Extension of the AMBER force field to cyclic α,α dialkylated peptides

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 44, 2012, Pages 15308-15320

  Grubišić, Sonja ^a,b   Brancato, Giuseppe ^a   Pedone, Alfonso ^c   Barone, Vincenzo ^a  

^a SCUOLA NORMALE SUPERIORE   (Italy)

^b UNIVERSITY OF BELGRADE   (Serbia)

^c UNIVERSITY OF MODENA AND REGGIO EMILIA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYCLOPEPTIDE; OLIGOPEPTIDE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; OLIGOPEPTIDES; PEPTIDES, CYCLIC; QUANTUM THEORY;

EID: 84867928399     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp42713c     Document Type: Article

References (77)

1. P. Balaram Curr. Opin. Struct. Biol. 1992 2 845 851
2. B. Koksch N. Sewald K. Burger H. D. Jakubke Biomed. Life Sci. 1996 11 425 434
3. C. Toniolo M. Crisma F. Formaggio C. Peggion Biopolymers 2001 60 369 419
4. G. R. Marshall, Intra-Science Chemical Reports, Gordon & Breach, New York, 1971
5. G. N. Ramachandran R. Chandrasekharan Indian J. Biochem. Biophys. 1972 9 1 11
6. A. W. Burgess S. J. Leach Biopolymers 1973 12 2599 2605
7. B. V. Venkataram Prasad V. Sasisekharan Macromolecules 1979 12 1107 1110
8. Y. Paterson S. M. Rumsey E. Benedetti G. Nemethy H. A. Scheraga J. Am. Chem. Soc. 1981 103 2947 2955
9. V. Barone F. Lelj A. Bavoso B. Di Blasio P. Grimaldi V. Pavone C. Pedone Biopolymers 1985 24 1759 1767
10. I. L. Karle P. Balaram Biochemistry 1990 29 6747 6756
11. C. Toniolo E. Benedetti Macromolecules 1991 24 4004 4009
12. C. Toniolo E. Benedetti Trends Biochem. Sci. 1991 16 350 353
13. S. S. Zimmerman M. S. Pottle G. Nemethy H. A. Scheraga Macromolecules 1977 10 1 9
14. Y. Wang K. Kuczera J. Phys. Chem. B 1997 101 5205 5213
15. C. Aleman R. Roca F. J. Luque M. Orozco Proteins 1997 28 83 93
16. V. Monaco F. Formaggio M. Crisma C. Toniolo P. Hanson G. L. Millhauser Biopolymers 1999 50 239 253
17. J. Flippen-Anderson C. George G. Valle E. Valente A. Bianco F. Formaggio M. Crisma C. Toniolo J. Pept. Res. 1996 231 238
18. C. R. Nakaiea E. G. Silvaa E. M. Cillia R. Marchettob S. Schreier T. B. Paiva A. C. M. Paivaa Peptides 2002 23 65 70
19. M. D'Amore R. Improta V. Barone J. Phys. Chem. A 2003 107 6264 6269
20. M. Zerbetto S. Carlotto A. Polimeno C. Corvaja L. Franco C. Toniolo F. Formaggio V. Barone P. Cimino J. Phys. Chem. B 2007 111 2668 2674
21. D. Marsh M. Jost C. Peggion C. Toniolo Biophys. J. 2007 92 473 481
22. S. Carlotto P. Cimino M. Zerbetto L. Franco C. Corvaja M. Crisma F. Formaggio C. Toniolo A. Polimeno V. Barone J. Am. Chem. Soc. 2007 129 11248 11258
23. Y. E. Nesmelov D. D. Thomas Biophys. Rev. 2010 2 91 99
24. S. Scheirer J. C. Bozelli Jr. N. Marin R. F. F. Vieira C. R. Nakaie Biophys. Rev. 2012 4 45 66
25. M. Crisma J. R. Deschamps C. George J. Flippen-Anderson B. Kaptein Q. B. Broxterman A. Moretto S. Oancea M. Jost F. Formaggio C. Toniolo J. Pept. Res. 2005 65 564 579
26. A. M. Shafer C. R. Nakaie X. Deupi V. J. Bennet J. C. Voss Peptides 2008 29 1919 1929
27. M. Crisma V. Monaco F. Formaggio C. Toniolo C. George J. L. Flippen-Anderson Lett. Pept. Sci. 1997 4 213 218
28. M. Saviano R. Improta E. Benedetti B. Carrozzini G. L. Cascarano C. Didierjean C. Toniolo M. Crisma ChemBioChem 2004 5 541 544
29. C. Toniolo E. Valente F. Formaggio M. Crisma G. Pilloni C. Corvaja A. Toffoletti G. V. Martinez M. P. Hanson G. L. Millhauser C. George J. L. Flippen-Anderson J. Pept. Sci. 1995 1 45 57
30. A. Pedone M. Biczysko V. Barone ChemPhysChem 2010 11 1812 1832
31. V. Barone P. Cimino A. Pedone Magn. Reson. Chem. 2010 48 S11 S22
32. R. Improta V. Barone Chem. Rev. 2004 104 1231 1254
33. W. R. Fiori S. M. Miick G. L. Millhauser Biochemistry 1993 32 11957 11962
34. Y. Toropov S. Dzuba Y. Tsvetkov V. Monaco F. Formaggio M. Crisma C. Toniolo J. Raap Appl. Magn. Reson. 1998 15 237 246
35. E. Stendardo A. Pedone P. Cimino M. C. Menziani O. Crescenzi V. Barone Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 11697
36. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 65 712
37. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossvàry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steibrecher, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin and P. A. Kollman, AMBER10, University of California, San Francisco, 2008
38. M. J. T. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, N. J. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2009
39. P. Cimino A. Pedone E. Stendardo V. Barone Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 3741 3746
40. P. Robustelli K. A. Stanford A. G. I. Palmer J. Am. Chem. Soc. 2012 134 6365 6374
41. D. Sezer J. H. Freed B. Roux J. Phys. Chem. B 2008 112 5755 5767
42. A. Pedone G. Prampolini S. Monti V. Barone Chem. Mater. 2011 23 5016 5023
43. C. Adamo V. Barone Chem. Phys. Lett. 2000 320 152
44. V. Barone P. Cimino Chem. Phys. Lett. 2008 454 13912
45. V. Barone P. Cimino E. Stendardo J. Chem. Theory Comput. 2008 4 75113
46. E. Langella R. Improta V. Barone J. Am. Chem. Soc. 2002 124 11531 11540
47. M. Marianski A. Asensio J. J. Dannenberg J. Chem. Phys. 2012 137 044109
48. R. Improta L. Vitagliano L. Esposito PLoS One 2011 6 e24533
49. J. W. Ponder D. A. Case Adv. Protein Chem. 2003 66 27 82
50. F. Lipparini V. Barone J. Chem. Theor. Comput. 2011 7 3711 3724
51. J. Wang P. Cieplak P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 1049 1074
52. R. F. Rodrigez D. Zanuv J. Casanovas R. Nussinov C. Aleman J. Chem. Inf. Model. 2008 48 333 343
53. I. Cacelli G. Prampolini J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1803
54. T. A. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
55. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. A. Darden H. Lee L. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8593
56. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
57. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
58. R. W. Dixon P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1997 18 1632 1646
59. T. Yoda Y. Sugita Y. Okamoto Chem. Phys. 2004 307 269 283
60. T. Yoda Y. Sugita Y. Okamoto Chem. Phys. Lett. 2004 386 460 467
61. P. H. Nguyen M. S. Li P. Derreumaux Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 9778 9788
62. J. J. Smith K. A. Bolin H. Schwalbe M. W. MacArthur J. A. Thornton C. M. Dobson J. Mol. Biol. 1996 255 494
63. R. Improta K. N. Kudin G. E. Scuseria V. Barone J. Am. Chem. Soc. 2001 123 3311 3322
64. C. F. Weise J. C. Weisshaar J. Phys. Chem. B 2003 107 3265 3277
65. M. A. Mehta E. A. Fry M. T. Eddy M. T. Dedeo A. E. Anagnost J. R. Long J. Phys. Chem. B 2004 108 2777 2780
66. V. Barone, G. Brancato and R. Improta, in Computational Proteomics, ed., M. J. Ramos, Transworld Research, 2008, pp. 1-24
67. V. Medison K. D. Kopple J. Am. Chem. Soc. 1980 102 4855 4863
68. J. Tomasi B. Mennucci R. Cammi Chem. Rev. 2005 105 2999 3094
69. L. Zhang J. Hermans J. Am. Chem. Soc. 1994 116 11915 11921
70. M. L. Smythe S. E. Huston M. L. Marshall J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5445 5452
71. G. R. Marshall E. E. Hcdgkin G. Langs D. Smith J. Zabrocki M. T. Leplawy Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 487 491
72. M. L. Smythe S. E. Huston G. R. Marshall J. Am. Chem. Soc. 1993 115 11594 11595
73. R. Schweitzer-Stenner W. Gonzales G. T. Bourne J. A. Feng G. R. Marshall J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13095 13109
74. E. Schievano A. Bisello M. Chorev A. Bisol S. Mammi E. Peggion J. Am. Chem. Soc. 2001 123 2743 2751
75. R. Burgi X. Daura A. E. Mark M. Bellanda S. Mammi E. Peggion W. van Gunsteren J. Pept. Res. 2001 57 107 118
76. J. Mahadevan K.-H. Lee K. Kuczera J. Phys. Chem. B 2001 105 1863 1876
77. D. Cremer J. A. Pople J. Am. Chem. Soc. 1975 97 1354 1358