Silver clusters as both chromophoric reporters and DNA ligands

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 4, 2013, Pages 2183-2190

  Petty, Jeffrey T ^a   Giri, Banabihari ^a   Miller, Ian C ^a   Nicholson, David A ^a   Sergev, Orlin O ^a   Banks, Taylor M ^a   Story, Sandra P ^a  

^a FURMAN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTES; ATOM CLUSTERS; DNA STRANDS; DNA STRUCTURE; FLUORESCENCE ANISOTROPY; FLUORESCENCE CORRELATION SPECTROSCOPY; NEAR INFRARED; ONE-FACTOR; PHOTOPHYSICAL; RECOGNITION SITE; RED SHIFT; SILVER CLUSTER; STRUCTURAL STUDIES;

FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; INFRARED DEVICES; OLIGONUCLEOTIDES; SENSORS; STOICHIOMETRY;

DNA;

DNA; LIGAND; OLIGONUCLEOTIDE; SILVER;

ARTICLE; CHEMISTRY; METABOLISM; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; SPECTROFLUOROMETRY;

DNA; LIGANDS; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; OLIGONUCLEOTIDES; SILVER; SPECTROMETRY, FLUORESCENCE;

EID: 84874032981     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac303531y     Document Type: Article

References (73)

1. Wilcoxon, J. P.; Abrams, B. L. Chem. Soc. Rev. 2006, 35, 1162-1194
2. Parker, J. F.; Fields-Zinna, C. A.; Murray, R. W. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 1289-1296
3. Zheng, J.; Nicovich, P. R.; Dickson, R. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 409
4. Petty, J. T.; Zheng, J.; Hud, N. V.; Dickson, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5207-5212
5. Ritchie, C. M.; Johnsen, K. R.; Kiser, J. R.; Antoku, Y.; Dickson, R. M.; Petty, J. T. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 175-181
6. Sengupta, B.; Ritchie, C. M.; Buckman, J. G.; Johnsen, K. R.; Goodwin, P. M.; Petty, J. T. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 18776-18782
7. Neidig, M. L.; Sharma, J.; Yeh, H.-C.; Martinez, J. S.; Conradson, S. D.; Shreve, A. P. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 11837-11839
8. Soto-Verdugo, V.; Metiu, H.; Gwinn, E. J. Chem. Phys. 2010, 132, 195102
9. O'Neill, P. R.; Gwinn, E. G.; Fygenson, D. K. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 24061-24066
10. Gwinn, E. G.; O'Neill, P.; Guerrero, A. J.; Bouwmeester, D.; Fygenson, D. K. Adv. Mater. 2008, 20, 279-283
11. Richards, C. I.; Choi, S.; Hsiang, J.-C.; Antoku, Y.; Vosch, T.; Bongiorno, A.; Tzeng, Y.-L.; Dickson, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 5038-5039
12. Sharma, J.; Yeh, H. C.; Yoo, H.; Werner, J. H.; Martinez, J. S. Chem. Commun. 2010, 46, 3280-3282
13. Sengupta, B.; Springer, K.; Buckman, J. G.; Story, S. P.; Abe, O. H.; Hasan, Z. W.; Prudowsky, Z. D.; Rudisill, S. E.; Degtyareva, N. N.; Petty, J. T. J. Phys. Chem. C 2009, 113, 19518-19524
14. Driehorst, T.; O'Neill, P.; Goodwin, P. M.; Pennathur, S.; Fygenson, D. K. Langmuir 2011, 27, 8923-8933
15. Yang, S. W.; Vosch, T. Anal. Chem. 2011, 83, 6935-6939
16. Latorre, A.; Somoza, á. ChemBioChem 2012, 13, 951-958
17. Han, B. Y.; Wang, E. K. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 402, 129-138
18. Petty, J. T.; Story, S. P.; Juarez, S.; Votto, S. S.; Herbst, A. G.; Degtyareva, N. N.; Sengupta, B. Anal. Chem. 2012, 84, 356-364
19. Shah, P.; Rorvig-Lund, A.; Ben Chaabane, S.; Thulstrup, P. W.; Kjaergaard, H. G.; Fron, E.; Hofkens, J.; Yang, S. W.; Vosch, T. ACS Nano 2012, 6, 8803-8814
20. Lavis, L. D.; Raines, R. T. ACS Chem. Biol. 2008, 3, 142-155
21. Vosch, T.; Antoku, Y.; Hsiang, J.-C.; Richards, C. I.; Gonzalez, J. I.; Dickson, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 12616-12621
22. Patel, S. A.; Cozzuol, M.; Hales, J. M.; Richards, C. I.; Sartin, M.; Hsiang, J.-C.; Vosch, T.; Perry, J. W.; Dickson, R. M. J. Phys. Chem. C 2009, 113, 20264-20270
23. Richards, C. I.; Hsiang, J.-C.; Senapati, D.; Patel, S.; Yu, J.; Vosch, T.; Dickson, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4619-4621
24. Petty, J. T.; Fan, C.; Story, S. P.; Sengupta, B.; Sartin, M.; Hsiang, J.-C.; Perry, J. W.; Dickson, R. M. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 7996-8003
25. Pauli, J.; Vag, T.; Haag, R.; Spieles, M.; Wenzel, M.; Kaiser, W. A.; Resch-Genger, U.; Hilger, I. Eur. J. Med. Chem. 2009, 44, 3496-3503
26. Allen, P. M.; Liu, W.; Chauhan, V. P.; Lee, J.; Ting, A. Y.; Fukumura, D.; Jain, R. K.; Bawendi, M. G. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 470-471
27. Petty, J. T.; Fan, C.; Story, S. P.; Sengupta, B., St.; John Iyer, A.; Prudowsky, Z.; Dickson, R. M. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 2524-2529
28. Chance, B. Ann. N.Y. Acad. Sci. 1998, 838, 29-45
29. Frangioni, J. V. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 626-634
30. Petty, J. T.; Sengupta, B.; Story, S. P.; Degtyareva, N. N. Anal. Chem. 2011, 83, 5957-5964
31. Li, J.; Zhong, X.; Zhang, H.; Le, X. C.; Zhu, J.-J. Anal. Chem. 2012, 84, 5170-5174
32. Chen, W.-Y.; Lan, G.-Y.; Chang, H.-T. Anal. Chem. 2011, 83, 9450-9455
33. Ntziachristos, V.; Bremer, C.; Weissleder, R. Eur. Radiol. 2003, 13, 195-208
34. Guo, W.; Yuan, J.; Dong, Q.; Wang, E. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 932-934
35. Guo, W.; Yuan, J.; Wang, E. Chem. Commun. 2011, 47, 10930-10932
36. Lan, G.-Y.; Chen, W.-Y.; Chang, H.-T. Biosens. Bioelectron. 2011, 26, 2431-2435
37. Sharma, J.; Yeh, H. C.; Yoo, H.; Werner, J. H.; Martinez, J. S. Chem. Commun. 2011, 47, 2294-2296
38. Li, J.; Zhong, X.; Cheng, F.; Zhang, J.-R.; Jiang, L.-P.; Zhu, J.-J. Anal. Chem. 2012, 84, 4140-4146
39. Guo, W.; Yuan, J.; Wang, E. Chem. Commun. 2009, 23, 3395-3397
40. Su, Y.-T.; Lan, G.-Y.; Chen, W.-Y.; Chang, H.-T. Anal. Chem. 2010, 82, 8566-8572
41. Hsin-Chih, Y.; Sharma, J.; Han, J. J.; Martinez, J. S.; Werner, J. H. IEEE Nanotechnol. Mag. 2011, 5, 28-33
42. Yeh, H.-C.; Sharma, J.; Shih, I.-M.; Vu, D. M.; Martinez, J. S.; Werner, J. H. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 11550-11558
43. Yeh, H. C.; Sharma, J.; Han, J. J.; Martinez, J. S.; Werner, J. H. Nano Lett. 2010, 10, 3106-3110
44. Nichols, B. P.; Donelson, J. E. J. Virol. 1978, 26, 429-434
45. Li, J.; Schachermeyer, S.; Wang, Y.; Yin, Y.; Zhong, W. Anal. Chem. 2009, 81, 9723-9729
46. Owczarzy, R.; Tataurov, A. V.; Wu, Y.; Manthey, J. A.; McQuisten, K. A.; Almabrazi, H. G.; Pedersen, K. F.; Lin, Y.; Garretson, J.; McEntaggart, N. O.; Sailor, C. A.; Dawson, R. B.; Peek, A. S. Nucleic Acids Res. 2008, 36, W163-W169
47. Bloomfield, V. A.; Crothers, D. M.; Tinoco, J. I. Nucleic Acids: Structures, Properties, and Functions; University Science Books: Sausalito, CA, 2000.
48. Brown, D. M.; Gray, D. M.; Patrick, M. H.; Ratliff, R. L. Biochemistry 1985, 24, 1676-1683
49. Gueron, M.; Leroy, J. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 326-331
50. Goldberg, R. N.; Kishore, N.; Lennen, R. M. J. Phys. Chem. Ref. Data 2002, 31, 231-370
51. Leroy, J. L.; Gehring, K.; Kettani, A.; Gueron, M. Biochemistry 1993, 32, 6019-6031
52. Doose, S.; Barsch, H.; Sauer, M. Biophys. J. 2007, 93, 1224-1234
53. Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy; 3rd ed.; Springer: New York, 2006.
54. Rye, H. S.; Yue, S.; Wemmer, D. E.; Quesada, M. A.; Haugland, R. P.; Mathies, R. A.; Glazer, A. N. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 2803-2812
55. Bordelon, J. A.; Feierabend, K. J.; Siddiqui, S. A.; Wright, L. L.; Petty, J. T. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4838-4843
56. Vallone, P. M.; Paner, T. M.; Hilario, J.; Lane, M. J.; Faldasz, B. D.; Benight, A. S. Biopolymers 1999, 50, 425-442
57. Ivanova, O. S.; Zamborini, F. P. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 70-72
58. Manning, G. S. Q. Rev. Biophys. 1978, 11, 179-246
59. Nakamura, M.; Fukunaga, Y.; Sasa, K.; Ohtoshi, Y.; Kanaori, K.; Hayashi, H.; Nakano, H.; Yamana, K. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 5887-5895
60. Juskowiak, B.; Galezowska, E.; Zawadzka, A.; Gluszynska, A.; Takenaka, S. Spectrochim. Acta, Part A 2006, 64, 835-843
61. Phan, A. T.; Gueron, M.; Leroy, J. L. Methods Enzymol. 2001, 338, 341-371
62. Bonacic-Koutecky, V.; Veyret, V.; Mitric, R. J. Chem. Phys. 2001, 115, 10450-10460
63. Schultz, D.; Gwinn, E. G. Chem. Commun. 2012, 48, 5748-5750
64. Tyagi, S.; Kramer, F. R. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 303-308
65. Kulesza, A.; Mitrić, R.; Bonačić-Koutecký, V.; Bellina, B.; Compagnon, I.; Broyer, M.; Antoine, R.; Dugourd, P. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 878-881
66. Lippert, B. Coord. Chem. Rev. 2000, 200-202, 487-516
67. Varani, G. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995, 24, 379-404
68. Müller, J. Eur. J. Inorg. Chem. 2008, 2008, 3749-3763
69. Miyake, Y.; Togashi, H.; Tashiro, M.; Yamaguchi, H.; Oda, S.; Kudo, M.; Tanaka, Y.; Kondo, Y.; Sawa, R.; Fujimoto, T.; Machinami, T.; Ono, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2172-2173
70. Wang, Y.; Li, J.; Wang, H.; Jin, J.; Liu, J.; Wang, K.; Tan, W.; Yang, R. Anal. Chem. 2010, 82, 6607-6612
71. Tsourkas, A.; Behlke, M. A.; Rose, S. D.; Bao, G. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 1319-1330
72. Guo, J.; Kumar, S.; Bolan, M.; Desireddy, A.; Bigioni, T. P.; Griffith, W. P. Anal. Chem. 2012, 84, 5304-5308
73. O'Neill, P. R.; Velazquez, L. R.; Dunn, D. G.; Gwinn, E. G.; Fygenson, D. K. J. Phys. Chem. C 2009, 113, 4229-4233