Internal dynamics of an analytically coarse-grained protein

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 11, 2010, Pages 3601-3612

  Mazack, Michael J M ^a   Cembran, Alessandro ^a   Gao, Jiali ^a  

^a UNIVERSITY OF MINNESOTA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84859598864     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100426m     Document Type: Article

References (55)

1. Karplus, M.; McCammon, J. A. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 646.
2. Freddolino, P. L.; Arkhipov, A. S.; Larson, S. B.; McPherson, A.; Schulten, K. Structure 2006, 14, 437.
3. Dror, R. O.; Jensen, M. O.; Borhani, D. W.; Shaw, D. E. J. Gen. Physiol. 2010, 135, 555.
4. Voelz, V. A.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1526.
5. Dunning, T. H.; Schulten, K.; Tromp, J.; Ostriker, J. P.; Droegemeier, K.; Xue, M.; Fussell, P. Comput. Sci. Eng. 2009, 11, 28.
6. Arkhipov, A.; Roos, W. H.; Wuite, G. J. L.; Schulten, K. Biophys. J. 2009, 97, 2061.
7. Lu, L. Y.; Izvekov, S.; Das, A.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 954.
8. Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems; Voth, G. A., Ed.; Taylor & Francis Group: Boca Raton, FL, 2008.
9. McCammon, J. A.; Gelin, B. R.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585.
10. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
11. Jekeli, C.; Lee, J. K.; Kwon, J. H. J. Geodesy 2007, 81, 603.
12. Wieczorek, M. A. Treatise Geophys. 2007, 10, 165.
13. Colombo, O. Numerical Methods for Harmonic Analysis on the Sphere, Ph.D. Thesis, Ohio State University, 1981.
14. Sneeuw, N. Geophys. J. Int. 1994, 118, 707.
15. Max, N. L.; Getzoff, E. D. IEEE Comput. Graph. Appl. 1988, 8, 42.
16. Duncan, B. S.; Olson, A. J. Biopolymers 1993, 33, 231.
17. Duncan, B. S.; Olson, A. J. Biopolymers 1993, 33, 219.
18. Duncan, B. S.; Olson, A. J. J. Mol. Graph. 1995, 13, 258.
19. Sanner, M. F.; Olson, A. J.; Spehner, J.-C. Biopolymers 1996, 38, 305.
20. Ritchie, D. W.; Kemp, G. J. L. J. Comput. Chem. 1999, 20, 383.
21. Cai, W. S.; Shao, X. G.; Maigret, B. J. Mol. Graph. Model. 2002, 20, 313.
22. Morris, R. J.; Najmanovich, R. J.; Kahraman, A.; Thornton, J. M. Bioinformatics 2005, 21, 2347.
23. Mavridis, L.; Hudson, B. D.; Ritchie, D. W. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 1787.
24. Mak, L.; Grandison, S.; Morris, R. J. J. Mol. Graph. Model. 2008, 26, 1035.
25. Venkatraman, V.; Sael, L.; Kihara, D. Cell Biochem. Biophys. 2009, 54, 23.
26. Buchete, N. V.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. J. Mol. Graph. Model. 2004, 22, 441.
27. Duncan, B. S.; Olson, A. J. J. Mol. Graph. 1995, 13, 250.
28. Brooks, B.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 4995.
29. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1993, 17, 412.
30. Brooks, B. R.; Janezic, D.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1522.
31. Janezic, D.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1543.
32. Janezic, D.; Venable, R. M.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1554.
33. Wu, N.; Mo, Y.; Gao, J.; Pai, E. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 2017.
34. Dey, T. K.; Giesen, J.; Goswami, S. Algorithms Data Struct. Proc. 2003, 2748, 25.
35. Klees, R.; Tenzer, R.; Prutkin, I.; Wittwer, T. J. Geodesy 2008, 82, 457.
36. Arkhipov, A.; Freddolino, P. L.; Imada, K.; Namba, K.; Schulten, K. Biophys. J. 2006, 91, 4589.
37. Izvekov, S.; Swanson, J. M. J.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4711.
38. Lee, B.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1971, 55, 379.
39. Connolly, M. L. Science 1983, 221, 709.
40. Press, W. H.; Flannery, B. P.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T. Numerical Recipes; University of Cambridge: New York, 1992.
41. Henzler-Wildman, K. A.; Lei, M.; Thai, V.; Kerns, S. J.; Karplus, M.; Kern, D. Nature 2007, 450, 913.
42. Arkhipov, A.; Yin, Y.; Schulten, K. Biophys. J. 2008, 95, 2806.
43. Zhang, Z.; Lu, L. J.; Noid, W. G.; Krishna, V.; Plaendtner, J.; Voth, G. A. Biophys. J. 2008, 95, 5073.
44. Zhang, Z.; Plaendtner, J.; Grafmuller, A.; Voth, G. A. Biophys. J. 2009, 97, 2327.
45. Stroud, A. H.; Secrest, D. Gaussian Quadrature Formulas; Prentice-Hall Inc.: Englewood Cliffs, NJ, 1966.
46. Sloan, I. H.; Womersley, R. S. Adv. Comput. Math. 2004, 21, 107.
47. Mohlenkamp, M. J. J. Fourier Anal. Appl. 1999, 5, 159.
48. Luque, F. J.; Bachs, M.; Orozco, M. J. Comput. Chem. 1994, 15, 847.
49. Fischer, H.; Polikarpov, I.; Craievich, A. F. Protein Sci. 2004, 13, 2825.
50. White, E. T.; Tan, W. H.; Ang, J. M.; Tait, S.; Lister, J. D. Powder Technol. 2007, 179, 55.
51. Blais, J. A. R.; Provins, D. A.; Soofi, M. A. J. Supercomput. 2006, 38, 173.
52. Balis, J. A. R. In Computational Science - ICCS 2008 Part II; Bubak, M., van Albada, G. D., Dongarra, J., Eds.; Springer-Verlag: Berlin, 2008; Vol. LNCS 5102, p 638.
53. Jekeli, C. J. Geodesy 1996, 70, 214.
54. Mohlenkamp, M. J., A Fast Transform for Spherical Harmonics. Ph.D. Thesis, Yale University, 1997.
55. Driscoll, J. R.; Healy, D. M. Adv. Appl. Math. 1994, 15, 202.