Extension of the AMBER force-field for the study of large nitroxides in condensed phases: An ab initio parameterization

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 37, 2010, Pages 11697-11709

  Stendardo, Emiliano ^a   Pedone, Alfonso ^b   Cimino, Paola ^c   Cristina Menziani, Maria ^d   Crescenzi, Orlando ^a   Barone, Vincenzo ^b  

^a UNIVERSITY OF NAPLES FEDERICO II   (Italy)

^b SCUOLA NORMALE SUPERIORE   (Italy)

^c UNIVERSITY OF SALERNO   (Italy)

^d UNIVERSITY OF MODENA AND REGGIO EMILIA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84961986783     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c001481h     Document Type: Article

References (77)

1. N. Kocherginsky and H. M. Swartz, Nitroxide Spin Labels, CRC Press, New York, 1995
2. L. J. Berliner, Spin labeling: theory and applications, Academic, New York, 1976
3. L. J. Berliner and J. Reuben, Biological magnetic resonance, Plenum, New York, 1989
4. A. H. Buchaklian C. S. Klug Biochemistry 2005 44 5503
5. A. Rassat Pure Appl. Chem. 1990 62 233
6. G. Likhtenshtein, J. Yamauchi, S. i. Nakatsuji, A. I. Smirnov and R. Tamura, Nitroxides: Applications in Chemistry, Biomedicine, and Materials Science, Wiley-VCH, Weinheim, 2008
7. R. Chiarelli M. A. Novak A. Rassat J. L. Tholence Nature 1993 363 147
8. J. Ciujeda M. Mas E. Molins F. Lanfranc de Pauthou J. Laugier J. G. Park C. Paulsen P. Rey C. Rovira J. Veciana J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1995 709
9. D. Luneau F. M. Romero R. Ziessel Inorg. Chem. 1998 37 5078 5087
10. A. Rajca S. Mukherjee M. Pink S. Rajca J. Am. Chem. Soc. 2006 128 13497 13507
11. D. Gatteschi, O. Kahn, J. Miller and F. Palacio, Magnetic Molecular Materials, NATO ASI Series E, Kluwer, Dordrecht, 1991
12. S. Carlotto P. Cimino M. Zerbetto L. Franco C. Corvaja M. Crisma F. Formaggio C. Toniolo A. Polimeno V. Barone J. Am. Chem. Soc. 2007 129 11248 11258
13. W. Koch and M. C. Holthausen, A Chemist's Guide to Density Functional Theory, Wiley-VCH, Weinheim, 2nd edn, 2001
14. V. Barone P. Cimino O. Crescenzi M. Pavone THEOCHEM 2007 811 323 335
15. V. Barone P. Cimino E. Stendardo J. Chem. Theory Comput. 2008 4 75113
16. V. Barone P. Cimino Chem. Phys. Lett. 2008 454 13912
17. R. Improta V. Barone Chem. Rev. 2004 104 1231
18. J. Tomasi B. Mennucci R. Cammi Chem. Rev. 2005 105 2999
19. S. S. Miertus E. Tomasi Chem. Phys. 1981 55 117
20. C. Adamo, M. Cossi, N. Rega and V. Barone, Theoretical Biochemistry: Processes and Properties of Biological Systems, Elsevier, New York, 1999
21. M. Cossi G. Scalmani N. Rega V. Barone J. Chem. Phys. 2002 117 43
22. M. Cossi V. Barone J. Chem. Phys. 2001 115 4708
23. C. Adamo V. Barone Chem. Phys. Lett. 2000 330 152
24. F. Aquilante B. Roos V. Barone J. Chem. Phys. 2003 119 12323
25. A. Koch S. Thomas E. Kleinpeter THEOCHEM 1997 401 1
26. G. A. Saracino A. Tedeschi G. D'Errico R. Improta V. Barone J. Chem. Phys. 2002 106 10700
27. M. Pavone P. Cimino O. Crescenzi A. Sillanpaa V. Barone J. Phys. Chem. B 2007 111 8928
28. R. Car M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 1985 55 2471
29. M. Pavone C. Benzi F. De Angelis V. Barone Chem. Phys. Lett. 2004 395 120
30. M. Pavone P. Cimino F. De Angelis V. Barone J. Am. Chem. Soc. 2006 128 4338
31. M. Pavone A. Sillanpaa P. Cimino O. Crescenzi V. Barone J. Phys. Chem. B 2006 110 16189
32. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. J. Merz D. M. Ferguson D. C. Sellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179
33. V. Barone P. Cimino J. Chem. Theory Comput. 2009 5 192
34. C. Houriez N. Ferré I.-P. Flament M. Masella D. Siri J. Phys. Chem. A 2007 111 11673
35. C. Puzzarini V. Barone J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2378
36. C. Puzzarini M. Biczysko A. Bagno J. Chem. Theory Comput. 2010 6 828
37. V. Barone J. Bloino M. Biczysko Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 1092
38. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 65 712
39. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossvàry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steibrecher, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin and P. A. Kollman, AMBER10, University of California, San Francisco, 2008
40. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. A. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian 03, Revision D.02, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
41. A. D. MacKerell, J. B. Brooks, C. L. Brooks, III, L. Nilsson, B. Roux, Y. Won and M. Karplus, in The Encyclopedia of Computational Chemistry, ed., P. v. R. Schleyer,, John Wiley & Sons, Chichester, 1998, vol. 1, pp. 271-277
42. A. K. Rappe C. J. Casewit K. S. Colwell W. A. Goddard, III W. M. Skiff J. Am. Chem. Soc. 1992 114 10024 10035
43. K. Holloway J. Wai T. Halgren P. Fitzgerald J. Vacca B. Dorsey R. Levin W. Thompson J. Chen J. deSolms N. Gaffin A. Chosh E. Giuliani S. Graham J. Guare R. Hungate T. Lyle W. Sanders T. Tucker M. Wiggins C. Wiscount O. Woltersdorf S. Young P. darke J. Zugay J. Med. Chem. 1995 38 305 317
44. V. Barone A. Bencini M. Cossi A. Di Matteo M. Mattesini F. Totti J. Am. Chem. Soc. 1998 120 7069
45. R. Improta A. di Matteo V. Barone Theor. Chem. Acc. 2000 104 273 279
46. C. Houriez N. Ferré M. Masella D. Siri J. Chem. Phys. 2008 128 244504
47. D. Sezer J. H. Freed B. Roux J. Phys. Chem. B 2008 112 5755 5767
48. C. Houriez N. Ferré D. Siri M. Masella J. Phys. Chem. B 2009 113 15047 15056
49. J. F. W. Keana Chem. Rev. 1978 78 37
50. J. W. Ponder D. A. Case Adv. Protein Chem. 2003 66 27 78
51. J. D. Gale J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1997 93 629
52. J. D. Gale Philos. Mag. B 1996 73 3
53. J. D. Gale A. L. Rohl Mol. Simul. 2003 29 291
54. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
55. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
56. J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Phys. Chem. 1995 99 6208
57. W. L. Jorgensen D. L. Severance J. Am. Chem. Soc. 1990 112 4768 4774
58. R. W. Dixon P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1997 18 1632 1646
59. J. Wang P. Cieplak P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 1049
60. M. C. Symons A. Pena-Nunez J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1 1985 81 2421
61. V. Barone J. Chem. Phys. 1994 101 6834
62. V. Barone, in Advances in Density Functional Theory, ed., D. P. Chong,, World Sci. Publ. Co., Singapore, 1995, vol. 1, p. 287
63. A. M. Tedeschi G. D'Errico E. Busi R. Basosi V. Barone Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 2180
64. A. Di Matteo C. Adamo V. Barone P. Rey J. Phys. Chem. 1999 103 3481
65. A. Di Matteo C. Adamo M. Cossi V. Barone P. Rey Chem. Phys. Lett. 1999 310 159
66. A. Di Matteo A. Bencini M. Cossi V. Barone M. Mattesini F. Totti J. Am. Chem. Soc. 1998 120 7069
67. V. Barone A. Grand D. Luneau P. Rey C. Minichino R. Subra New J. Chem. 1993 17 545
68. J. Cirujeda J. Vidal-Gancedo O. Jurgens F. Mota J. J. Novoa C. Rovira J. Veciana J. Am. Chem. Soc. 2000 122 11393
69. A. Zheludev V. Barone M. Bonnet B. Delley A. Grand E. Ressouche P. Rey R. Subra J. Schweizer J. Am. Chem. Soc. 1994 116 2019
70. S. M. Mattar A. D. Stephens Chem. Phys. Lett. 2000 319 601
71. P. Stipa Chem. Phys. 2006 323 501 510
72. J. F. M. Beyer E. Feresin O. Shiemann J. Org. Chem. 2003 68 2209
73. P. Cimino A. Pedone E. Stendardo V. Barone Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 3741
74. M. M. Mossoba K. Makino P. Riesz R. C. Perkins, Jr. J. Phys. Chem. 1984 88 4717
75. J. F. W. Keana T. D. Lee E. M. Bernard J. Am. Chem. Soc. 1976 98 3052
76. A. I. Smirnov T. I. Smirnova P. D. Morse Biophys. J. 1995 68 2350
77. A. Rockenbauer L. Korecz K. Hideg J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993 2149