Adsorption of organic electron acceptors on graphene-like molecules: Quantum chemical and molecular mechanical study

Journal of Physical Chemistry C

Volumn 116, Issue 48, 2012, Pages 25328-25336

  Haldar, Susanta ^a,b   Kolář, Michal ^a,b   Sedlák, Róbert ^a,b   Hobza, Pavel ^a,c  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b CHARLES UNIVERSITY   (Czech Republic)

^c PALACKÝ UNIVERSITY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACCEPTOR COMPLEX; AQUEOUS ENVIRONMENT; CLUSTER MODELS; CORONENE; ELECTRON ACCEPTOR; GASPHASE; INTERACTION ENERGIES; MODEL SIZE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MOLECULAR MECHANICALS; NBO ANALYSIS; POTENTIAL OF MEAN FORCE; QUANTUM CHEMICAL; SOLVENT CONTRIBUTION; TETRACYANOETHYLENE; TETRACYANOQUINODIMETHANE; TRANSLATIONAL ENTROPIES; VIBRATIONAL ANALYSIS;

ADSORPTION; AMBER; ASSOCIATION REACTIONS; CHARGE TRANSFER; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM CHEMISTRY;

GRAPHENE;

EID: 84870786574     PISSN: 19327447     EISSN: 19327455     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3071162     Document Type: Article

References (56)

1. Novoselov, K. S.; Geim, A. K.; Morozov, S. V.; Jiang, D.; Zhang, Y.; Dubonos, S. V.; Grigorieva, I. V.; Firsov, A. A. Science 2004, 306, 666-669
2. Novoselov, K. S.; Geim, A. K.; Morozov, S. V.; Jiang, D.; Katsnelson, M. I.; Grigorieva, I. V.; Dubonos, S. V.; Firsov, A. A. Nature 2005, 438, 197-200
3. Tian, X.; Xu, j.; Wang, X. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 11377-11381
4. Lu, C. H.; Yang, H. H.; Zhu, C. L.; Chen, X.; Chen, G. N. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 4785-4787
5. Shan, C. S.; Yang, H. F.; Song, J. F.; Han, D. X.; Ivaska, A.; Niu, L. Anal. Chem. 2009, 81, 2378-2382
6. Baby, T. T.; Aravind, S. S. J.; Arockiadoss, T.; Rakhi, R. B.; Ramaprabhu, S. Sens. Actuators, B 2010, 145, 71-77
7. Zhang, Z.; Huang, H.; Yang, X.; Zang, L. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2897-2905
8. Ishikawa, R.; Bando, M.; Morimoto, Y.; Sandhu, A. Nanoscale Res. Lett. 2011, 6, 111
9. Chen, W.; Chen, S.; Qi, D. C.; Gao, X. Y.; Wee, A. T. S. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10418-10422
10. Lu, Y. H.; Chen, W.; Feng, Y. P.; He, P. M. J. Phys. Chem. Lett. 2009, 113, 2-5
11. Coletti, C.; Riedel, C.; Lee, D. S.; Krauss, B.; Patthey, L.; von Klitzing, K.; Smet, J. H.; Starke, U. Phys. Rev. B 2010, 81, 235401
12. Jeziorski, B.; Moszynski, R.; Szalewicz, K. Chem. Rev. 1994, 94, 1887-1930
13. Stone, J. A. Chem. Phys. Lett. 1993, 6, 101-109
14. Zhang, Y. H.; Zhou, K. G.; Xie, K. F.; Zeng, J.; Zhang, L. H.; Peng, Y. Nanotechnology 2010, 21, 065201
15. Munusamy, E.; Sedlák, R.; Hobza, P. ChemPhysChem 2011, 12, 3253-3261
16. Granatier, J.; Lazar, P.; Otyepka, M.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3743-3755
17. Sun, G.; Kurti, J.; Rajczy, P.; Kertesz, M.; Hafner, J.; Kresse, G. J. Mol. Struct. 2003, 624, 37-45
18. Anota, E. C.; Juarez, A. R.; Castro, M.; Cocoletzi, H. H. J. Mol. Model. 2012, 18, 2147-2152
19. Riley, K. E.; Pitoňák, M.; Jurečka, P.; Hobza, P. Chem. Rev. 2010, 110, 5023-5063
20. Jorgensen, W. L.; Buckner, J. K.; Boudon, S.; Tirado-Rives, J. J. Chem. Phys. 1988, 89, 3742-3746
21. Czaplewski, C.; Rodziewicz-Motowidło, S.; Liwo, A.; Ripoll, D.R.; Wawak, R. J.; Scheraga, H. A. Protein Sci. 2000, 9, 1235-1245
22. Czaplewski, C.; Kalinowski, S.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Mol. Phys. 2005, 103, 3153-3167
23. Podolsky, B. Phys. Rev. 1928, 32, 812-816
24. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566
25. Šponer, J.; Zgarbová, M.; Jurečka, P.; Riley, K. E.; Šponer, J. E.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1166-1179
26. Grimme, S.; Antony, J.; Ehrlich, S.; Krieg, H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104
27. Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149-5155
28. Elstner, M.; Poreza, G. D.; Jungnickel, G.; Elstner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260-7268
29. Wang, J. M.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174
30. Wang, J.; Wang, W.; Kolmann, P. A.; Case, D. A. J. Mol. Graphics Modell. 2006, 25, 247-260
31. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
32. Kroon-Batenburg, L. M. J.; van Duijneveldt, F. B. J. Mol. Struct. 1985, 121, 185
33. Řezáč, J.; Riley, K. E.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7 (8) 2427-2438
34. Grimme, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9095-9102
35. Steele, R. P.; DiStasio, R. A.; Gordon, M. H. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1560-1572
36. Janowski, T.; Ford, A. R.; Pulay, P. Mol. Phys. 2010, 108, 249-257
37. Ahlrichs, A.; Bar, M.; Haser, M.; Horn, H.; Kolmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-189
38. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A. Gaussian 09, Revision A.1; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
39. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, III, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W. AMBER 10; University of California: San Francisco, 2008.
40. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899-926
41. Fukui, K.; Yonezawa, T.; Shingu, H. J. Chem. Phys. 1952, 20, 722-725
42. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Rev. Comput. Chem. 1995, 6, 1-72
43. Klamt, A.; Schüürmann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993, 799-805
44. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6378-6396
45. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19824-19839
46. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
47. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
48. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
49. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
50. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268
51. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
52. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
53. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
54. Hess, B.; Kutzner, C.; Van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
55. Jurečka, P.; Šponer, J.; Černý, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985-1993
56. Steinmann, S. N.; Piemontesi, C.; Delachat, A.; Corminboeuf, C. J. Chem. Theory Comput. 2012, 9, 1626-1640