Ion cooperativity and the effect of salts on polypeptide structure - A molecular dynamics study of BBA5 in salt solutions

Faraday Discussions

Volumn 160, Issue , 2013, Pages 191-206

  Xie, Wen Jun ^a   Gao, Yi Qin ^a  

^a PEKING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

INORGANIC SALT; PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; SOLUTION AND SOLUBILITY;

HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; SALTS; SOLUTIONS;

EID: 84872841393     PISSN: 13596640     EISSN: 13645498     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2fd20065a     Document Type: Article

References (54)

1. F. Hofmeister Naunyn-Schmiedebergs Arch. Pharmacol. 1888 24 247
2. R. L. Baldwin Biophys. J. 1996 71 2056
3. S. N. Timasheff Adv. Protein Chem. 1998 51 355
4. H. S. Frank F. J. Franks Chem. Phys. 1968 48 4746
5. K. A. Dill T. M. Truskett V. Vlachy B. Hribar-Lee Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2005 34 173
6. W. Kunz J. Henle B. W. Ninham Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2004 9 19
7. F. Franks Biophys. Chem. 2002 96 117
8. T. Arakawa S. N. Timasheff Biochemistry 1982 21 6545
9. T. Arakawa R. Bhat S. N. Timasheff Biochemistry 1990 29 1914
10. M. V. Athawale S. Sarupria S. J. Garde J. Phys. Chem. B 2008 112 5661
11. M. T. Record W. Zhang C. F. Anderson Adv. Protein Chem. 1998 51 281
12. Y. Zhang P. J. Cremer Annu. Rev. Phys. Chem. 2010 61 63
13. Y. Zhang P. J. Cremer J. Am. Chem. Soc. 2005 127 14505
14. L. M. Pegram M. T. J. Record Jr. J. Phys. Chem. B 2007 111 5411
15. Y. Cho Y. Zhang T. Christensen L. B. Sagle A. Chilkoti P. J. Cremer J. Phys. Chem. B 2008 112 13765
16. Y. Zhang P. S. Cremer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 15249
17. A. W. Omta M. F. Kropman S. Woutersen H. J. Bakker Science 2003 301 347
18. K. J. Tielrooij N. Garcia-Araez M. Bonn H. Bakker Science 2010 328 1006
19. R. Struis J. Debleijser J. C. Leyte J. Phys. Chem. 1989 93 7943
20. J. E. Enderby Chem. Soc. Rev. 1995 24 159
21. W. Wachter S. Fernandez R. Buchner G. J. Hefter J. Phys. Chem. B 2007 111 9010
22. K. D. Collins Methods 2004 34 300
23. K. D. Collins M. W. Q. Washabaugh Q. Rev. Biophys. 1985 18 323
24. D. A. Turton J. Hunger G. Hefter R. Buchner K. J. Wynne Chem. Phys. 2008 128 161102
25. C. P. Schwartz J. S. Uejio A. M. Duffin A. H. England D. N. Kelly D. Prendergast R. J. Saykally Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 14008
26. L. I. N. Tome M. Jorge J. R. B. Gomes J. A. P. J. Coutinho J. Phys. Chem. B 2010 114 16450
27. C. P. Schneider D. Shukla B. L. J. Trout J. Phys. Chem. B 2011 115 7447
28. C. H. Wang Y. Ge J. Mortensen P. Westh J. Phys. Chem. B 2011 115 9955
29. B. Hess N. F. A. van der Vegt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 13296
30. P. Jungwirth D. J. Tobias Chem. Rev. 2006 106 1259 1281
31. C. D. Wick I. F. W. Kuo C. J. Mundy L. X. Dang J. Chem. Theory Comput. 2007 3 2002
32. J. Heyda J. C. Vincent D. J. Tobias J. Dzubiella P. J. Jungwirth J. Phys. Chem. B 2010 114 1213
33. C. Caleman J. S. Hub P. J. van Maaren D. van der Spoel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 6838
34. L. J. Yang Y. Fan Y. Q. J. Gao J. Phys. Chem. B 2011 115 12456
35. Y. Q. Gao J. Phys. Chem. B 2011 115 12466 12472
36. A. S. Thomas A. H. Elcock J. Am. Chem. Soc. 2007 129 14887
37. J. J. Dzubiella J. Am. Chem. Soc. 2008 130 14000
38. R. Vacha P. Jurkiewicz M. Petrov M. L. Berkowitz R. A. Boeckmann J. Barucha-Kraszewska M. Hof P. J. Jungwirth J. Phys. Chem. B 2010 114 9504
39. P. Ganguly P. Schravendijk B. Hess N. F. A. J. van der Vegt J. Phys. Chem. B 2011 115 3734
40. M. Struthers J. J. Ottesen B. Imperiali Folding Des. 1998 3 95
41. S. Hwang Q. Shao W. Howard C. Hilty Y. Q. J. Gao J. Phys. Chem. B 2011 115 6653
42. J. M. Wang P. Cieplak P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 1049
43. H. J. C. Berendsen J. R. Grigera T. P. Straatsma J. Phys. Chem. 1987 91 6269
44. I. S. Joung T. E. Cheatham III J. Phys. Chem. B 2008 112 9020
45. U. C. Singh P. A. J. Kollman J. Comput. Chem. 1984 5 129 145
46. B. H. Besler K. M. Merz P. A. J. Kollman J. Comput. Chem. 1990 11 431 439
47. A. D. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 3098 3100
48. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B 1988 37 785 789
49. A. D. J. Becke Chem. Phys. 1993 98 1372 1377
50. R. A. Kendall T. H. Dunning R. J. J. Harrison Chem. Phys. 1992 96 6796 6806
51. E. Cances B. Mennucci J. J. Tomasi Chem. Phys. 1997 107 3032 3041
52. M. Cossi V. Barone B. Mennucci J. Tomasi Chem. Phys. Lett. 1998 286 253 260
53. B. Mennucci J. J. Tomasi Chem. Phys. 1997 106 5151 5158
54. H. Y. Wei Y. B. Fan Y. Q. J. Gao Phys. Chem. B 2010 112 9020