Dynamic distance disorder in proteins is caused by trapping

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 19, 2006, Pages 9363-9367

  Luo, Guobin ^a,c   Andricioaei, Ioan ^a,d   Xie, X Sunney ^a   Karplus, Martin ^a,b  

^a HARVARD UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

^c MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^d UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTRON TRANSITIONS; ENERGY TRANSFER; MOLECULAR DYNAMICS; REACTION KINETICS; THERMAL EFFECTS;

DONOR-ACCEPTOR DISTANCE; EXPONENTIAL BEHAVIOR; FLAVIN OXIDOREDUCTASE (FRE);

PROTEINS;

EID: 33745440760     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp057497p     Document Type: Article

References (44)

1. Brooks, C. L., III.; Karplus, M.; Pettitt, B. M. Proteins: A Theoretical Perspective of Dynamics, Structure, and Thermodynamics; Advances in Chemical Physics Vol. 71 ; Wiley-Interscience: Hoboken, New Jersey, 1988.
2. Austin, R. H.; Beeson, K. W.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Gunsalus, I. C. Biochemistry 1975, 14, 5355-5373.
3. Zwanzig, R. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 148-152.
4. Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11 -27.
5. Xie, X. S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 11024.
6. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598-1603.
7. Steinbach, P. J.; Ansari, A.; Berendzen, J.; Braunstein, D.; Chu, K.; Cowen, B. R.; Ehrenstein, D.; Frauenfelder, H.; Johnson, J. B.; Lamb, D. C.; Luck, S.; Mourant, J. R.; Nienhaus, G. U.; Ormos, P.; Philipp, R.; Xie, A.; Young, R. D. Biochemistry 1991, 30, 3988-4001.
8. Xie, X. S.; Trautman, J. K. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 441-480.
9. Weiss, S. Science 1999, 283, 1676-1683.
10. Zhuang, X.; Kim, H.; Pereira, M. J. B.; Babcock, H. P.; Walter, N. G.; Chu, S. Science 2002, 296, 1473-1476.
11. Yang, H.; Luo, G.; Karnchanaphanurach, P.; Louie, T.-M.; Rech, I.; Cova, S.; Xun, L.; Xie, X. S. Science 2003, 302, 262-266.
12. Lu, H. P.; Xun, L.; Xie, X. S. Science 1998, 282, 1877-1882.
13. English, B. P.; Min, W.; Oijen, A. M. v.; Lee, K. T.; Luo, G.; Sun, H.; Cherayil, B. J.; Kou, S. C.; Xie, X. S. Nat. Chem. Biol. In press.
14. Chen, Y.; Hu, D.; Vorpagel, E. R.; Lu, H. P. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7947-7956.
15. Gray, H. B.; Winkler, J. R. Annu. Rev. Biochem. 1996, 35, 537-561.
16. Moser, C. C.; Keske, J. M.; Warncke, K.; Fand, R. S.; Dutton, P. L. Nature (London) 1992, 355, 796-802.
17. Metzler, R.; Barkai, E.; Klafter, J. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 3563-3567.
18. Metzler, R.; Klafter, J. Phys. Rep. 2000, 339, 1-77.
19. Kou, S. C.; Xie, X. S. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 180603/1-180603/ 4.
20. Kneller, G. R.; Hinsen, K. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10278-10283.
21. Xu, D.; Schulten, K. Chem. Phys. 1994, 182, 91-117.
22. McMahon, B. H.; Muller, J. D.; Wraight, C. A.; Nienhaus, G. U. Biophys. J. 1998, 74, 2567-2587.
23. Monthus, C.; Bouchaud, J.-P. J. Phys. A: Math. Gen. 1996, 29, 3847-3869.
24. Bicout, D.; Szabo, A. Protein Sci. 2000, 9, 452-465.
25. Kuczera, K.; Lambry, J. C.; Martin, J. L.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5805-5807.
26. Brooks, B. R.; Bruccoleri,_R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
27. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, R. L.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
28. Brooks, C. L., III.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 6312-6325.
29. Archontis, G.; Simonson, T.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2001, 306, 307-327.
30. Nose, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519.
31. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695.
32. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
33. Ingelman, M.; Ramaswamy, S.; Niviere, V.; Fontecave, M.; Eklund, H. Biochemistry 1999, 38, 7040-7049.
34. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13.
35. Boczko, E. M.; Brooks, C. L., III. J. Phys. Chem. 1993, 97, 4509-4513.
36. Souaille, M.; Roux, B. Comput. Phys. Comm. 2001, 135, 40-57.
37. Yang, H.; Xie, X. S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10965-10979.
38. Swaminathan, S.; Ichiye, T.; Van Gunsteren, W.; Karplus, M. Biochemistry 1982, 21, 5230-5241.
39. McCammon, J. A.; Wolynes, P. G.; Karplus, M. Biochemistry 1979, 18, 927-942.
40. Kuczera, K.; Kuriyan, J.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1990, 213, 351-373.
41. Elber, R.; Karplus, M. Science 1987, 235, 318-321.
42. Caves, L. S.; Evanseck, J. D.; Karplus, M. Protein Sci. 1998, 7, 649-666.
43. Andrews, B. K.; Romo, T.; Clarage, J. B.; Pettitt, B. M.; Phillips, J.; George, N. Structure 1998, 6, 587-594.
44. Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14766-14770.