Efficient algorithms for langevin and DPD dynamics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 10, 2012, Pages 3637-3649

  Goga, N ^a   Rzepiela, A J ^a   De Vries, A H ^a   Marrink, S J ^a   Berendsen, H J C ^a  

^a UNIVERSITY OF GRONINGEN   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84867341613     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct3000876     Document Type: Article

References (31)

1. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C.; Rullmann, J. A. C. Mol. Phys. 1981, 44, 69-95
2. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1982, 45, 637-647
3. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. In The Physics of Superionic Conductors and Electrode Materials; Perram, J. W., Ed.; Plenum: New York, 1983; NATO ASI Series, B 92, pp 241-256.
4. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Mol. Simul. 1988, 1, 173-185
5. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
6. Morishita, T. J. Chem. Phys. 2000, 113, 2976-2982
7. Harvey, S. C.; Tan, R. K. Z.; Cheatham, T. E. J. Comput. Chem. 1998, 19, 726-740
8. Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 04101
9. Hoover, W. G. Phys. Rev. 1985, A31, 1696-1697
10. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635-2643
11. Berendsen, H. J. C. Simulating the Physical World, A Hierarchy of Models for Simulation; Cambridge University Press: Cambridge, U. K., 2007.
12. Hoogerbrugge, P. J.; Koelman, J. M. V. A. Europhys. Lett. 1992, 19, 155-160
13. Koelman, J. M. V. A.; Hoogerbrugge, P. J. Europhys. Lett. 1993, 21, 363-368
14. Español, P.; Warren, P. Europhys. Lett. 1995, 30, 191-196
15. Allen, M. P. Mol. Phys. 1980, 40, 1073-1087
16. Nikunen, P.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. Comput. Phys. Commun. 2003, 153, 407-423
17. Peters, E. A. F. J. Europhys. Lett. 2004, 66, 311-317
18. Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1980, 72, 2384-2393
19. Lowe, C. P. Europhys. Lett. 1999, 47, 145-151
20. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
21. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
22. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
23. Lippert, R. A.; Bowers, K. J.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Gregersen, B. A.; Klepeis, J. L.; Kolossvary, I., J. Chem. Phys. 2007, 126, 046101.
24. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G. Mol. Phys. 1986, 58, 1125-1136
25. Junghans, C.; Prapotnik, M.; Kremer, K. Soft Matter 2008, 4, 156-161
26. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
27. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
28. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271
29. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; van Buuren, A. R.; Apol, E.; Meulenhoff, P. J.; Tieleman, D. P.; Sijbers, A. L. T. M.; Feenstra, K. A.; van Drunen, R.; Berendsen, H. J. C. Gromacs User Manual Version 4.0; University of Groningen: Groningen, The Netherlands, 2005. www.gromacs.org (accessed May 2012).
30. Malevanets, A; Kapral, R. J. Chem. Phys. 1999, 110, 8605-8613
31. Kapral, R. Adv. Chem. Phys. 2008, 140, 89-146