Molecular Basis for Sequence-Dependent Induced DNA Bending

ChemBioChem

Volumn 14, Issue 3, 2013, Pages 323-331

  Rettig, Michael ^a   Germann, Markus W ^a   Wang, Shuo ^a   Wilson, W David ^a  

^a GEORGIA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

DNA structures; Ligand binding DNA bending; NMR spectroscopy

Indexed keywords

CONGOCIDINE; CURVED DNA;

ARTICLE; COMPLEX FORMATION; CONFORMATION; CONTROLLED STUDY; DNA SEQUENCE; DNA STRUCTURE; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR RECOGNITION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PRIORITY JOURNAL;

BASE SEQUENCE; DNA; LIGANDS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NETROPSIN; NUCLEIC ACID CONFORMATION;

EID: 84873438800     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.201200706     Document Type: Article

References (43)

1. E. P. Bishop, R. Rohs, S. C. J. Parker, S. M. West, P. Liu, R. S. Mann, B. Honig, T. D. Tullius, ACS Chem. Biol. 2011, 6, 1314-1320.
2. R. Rohs, S. M. West, A. Sosinsky, P. Liu, R. S. Mann, B. Honig, Nature 2009, 461, 1248-1253.
3. D. Watkins, S. Mohan, G. B. Koudelka, L. D. Williams, J. Mol. Biol. 2010, 396, 1145-1164.
4. J. P. Peters, N. A. Becker, E. M. Rueter, Z. Bajzer, J. D. Kahn, L. J. Maher III, Methods Enzymol. 2011, 488, 287-335.
5. A. I. Dragan, P. L. Privalov, Methods Enzymol. 2008, 450, 185-199.
6. A. S. Petrov, S. C. Harvey, Biophys. J. 2008, 95, 497-502.
7. S. Stella, D. Cascio, R. C. Johnson, Genes Dev. 2010, 24, 814-826.
8. M. S. Luijsterburg, M. C. Noom, G. J. L. Wuite, R. T. Dame, J. Struct. Biol. 2006, 156, 262-272.
9. D. M. Crothers, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 15163-15165.
10. Z. Wu, M. Maderia, J. J. Barchi, Jr., V. E. Marquez, A. Bax, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 24-28.
11. B. Chen, J. Young, F. Leng, Biochemistry 2010, 49, 1590-1595.
12. K. R. Fox, Nucleic Acids Res. 1992, 20, 6487-6493.
13. A. Abu-Daya, P. M. Brown, K. R. Fox, Nucleic Acids Res. 1995, 23, 3385-3392.
14. R. A. Hunt, M. Munde, A. Kumar, M. A. Ismail, A. A. Farahat, R. K. Arafa, M. Say, A. Batista-Parra, D. Tevis, D. W. Boykin, W. D. Wilson, Nucleic Acids Res. 2011, 39, 4265-4274.
15. H. Yuan, J. Quintana, R. E. Dickerson, Biochemistry 1992, 31, 8009-8021.
16. J. C. Marini, S. D. Levene, D. M. Crothers, P. T. Englund, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1983, 47, 279-283.
17. P. A. Kitchin, V. A. Klein, K. A. Ryan, K. L. Gann, C. A. Rauch, D. S. Kang, R. D. Wells, P. T. Englund, J. Biol. Chem. 1986, 261, 11302-11309.
18. B. M. Cons, K. R. Fox, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1990, 171, 1064-1070.
19. W. D. Wilson, F. A. Tanious, A. Mathis, D. Tevis, J. E. Hall, D. W. Boykin, Biochimie 2008, 90, 999-1014.
20. D. M. Crothers, J. Drak, M. J. L. David, E. D. James, Methods Enzymol. 1992, 212, 46-71.
21. S. Diekmann, M. J. L. David, E. D. James, Methods Enzymol. 1992, 212, 30-46.
22. E. D. Ross, R. B. Den, P. R. Hardwidge, L. J. Maher III, Nucleic Acids Res. 1999, 27, 4135-4142.
23. A. S. Maki, T. W. Kim, E. T. Kool, Biochemistry 2004, 43, 1102-1110.
24. D. S. Tevis, A. Kumar, C. E. Stephens, D. W. Boykin, W. D. Wilson, Nucleic Acids Res. 2009, 37, 5550-5558.
25. N. V. Hud, J. Feigon, Biochemistry 2002, 41, 9900-9910.
26. A. V. Fratini, M. L. Kopka, H. R. Drew, R. E. Dickerson, J. Biol. Chem. 1982, 257, 14686-14707.
27. S. Wang, M. Munde, S. M. Wang, W. D. Wilson, Biochemistry 2011, 50, 7674-7683.
28. W. D. Wilson, B. Nguyen, F. A. Tanious, A. Mathis, J. E. Hall, C. E. Stephens, D. W. Boykin, Curr. Med. Chem. Anti-cancer Agents 2005, 5, 389-408.
29. K. Wüthrich in NMR of Proteins and Nucleic Acids, Wiley, New York, 1986, pp. 203-233.
30. M. Rettig, M. W. Germann, M. A. Ismail, A. Batista-Parra, M. Munde, D. W. Boykin, W. D. Wilson, J. Phys. Chem. B 2012, 116, 5620-5627.
31. T. D. Goddard, D. G. Kneller, SPARKY 3, University of California, San Francisco, 2008.
32. W. Saenger, Principles of Nucleic Acid Structure, Springer, New York, 1984.
33. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, D. A. Pearlman, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, K. F. Wong, F. Paesani, X. Wu, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, D. H. Mathews, C. Schafmeister, W. S. Ross, P. A. Kollman, Amber 9, University of California, San Francisco, 2006.
34. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, Gaussian 03, Gaussian, Inc., Wallingford, 2003.
35. A. Pérez, I. Marchan, D. Svozil, J. Sponer, T. E. Cheatham III, C. A. Laughton, M. Orozco, Biophys. J. 2007, 92, 3817-3829.
36. P. Athri, W. D. Wilson, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 7618-7625.
37. J. M. Wang, R. M. Wolf, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, D. A. Case, J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174.
38. R. Lavery, M. Moakher, J. H. Maddocks, D. Petkeviciute, K. Zakrzewska, Nucleic Acids Res. 2009, 37, 5917-5929.
39. V. Sklenar, J. Kypr, A. Bax, G. Zon, M. Vorlickova, Int. J. Biol. Macromol. 1989, 11, 273-277.
40. E. Suzuki, N. Pattabiraman, G. Zon, T. L. James, Biochemistry 1986, 25, 6854-6865.
41. G. Gupta, M. H. Sarma, M. M. Dhingra, R. H. Sarma, M. Rajagopalan, V. Sasisekharan, J. Biomol. Struct. Dyn. 1983, 1, 395-416.
42. D. J. Kerwood, G. Zon, T. L. James, Eur. J. Biochem. 1991, 197, 583-595.
43. N. Assa-Munt, D. R. Kearns, Biochemistry 1984, 23, 791-796.