Protein-ligand binding from distancefield distances and Hamiltonian replica exchange simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 2, 2013, Pages 883-892

  De Ruiter, Anita ^a   Oostenbrink, Chris ^a  

^a UNIVERSITY OF NATURAL RESOURCES AND LIFE SCIENCES   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84873616507     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300967a     Document Type: Article

References (48)

1. Buch, I.; Giorgino, T.; De Fabritiis, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 10184-10189
2. Dror, R. O.; Pan, A. C.; Arlow, D. H.; Borhani, D. W.; Maragakis, P.; Shan, Y.; Xu, H.; Shaw, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 13118-13123
3. Kirkwood, J. G. J. Chem. Phys. 1935, 3, 300
4. Zwanzig, R. W. J. Chem. Phys. 1954, 22, 1420
5. Åqvist, J.; Medina, C.; Samuelsson, J.-E. Protein Eng. 1994, 7, 385-391
6. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889-897
7. Beveridge, D. L.; DiCapua, F. M. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1989, 18, 431-492
8. Kollman, P. Chem. Rev. 1993, 93, 2395-2417
9. Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1997, 72, 1047-1069
10. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
11. Woo, H.-J.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 6825-6830
12. Hajjar, E.; Perahia, D.; Débat, H.; Nespoulous, C.; Robert, C. H. J. Biol. Chem. 2006, 281, 29929-29937
13. Doudou, S.; Burton, N. A.; Henchman, R. H. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 909-918
14. Fukunishi, Y.; Mitomo, D.; Nakamura, H. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 1944-1951
15. Mitomo, D.; Fukunishi, Y.; Higo, J.; Nakamura, H. Genome Inf. Ser. 2009, 23, 85-97
16. Huber, T.; Torda, A. E.; Van Gunsteren, W. F. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994, 8, 695-708
17. Hansen, H. S.; Hünenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1-23
18. Branduardi, D.; Gervasio, F. L.; Cavalli, A.; Recanatini, M.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9147-9155
19. Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2600-2607
20. Masetti, M.; Cavalli, A.; Recanatini, M.; Gervasio, F. L. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4807-4816
21. Zhang, Y.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2277-2283
22. Söderhjelm, P.; Tribello, G. A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 5170-5175
23. Darve, E.; Rodríguez-Gómez, D.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 144120
24. Hénin, J.; Fiorin, G.; Chipot, C.; Klein, M. L. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 35-47
25. Colizzi, F.; Perozzo, R.; Scapozza, L.; Recanatini, M.; Cavalli, A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7361-7371
26. Xiong, H.; Crespo, A.; Marti, M.; Estrin, D.; Roitberg, A. Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 338-346
27. Wereszczynski, J.; McCammon, J. A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3285-3292
28. Kokubo, H.; Tanaka, T.; Okamoto, Y. J. Comput. Chem. 2011, 32, 2810-2821
29. Oostenbrink, C.; De Ruiter, A.; Hritz, J.; Vermeulen, N. Curr. Drug Metab. 2012, 13, 190-196
30. Sugita, Y.; Kitao, A.; Okamoto, Y. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6042-6051
31. Singh, R. K.; Ethayathulla, A. S.; Jabeen, T.; Sharma, S.; Kaur, P.; Singh, T. P. J. Drug Targeting 2005, 13, 113-119
32. Dijkstra, E. W. Numer. Math. 1959, 1, 269-271
33. Hünenberger, P. H. AIP Conf. Proc. 1999, 492, 17-83
34. Christen, M.; Kunz, A.-P. E.; Van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 8488-8498
35. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
36. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151
37. Boresch, S.; Tettinger, F.; Leitgeb, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9535-9551
38. Schmid, N.; Christ, C. D.; Christen, M.; Eichenberger, A. P.; Van Gunsteren, W. F. Comput. Phys. Commun. 2012, 183, 890-903
39. Schmid, N.; Eichenberger, A. P.; Choutko, A.; Riniker, S.; Winger, M.; Mark, A. E.; Van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2011, 40, 843-856
40. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981; Vol. 11, pp 331-342.
41. Bekker, H.; Van Den Berg, J. P.; Wassenaar, T. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1037-1046
42. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
43. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
44. Heinz, T. N.; Van Gunsteren, W. F.; Hünenberger, P. H. J. Chem. Phys. 2001, 115, 1125
45. Schevitz, R. W.; Bach, N. J.; Carlson, D. G.; Chirgadze, N. Y.; Clawson, D. K.; Dillard, R. D.; Draheim, S. E.; Hartley, L. W.; Jones, N. D.; Mihelich, E. D. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 458-465
46. Hansen, H. S.; Daura, X.; Hünenberger, P. H. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2598-2621
47. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford University Press: Oxford, U. K., 1987.
48. Rathore, N.; Chopra, M.; De Pablo, J. J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 024111