Fast dynamics of HP35 for folded and urea-unfolded conditions

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 36, 2012, Pages 11024-11031

  Chung, Jean K ^a   Thielges, Megan C ^a,b   Lynch, Stephen R ^a   Fayer, Michael D ^a  

^a STANFORD UNIVERSITY   (United States)

^b INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; DYNAMICS; METABOLISM; STRUCTURAL DYNAMICS; UREA;

2D SPECTRA; ECHO SPECTRA; ECHO SPECTROSCOPY; FAST DYNAMICS; FOLDED STRUCTURES; HYDROPHOBIC CORE; NMR DATA; SPECTRAL DIFFUSION; THERMAL EQUILIBRIUM CONDITION; TIME DEPENDENCE; TIME-DEPENDENT; TWO-DIMENSIONAL INFRARED (2D IR); VIBRATIONAL DYNAMICS; WILD TYPES;

PEPTIDES;

EID: 84866409579     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp304058x     Document Type: Article

References (51)

1. McKnight, C. J.; Matsudaira, P. T.; Kim, P. S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 180-184
2. Duan, Y. K.; Peter, A. Science 1998, 282, 740
3. Frank, B. S.; Vardar, D.; Buckley, D. A.; McKnight, C. J. Protein Sci. 2002, 11, 680-687
4. Kubelka, J.; Chiu, T. K.; Davies, D. R.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Mol. Biol. 2006, 359, 546-553
5. Zagrovic, B.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11742-11743
6. Chiu, T. K.; Kubelka, J.; Herbst-Irmer, R.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J.; Davies, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 7517-7522
7. Tang, Y. F.; Goger, M. J.; Raleigh, D. P. Biochemistry 2006, 45, 6940-6946
8. Grey, M. J.; Tang, Y. F.; Alexov, E.; McKnight, C. J.; Raleigh, D. P.; Palmer, A. G. J. Mol. Biol. 2006, 355, 1078-1094
9. Kubelka, J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Mol. Biol. 2003, 329, 625-630
10. Glasscock, J. M.; Zhu, Y. J.; Chowdhury, P.; Tang, J.; Gai, F. Biochemistry 2008, 47, 11070-11076
11. Reiner, A. J. Pept. Sci. 2011, 17, 413-419
12. Reiner, A.; Henklein, P.; Kiefhaber, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 4955-4960
13. Brewer, S. H.; Song, B. B.; Raleigh, D. P.; Dyer, R. B. Biochemistry 2007, 46, 3279-3285
14. Finkelstein, I. J.; Zheng, J.; Ishikawa, H.; Kim, S.; Kwak, K.; Fayer, M. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 1533-1549
15. Thielges, M. C.; Fayer, M. D. Acc. Chem. Res. 2012, DOI: 10.1021/ar200275k.
16. Suydam, I. T.; Boxer, S. G. Biochemistry 2003, 42, 12050-12055
17. Waegele, M. M.; Culik, R. M.; Gai, F. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2598-2609
18. Urbanek, D. C.; V., D. Y.; Serrano, A. L.; Gai, F.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 3311-3315
19. Chung, J. K.; Thielges, M. C.; Fayer, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 3578-3583
20. Chung, J. K.; Thielges, M. C.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 12118-12124
21. Vanzi, F.; Madan, B.; Sharp, K. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10748-10753
22. Park, S.; Kwak, K.; Fayer, M. D. Laser Phys. Lett. 2007, 4, 704-718
23. Zheng, J.; Kwak, K.; Fayer, M. D. Acc. Chem. Res. 2007, 40, 75-83
24. Kwak, K.; Park, S.; Finkelstein, I. J.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 2007, 127, 124503
25. Kwak, K.; Rosenfeld, D. E.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 2008, 128, 204505
26. Thielges, M. C.; Chung, J. K.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 3995-4004
27. Finkelstein, I. J.; Ishikawa, H.; Kim, S.; Massari, A. M.; Fayer, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2637-2642
28. Chung, J. K.; Thielges, M. C.; Bowman, S. E. J.; Bren, K. L.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6681-6691
29. Dill, K. A.; Shortle, D. Annu. Rev. Biochem. 1991, 60, 795-825
30. Lindquist, B. A.; Furse, K. E.; Corcelli, S. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 8119-8132
31. Fafarman, A. T.; Boxer, S. G. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 13536-13544
32. Fafarman, A. T.; Webb, L. J.; Chuang, J. I.; Boxer, S. G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13356-13357
33. Baum, J.; Dobson, C. M.; Evans, P. A.; Hanley, C. Biochemistry 1989, 28, 7-13
34. Kiefhaber, T.; Labhardt, A. M.; Baldwin, R. L. Nature 1995, 375, 513-515
35. Gao, J. M.; Kelly, J. W. Protein Sci. 2008, 17, 1096-1101
36. Akaike, H. IEEE Trans. Autom. Contr. 1974, AC19, 716-723
37. Williams, R. B.; Loring, R. F.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 4068-4071
38. Merchant, K. A.; Noid, W. G.; Akiyama, R.; Finkelstein, I.; Goun, A.; McClain, B. L.; Loring, R. F.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13804-13818
39. Merchant, K. A.; Noid, W. G.; Thompson, D. E.; Akiyama, R.; Loring, R. F.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 4-7
40. Bagchi, S.; Nebgen, B. T.; Loring, R. F.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 18367-18376
41. Bagchi, S.; Boxer, S. G.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 4034-4042
42. Finkelstein, I. J.; Goj, A.; McClain, B. L.; Massari, A. M.; Merchant, K. A.; Loring, R. F.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16959-16966
43. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598-1603
44. Onuchic, J. N.; LutheySchulten, Z.; Wolynes, P. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 1997, 48, 545-600
45. Russell, B. S.; Melenkivitz, R.; Bren, K. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8312-8317
46. Segel, D. J.; Fink, A. L.; Hodgson, K. O.; Doniach, S. Biochemistry 1998, 37, 12443-12451
47. Kawahara, K.; Tanford, C. J. Biol. Chem. 1966, 241, 3228-3232
48. Park, S.; Fayer, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 16731-16738
49. Shim, S.-H.; Strasfeld, D.; Fulmer, E.; Zanni, M. Opt. Lett. 2006, 31, 838-878
50. Shim, S. H.; Strasfeld, D. B.; Zanni, M. T. Opt. Express 2006, 14, 13120-13130
51. Shim, S. H.; Zanni, M. T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 748-761