Revealing the absolute configuration of the CO and CN- ligands at the active site of a [NiFe] hydrogenase

ChemPhysChem

Volumn 13, Issue 17, 2012, Pages 3852-3856

  Rippers, Yvonne ^a   Horch, Marius ^a   Hildebrandt, Peter ^a   Zebger, Ingo ^a   Mroginski, Maria Andrea ^a  

^a TECHNISCHE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

Author keywords

configuration determination; hydrogenase; IR spectroscopy; metalloenzymes; molecular modeling

Indexed keywords

CARBON MONOXIDE; CYANIDE; HYDROGENASE; IRON; LIGAND; NICKEL; NICKEL IRON HYDROGENASE; NICKEL-IRON HYDROGENASE;

ARTICLE; CHEMISTRY; CRYSTALLOGRAPHY; CUPRIAVIDUS NECATOR; ENZYME ACTIVE SITE; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY;

CARBON MONOXIDE; CATALYTIC DOMAIN; CRYSTALLOGRAPHY; CUPRIAVIDUS NECATOR; CYANIDES; HYDROGENASE; IRON; LIGANDS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NICKEL; QUANTUM THEORY;

EID: 84870513732     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.201200562     Document Type: Article

References (35)

1. P. M. Vignais, B. Billoud, Chem. Rev. 2007, 107, 4206.
2. J. C. Fontecilla-Camps, A. Volbeda, C. Cavazza, Y. Nicolet, Chem. Rev. 2007, 107, 4273.
3. A. Volbeda, M. H. Charon, C. Piras, E. C. Hatchikian, M. Frey, J. C. Fontecilla-Camps, Nature 1995, 373, 580.
4. K. A. Bagley, E. Duin, W. Roseboom, S. P. J. Albracht, W. H. Woodruff, Biochemistry 1995, 34, 5527.
5. A. Volbeda, E. Garcin, C. Piras, A. L. de Lacey, V. M. Fernandez, E. C. Hatchikan, M. Frey, J. C. Fontecilla-Camps, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12989.
6. A. J. Pierik, W. Roseboom, R. P. Happe, K. A. Bagley, S. P. J. Albracht, J. Biol. Chem. 1999, 274, 3331.
7. F. A. Cotton, G. Wilkinson, Advanced Inorganic Chemistry, Wiley Interscience, New York 1988
8. B. Steele, Q. Rev. Chem. Soc. 1964, 18, 21
9. W. Beck, A. Melnikoff, R. Stahl, Eur. J. Inorg. Chem. 1966, 99, 3721.
10. T. L. Brown, D. J. Darensbourg, Inorg. Chem. 1967, 6, 971.
11. R. P. Happe, W. Roseboom, A. J. Pierik, S. P. J. Albracht, Nature 1997, 385, 126.
12. A. L. De Lacey, E. C. Hatchikian, A. Volbeda, M. Frey, J. C. Fontecilla-Camps, V. M. Fernandez, J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7181.
13. G. J. Kubas, Chem. Rev. 2007, 107, 4152.
14. J. Fritsch, P. Scheerer, S. Frielingsdorf, S. Kroschinsky, B. Friedrich, O. Lenz, C. M. T. Spahn, Nature 2011, 479, 249.
15. M. Saggu, I. Zebger, M. Ludwig, O. Lenz, B. Friedrich, P. Hildebrandt, F. Lendzian, J. Biol. Chem. 2009, 284, 16264.
16. K. Nakamoto, Infrared and Raman Spectra of Inorganic and Coordination Compounds-Applications in Coordination, Organometallic and Bioinorganic Chemistry, John Wiley and Sons, Inc., Hoboken, New Jersey, 2009, 110-112.
17. M. Horch et al., unpublished results.
18. B. H. Besler, K. M. Merz Jr., J. Comp. Chem. 1990, 11, 431
19. U. C. Singh, P. A. Kollmann, J. Comput. Chem. 1984, 5, 129.
20. Gaussian 09, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT 2009.
21. A. D. Becke, Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100
22. J. P. Perdew, Phys. Rev. B 1986, 33, 8822.
23. V. H. Teixeira, A. M. Baptista, C. M. Soares, Biophys. J. 2006, 91, 2035.
24. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. Klein, J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
25. W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten, J. Molec. Graphics 1996, 14, 33-38.
26. J. C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, C. Chipot, R. D. Skeel, L. Kale, K. Schulten, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781.
27. A. D. MacKerell, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiórkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
28. S. E. Feller, Y. H. Zhang, R. W. Pastor, B. R. Brooks, J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613.
29. T. Darden, D. York, L. Pedersen, J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
30. P. Sherwood, A. H. de Vries, M. F. Guest, G. Schreckenbach, C. R. A. Catlow, S. A. French, A. A. Sokol, S. T. Bromley, W. Thiel, A. J. Turner, S. Billeter, F. Terstegen, S. Thiel, J. Kendrick, S. C. Rogers, J. Casci, M. Watson, F. King, E. Karlsen, M. Sjovoll, A. Fahmi, A. Schaefer, C. J. Lennartz, Mol. Struct. Theochem 2003, 632, 1.
31. F. Weigend, R. Ahlrichs, Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297.
32. Y. Rippers, T. Utesch, P. Hildebrandt, I. Zebger, M. A. Mroginski, Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 16146.
33. D. Bakowies, W. Thiel, J. Phys. Chem. 1996, 100, 10580.
34. Q. Cui, M. Karplus, J. Chem. Phys. 2000, 112, 1133.
35. M. A. Mroginski, F. Mark, W. Thiel, P. Hildebrandt, Biophys. J. 2007, 93, 1885.