.-Eur. J. 2011, 17, 2393-2404
34. Manri, N.; Takegawa, Y.; Fujitani, N.; Kaneko, A.; Hirabayashi, A.; Nishimura, S.-I.; Sakamoto, T. Anal. Sci. 2012, 28, 723-727
35. Deguchi, K.; Ito, H.; Takegawa, Y.; Nagai, S.; Nakagawa, H.; Nishimura, S.-I. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 741-746
36. Satomi, Y.; Shimonishi, Y.; Takao, T. FEBS Lett. 2004, 576, 51-56
37. Mormann, M.; Paulsen, H.; Peter-Katalinić, J. Eur. J. Mass Spectrom. 2005, 11, 497-511
38. Spik, G.; Bayard, B.; Fournet, B.; Strecker, G.; Bouquelet, S.; Montreuil, J. FEBS Lett. 1975, 50, 296-299
39. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2857-2862
40. Spik, G.; Debruyne, V.; Montreuil, J.; van Halbeek, H.; Vliegenthart, J. F. FEBS Lett. 1985, 183, 65-69
41. Campion, B.; Léger, D.; Wieruszeski, J. M.; Montreuil, J.; Spik, G. Eur. J. Biochem. 1989, 184, 405-413
42. Han, L.; Costello, C. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 997-1013
43. Wolff, J. J.; Chi, L.; Linhardt, R. L.; Amster, I. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 234-244
44. Wolff, J. J.; Chi, L.; Linhardt, R. L.; Amster, I. J. Anal. Chem. 2007, 79, 2015-2022
45. Wolff, J. J.; Laremore, T. N.; Busch, A. M.; Linhardt, R. L.; Amster, I. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 790-798
46. Wolff, J. J.; Laremore, T. N.; Asiam, H.; Linhardt, R. L.; Amster, I. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1449-1458
47. Wolff, J. J.; Leach, F. E., III; Laremore, T. N.; Kaplan, D. A.; Easterling, M. L.; Linhardt, R. L.; Amster, I. J. Anal. Chem. 2010, 82, 3460-3466
48. Leach, F. E., III; Wolff, J. J.; Xiao, Z.; Ly, M.; Laremore, T. N.; Arungundram, S.; Al-Mafraji, K.; Venot, A.; Boons, G.-J.; Linhardt, R. L.; Amster, I. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 17, 167-176
49. Halim, A.; Nilsson, J.; Ruetschi, U.; Hesse, C.; Larson, G. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11 M111.013649