Scanometric MicroRNA array profiling of prostate cancer markers using spherical nucleic acid-gold nanoparticle conjugates

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 9, 2012, Pages 4153-4160

  Alhasan, Ali H ^a,b   Kim, Dae Y ^a,d   Daniel, Weston L ^a,b   Watson, Erin ^c   Meeks, Joshua J ^a,d   Thaxton, C Shad ^a,b,d   Mirkin, Chad A ^a,b  

^a NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

^b NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

^c Rice University   (United States)

^d NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL SAMPLES; DETECTION SYSTEM; HIGH SPECIFICITY; HIGH THROUGHPUT; HIGH-DENSITY ARRAYS; IDENTICAL CONDITIONS; MICRORNAS; NANOPARTICLE CONJUGATE; POTENTIAL UTILITY; PROSTATE CANCERS; REPRODUCIBILITIES; SINGLE NUCLEOTIDES;

BIOMARKERS; NUCLEIC ACIDS;

DISEASES;

GOLD; MICRORNA; NANOPARTICLE; NUCLEIC ACID;

ARTICLE; BLOOD; CHEMISTRY; DNA MICROARRAY; EQUIPMENT DESIGN; EVALUATION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETICS; HUMAN; INSTRUMENTATION; MALE; PROSTATE TUMOR; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EQUIPMENT DESIGN; GENE EXPRESSION PROFILING; GOLD; HUMANS; MALE; MICRORNAS; NANOPARTICLES; NUCLEIC ACIDS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; PROSTATIC NEOPLASMS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 84860431560     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac3004055     Document Type: Article

References (37)

1. Calin, G. A.; Dumitru, C. D.; Shimizu, M.; Bichi, R.; Zupo, S.; Noch, E.; Aldler, H.; Rattan, S.; Keating, M.; Rai, K.; Rassenti, L.; Kipps, T.; Negrini, M.; Bullrich, F.; Croce, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 15524
2. Nicoloso, M. S.; Spizzo, R.; Shimizu, M.; Rossi, S.; Calin, G. A. Nat. Rev. Cancer 2009, 9, 293
3. Lee, R. C.; Feinbaum, R. L.; Ambros, V. Cell 1993, 75, 843
4. Lim, L. P.; Lau, N. C.; Garrett-Engele, P.; Grimson, A.; Schelter, J. M.; Castle, J.; Bartel, D. P.; Linsley, P. S.; Johnson, J. M. Nature 2005, 433, 769
5. Lewis, B. P.; Burge, C. B.; Bartel, D. P. Cell 2005, 120, 15
6. Whichard, Z. L.; Motter, A. E.; Stein, P. J.; Corey, S. J. J. Biol. Chem. 2011, 286, 4742
7. Lu, J.; Getz, G.; Miska, E. A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebert, B. L.; Mak, R. H.; Ferrando, A. A.; Downing, J. R.; Jacks, T.; Horvitz, H. R.; Golub, T. R. Nature 2005, 435, 834
8. Mitchell, P. S.; Parkin, R. K.; Kroh, E. M.; Fritz, B. R.; Wyman, S. K.; Pogosova-Agadjanyan, E. L.; Peterson, A.; Noteboom, J.; O'Briant, K. C.; Allen, A.; Lin, D. W.; Urban, N.; Drescher, C. W.; Knudsen, B. S.; Stirewalt, D. L.; Gentleman, R.; Vessella, R. L.; Nelson, P. S.; Martin, D. B.; Tewari, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 10513
9. Vickers, K. C.; Palmisano, B. T.; Shoucri, B. M.; Shamburek, R. D.; Remaley, A. T. Nat. Cell Biol. 2011, 13, 423
10. Baker, M. Nat. Methods 2010, 7, 687
11. Carthew, R. W.; Sontheimer, E. J. Cell 2009, 136, 642
12. Castoldi, M.; Schmidt, S.; Benes, V.; Noerholm, M.; Kulozik, A. E.; Hentze, M. W.; Muckenthaler, M. U. RNA 2006, 12, 913
13. Wang, H.; Ach, R. A.; Curry, B. RNA 2007, 13, 151
14. Taton, T. A.; Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. Science 2000, 289, 1757
15. Wark, A. W.; Lee, H. J.; Corn, R. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 644
16. Ruby, J. G.; Jan, C.; Player, C.; Axtell, M. J.; Lee, W.; Nusbaum, C.; Ge, H.; Bartel, D. P. Cell 2006, 127, 1193
17. Thomas, M. F.; Ansel, K. M. Methods Mol. Biol. 2010, 667, 93
18. Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L.; Mucic, R. C.; Storhoff, J. J. Nature 1996, 382, 607
19. Rosi, N. L.; Giljohann, D. A.; Thaxton, C. S.; Lytton-Jean, A. K. R.; Han, M. S.; Mirkin, C. A. Science 2006, 312, 1027
20. Prigodich, A. E.; Alhasan, A. H.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 2120
21. Hao, L.; Patel, P. C.; Alhasan, A. H.; Giljohann, D. A.; Mirkin, C. A. Small 2011, 7, 3158
22. Cutler, J. I.; Auyeung, E.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 1376
23. Kim, D.; Daniel, W. L.; Mirkin, C. A. Anal. Chem. 2009, 81, 9183
24. Ma, Z.; Sui, S. F. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 2176
25. Cao, Y. C.; Jin, R.; Mirkin, C. A. Science 2002, 297, 1536
26. Duggan, D. J.; Bittner, M.; Chen, Y.; Meltzer, P.; Trent, J. M. Nat. Genet. 1999, 21, 10
27. Huang, X.; Le, Q. T.; Giaccia, A. J. Trends Mol. Med. 2010, 16, 230
28. Kulshreshtha, R.; Ferracin, M.; Wojcik, S. E.; Garzon, R.; Alder, H.; Agosto-Perez, F. J.; Davuluri, R.; Liu, C. G.; Croce, C. M.; Negrini, M.; Calin, G. A.; Ivan, M. Mol. Cell. Biol. 2007, 27, 1859
29. McMahon, K. M.; Mutharasan, R. K.; Tripathy, S.; Veliceasa, D.; Bobeica, M.; Shumaker, D. K.; Luthi, A. J.; Helfand, B. T.; Ardehali, H.; Mirkin, C. A.; Volpert, O.; Thaxton, C. S. Nano Lett. 2011, 11, 1208
30. Jemal, A.; Siegel, R.; Ward, E.; Murray, T.; Xu, J.; Thun, M. J. CA. Cancer J. Clin. 2007, 57, 43
31. Andriole, G. L.; Crawford, E. D.; Grubb, R. L., 3rd; Buys, S. S.; Chia, D.; Church, T. R.; Fouad, M. N.; Gelmann, E. P.; Kvale, P. A.; Reding, D. J.; Weissfeld, J. L.; Yokochi, L. A.; O'Brien, B.; Clapp, J. D.; Rathmell, J. M.; Riley, T. L.; Hayes, R. B.; Kramer, B. S.; Izmirlian, G.; Miller, A. B.; Pinsky, P. F.; Prorok, P. C.; Gohagan, J. K.; Berg, C. D. N. Engl. J. Med. 2009, 360, 1310
32. Schroder, F. H.; Hugosson, J.; Roobol, M. J.; Tammela, T. L.; Ciatto, S.; Nelen, V.; Kwiatkowski, M.; Lujan, M.; Lilja, H.; Zappa, M.; Denis, L. J.; Recker, F.; Berenguer, A.; Maattanen, L.; Bangma, C. H.; Aus, G.; Villers, A.; Rebillard, X.; van der Kwast, T.; Blijenberg, B. G.; Moss, S. M.; de Koning, H. J.; Auvinen, A. N. Engl. J. Med. 2009, 360, 1320
33. Schroder, F. H.; Hugosson, J.; Roobol, M. J.; Tammela, T. L.; Ciatto, S.; Nelen, V.; Kwiatkowski, M.; Lujan, M.; Lilja, H.; Zappa, M.; Denis, L. J.; Recker, F.; Paez, A.; Maattanen, L.; Bangma, C. H.; Aus, G.; Carlsson, S.; Villers, A.; Rebillard, X.; van der Kwast, T.; Kujala, P. M.; Blijenberg, B. G.; Stenman, U. H.; Huber, A.; Taari, K.; Hakama, M.; Moss, S. M.; de Koning, H. J.; Auvinen, A. N. Engl. J. Med. 2012, 366, 981
34. Hugosson, J.; Carlsson, S.; Aus, G.; Bergdahl, S.; Khatami, A.; Lodding, P.; Pihl, C. G.; Stranne, J.; Holmberg, E.; Lilja, H. Lancet Oncol. 2010, 11, 725
35. Epstein, J. I. J. Urol. 2010, 183, 433
36. Tavazoie, S. F.; Alarcon, C.; Oskarsson, T.; Padua, D.; Wang, Q.; Bos, P. D.; Gerald, W. L.; Massague, J. Nature 2008, 451, 147
37. Feng, G.; Du, P.; Krett, N. L.; Tessel, M.; Rosen, S.; Kibbe, W. A.; Lin, S. M. BMC Res. Notes 2010, 3, 10