A simulation study of the self-assembly of coarse-grained skin lipids

Soft Matter

Volumn 8, Issue 17, 2012, Pages 4802-4814

  Hadley, K R ^a   McCabe, C ^a,b  

^a VANDERBILT UNIVERSITY   (United States)

^b VANDERBILT UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALL-ATOM SIMULATIONS; BI-LAYER; COARSE GRAINED MODELS; COARSE-GRAINED; LIPID MIXTURES; LIPID SYSTEMS; LONG CHAIN FATTY ACID; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MOLECULAR LEVELS; SELF ASSEMBLED STRUCTURES; SELF ASSEMBLY PROCESS; SELF-ASSEMBLE; SIMULATION STUDIES;

BIOLOGICAL MEMBRANES; CHOLESTEROL; COMPUTER SIMULATION; CYTOLOGY; LIPIDS; MOLECULAR DYNAMICS;

SELF ASSEMBLY;

EID: 84859768063     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2sm07204a     Document Type: Article

References (59)

1. J. A. Bouwstra M. Ponec Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2006 1758 2080 2095
2. H. J. Yardley R. Summerly Pharmacol. Ther. 1981 13 357 383
3. M. W. de Jager, PhD thesis, Leiden University, 2006
4. M. de Jager W. Groenink J. van der Spek C. Janmaat G. Gooris M. Ponec J. Bouwstra Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2006 1758 636 644
5. D. Groen G. S. Gooris M. Ponec J. A. Bouwstra Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2008 1778 2421 2429
6. J. Van Smeden T. Hankemeijer R. J. Vreeken J. A. Bouwstra J. Pharm. Pharmacol. 2010 62 807 807
7. D. Kessner A. Ruettinger M. A. Kiselev S. Wartewig R. H. H. Neubert Skin Pharmacol. Physiol. 2008 21 58 74
8. P. J. Bond J. Holyoake A. Ivetac S. Khalid M. S. P. Sansom J. Struct. Biol. 2007 157 593 605
9. O. Edholm, in Computational Modeling of Membrane Bilayers, Elsevier Academic Press Inc, San Diego, 2008, vol. 60, pp. 91-110
10. S. J. Marrink E. Lindahl O. Edholm A. E. Mark J. Am. Chem. Soc. 2001 123 8638 8639
11. A. P. Lyubartsev A. L. Rabinovich Soft Matter 2011 7 25 39
12. R. Goetz R. Lipowsky J. Chem. Phys. 1998 108 7397 7409
13. R. Goetz G. Gompper R. Lipowsky Phys. Rev. Lett. 1999 82 221 224
14. J. C. Shelley M. Y. Shelley R. C. Reeder S. Bandyopadhyay P. B. Moore M. L. Klein J. Phys. Chem. B 2001 105 9785 9792
15. M. J. Stevens J. Chem. Phys. 2004 121 11942 11948
16. A. P. Lyubartsev Eur. Biophys. J. 2005 35 53 61
17. M. Venturoli M. M. Sperotto M. Kranenburg B. Smit Phys. Rep.-Rev. Sec. Phys. Lett. 2006 437 1 54
18. S. J. Marrink A. H. de Vries A. E. Mark J. Phys. Chem. B 2004 108 750 760
19. S. J. Marrink H. J. Risselada S. Yefimov D. P. Tieleman A. H. de Vries J. Phys. Chem. B 2007 111 7812 7824
20. S. Izvekov M. Parrinello C. J. Burnham G. A. Voth J. Chem. Phys. 2004 120 10896 10913
21. A. P. Lyubartsev A. Laaksonen Phys. Rev. E 1995 52 3730 3737
22. D. Reith M. Putz F. Muller-Plathe J. Comput. Chem. 2003 24 1624 1636
23. G. Milano S. Goudeau F. Muller-Plathe J. Polym. Sci., Part B: Polym. Phys. 2005 43 871 885
24. S. O. Nielsen C. F. Lopez G. Srinivas M. L. Klein J. Phys.: Condens. Matter 2004 16 R481 R512
25. G. S. Ayton, S. Izvekov, W. G. Noid and G. A. Voth, in Computational Modeling of Membrane Bilayers, Elsevier Academic Press Inc, San Diego, 2008, vol. 60, pp. 181-225
26. G. A. Voth, ed., Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems Taylor & Francis, 2008
27. K. R. Hadley C. McCabe J. Chem. Phys. 2010 132 134505
28. K. R. Hadley C. McCabe Biophys. J. 2010 99 2896 2905
29. K. R. Hadley C. McCabe J. Phys. Chem. B 2010 114 4590 4599
30. J. B. MacQueen, 5th Berkeley Symposium on Mathematical Statistics and Probability, Berkeley, CA, 1967
31. D. Steinley British Journal of Mathematical & Statistical Psychology 2006 59 1 34
32. G. Toth Journal of Physics-Condensed Matter 2007 19
33. C. Pare M. Lafleur Langmuir 2001 17 5587 5594
34. J. Ouimet M. Lafleur Langmuir 2004 20 7474 7481
35. M. Holtje T. Forster B. Brandt T. Engels W. von Rybinski H. D. Holtje Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2001 1511 156 167
36. M. Schlenkric, J. Brickmann, A. D. MacKerrel Jr. and M. Karplus, in Biological Membranes: A Molecular Perspective from Computation and Experiment, ed., K. M. a. B. Roux, Birkhauser, Boston, 1996
37. S. E. Feller A. D. MacKerell J. Phys. Chem. B 2000 104 7510 7515
38. S. E. Feller K. Gawrisch A. D. MacKerell J. Am. Chem. Soc. 2002 124 318 326
39. Z. Cournia A. C. Vaiana G. M. Ullmann J. C. Smith Pure Appl. Chem. 2004 76 189 196
40. Z. Cournia J. C. Smith G. M. Ullmann J. Comput. Chem. 2005 26 1383 1399
41. W. Jorgensen J. Chandrasekhar J. Madura R. Impey M. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
42. S. J. Plimpton J. Comput. Phys. 1995 117 1 19
43. W. G. Hoover Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1985 31 1695 1697
44. H. S. Ashbaugh H. A. Patel S. K. Kumar S. Garde J. Chem. Phys. 2005 122
45. Q. Sun R. Faller Comput. Chem. Eng. 2005 29 2380 2385
46. D. Bedrov C. Ayyagari G. D. Smith J. Chem. Theory Comput. 2006 2 598 606
47. J. Elezgaray M. Laguerre Comput. Phys. Commun. 2006 175 264 268
48. A. Rakshit R. C. Picu J. Chem. Phys. 2006 125
49. E. R. Chan X. Zhang C. Y. Lee M. Neurock A. Striolo C. McCabe P. T. Cummings J. Kieffer S. C. Glotzer Abstracts of Papers of the American Chemical Society 2005 230 U1253 U1254
50. G. A. Khelashvili H. L. Scott J. Chem. Phys. 2004 120 9841 9847
51. S. A. Pandit S. W. Chiu E. Jakobsson A. Grama H. L. Scott Langmuir 2008 24 6858 6865
52. S. A. Pandit S. Vasudevan S. W. Chiu R. J. Mashl E. Jakobsson H. L. Scott Biophys. J. 2004 87 1092 1100
53. T. Rog M. Pasenkiewicz-Gierula Biophys. J. 2006 91 3756 3767
54. Z. Zhang S. Y. Bhide M. L. Berkowitz J. Phys. Chem. B 2007 111 12888 12897
55. E. R. Chan A. Striolo C. McCabe P. T. Cummings S. C. Glotzer J. Chem. Phys. 2007 127 4102
56. L. J. Chen H. J. Qian Z. Y. Lu Z. S. Li C. C. Sun J. Phys. Chem. B 2006 110 24093 24100
57. M. E. Johnson T. Head-Gordon A. A. Louis J. Chem. Phys. 2007 126 10
58. J. Israelachvili, Intermolecular and surface forces, 2nd edn, Academic Press, London, 1991
59. S. W. Chiu E. Jakobsson R. J. Mashl H. L. Scott Biophys. J. 2002 83 1842 1853