Carbon dioxide migration pathways in proteins

Journal of Physical Chemistry Letters

Volumn 3, Issue 7, 2012, Pages 830-833

  Drummond, Michael L ^a   Wilson, Angela K ^a   Cundari, Thomas R ^a  

^a UNIVERSITY OF NORTH TEXAS   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL PROCESS; CARBON FIXATION; CHEMICAL NATURE; MIGRATION PATHWAY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE;

MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS;

CARBON DIOXIDE;

EID: 84859573777     PISSN: None     EISSN: 19487185     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jz3001085     Document Type: Article

References (55)

1. Catalysts for Nitrogen Fixation: Nitrogenases, Relevant Chemical Models and Commercial Processes; Smith, B. E., Richards, R. L., Newton, W. E., Eds.; Kluwer Academic Publishers: Norwell, MA, 2004.
2. Nelson, D. L.; Cox, M. M. Lehninger Principles of Biochemistry; W. H. Freeman: New York, 2005.
3. The Role of Nitric Oxide in Heart Failure; Jugdutt, B. I., Ed.; Springer-Verlag: New York, 2007.
4. Schneider, G.; Lindqvist, Y.; BraIndeÌn, C.-I. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 119-143
5. Tcherkez, G. G. B.; Farquhar, G. D.; Andrews, T. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 7246-7251
6. Ozdemir, E. Energy Fuels 2009, 23, 5725-5730
7. Bond, G. M.; Stringer, J.; Brandvold, D. K.; Simsek, F. A.; Medina, M.-G.; Egeland, G. Energy Fuels 2001, 15, 309-316
8. Mahato, S.; De, D.; Dutta, D.; Kundu, M.; Bhattacharya, S.; Schiavone, M. T.; Bhattacharya, S. K. Microb. Cell Fact. 2004, 3, 7
9. Tans, P. NOAA/ESRL. (www.esrl.noaa.gov/gmd/ccgg/trends/) accessed March 7, 2012.
10. Cundari, T. R.; Wilson, A. K.; Drummond, M. L.; Gonzalez, H. E.; Jorgensen, K. R.; Payne, S.; Braunfeld, J.; De Jesus, M.; Johnson, V. M. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 2111-2115
11. Drummond, M. L.; Wilson, A. K.; Cundari, T. R. J. Mol. Model. 2011, accepted for publication 10.1007/s00894-011-1276-0
12. Drummond, M. L.; Wilson, A. K.; Cundari, T. R. Energy Fuel. 2010, 24, 1464-1470
13. Knapp, J. E.; Pahl, R.; Cohen, J.; Nichols, J. C.; Schulten, K.; Gibson, Q. H.; SÌŒrajer, V.; Royer, W. E., Jr. Structure 2009, 17, 1494-1504
14. Lutz, S.; Nienhaus, K.; Nienhaus, G. U.; Meuwly, M. J. Phys. Chem. B. 2009, 113, 15334-15343
15. Nienhaus, K.; Lutz, S.; Meuwly, M.; Nienhaus, G. U. ChemPhysChem 2010, 11, 119-129
16. Birukou, I.; Soman, J.; Olson, J. S. J. Biol. Chem. 2011, 286, 10515-10529
17. Brunori, M.; Vallone, B.; CutruzzolaÌ, F.; Travaglini-Allocatelli, C.; Berendzen, J.; Chu, K.; Sweet, R. M.; Schlichting, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 2058-2063
18. Chu, K.; Vojtchovský, J.; McMahon, B. H.; Sweet, R. M.; Berendzen, J.; Schlichting, I. Nature 2000, 403, 921-923
19. Nienhaus, K.; Knapp, J. E.; Palladino, P.; Royer, W. E., Jr.; Nienhaus, G. U. Biochemistry 2007, 46, 14018-14031
20. Ostermann, A.; Waschipky, R.; Parak, F. G.; Nienhaus, G. U. Nature 2000, 404, 205-208
21. Tomita, A.; Sato, T.; Ichiyanagi, K.; Nozawa, S.; Ichikawa, H.; Chollet, M.; Kawai, F.; Park, S.-Y.; Tsuduki, T.; Yamato, T.; Koshihara, S.-Y.; Adachi, S.-I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 2612-2616
22. Anselmi, M.; Brunori, M.; Vallone, B.; Di Nola, A. Biophys. J. 2007, 93, 434-441
23. Anselmi, M.; Di Nola, A.; Amadei, A. J. Phys. Chem. B. 2011, 115, 2436-2446
24. Anselmi, M.; Di Nola, A.; Amadei, A. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011, 79, 867-879
25. Bidon-Chanal, A.; Martí, M. A.; Estrin, D. A.; Luque, F. J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 6782-6788
26. Bocahut, A.; Bernad, S.; Sebban, P.; Sacquin-Mora, S. J. Phys. Chem. B. 2009, 113, 16257-16267
27. Bossa, C.; Amadei, A.; Daidone, I.; Anselmi, M.; Vallone, B.; Brunori, M.; Di Nola, A. Biophys. J. 2005, 89, 465-474
28. Ceccarelli, M.; Anedda, R.; Casu, M.; Ruggerone, P. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008, 71, 1231-1236
29. Cohen, J.; Arkhipov, A.; Braun, R.; Schulten, K. Biophys. J. 2006, 91, 1844-1857
30. Elber, R.; Gibson, Q. H. J. Phys. Chem. B. 2008, 112, 6147-6154
31. Heroux, M. S.; Mohan, A. D.; Olsen, K. W. IUBMB Life 2011, 63, 214-220
32. Mishra, S.; Meuwly, M. Biophys. J. 2009, 96, 2105-2118
33. Nishihara, Y.; Hayashi, S.; Kato, S. Chem. Phys. Lett. 2008, 464, 220-225
34. Nishihara, Y.; Kato, S.; Hayashi, S. Biophys. J. 2010, 98, 1649-1657
35. Ruscio, J. Z.; Kumar, D.; Shukla, M.; Prisant, M. G.; Murali, T. M.; Onufriev, A. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 9204-9209
36. Elber, R.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9161-9175
37. Teixeira, V. H.; Baptista, A. M.; Soares, C. M. Biophys. J. 2006, 91, 2035-2045
38. Swails, J. M.; Meng, Y.; Walker, F. A.; Martí, M. A.; Estrin, D. A.; Roitberg, A. E. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1192-1201
39. Zhang, Y.; Lu, M.; Cheng, Y.; Li, Z. J. Mol. Graph. Model. 2010, 28, 814-819
40. Merz, J., K. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 406-411
41. Liang, J.-Y.; Lipscomb, W. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 3675-3679
42. Krebs, A.; Bridger, W. A. Can. J. Biochem. 1980, 58, 309-318
43. Arnelle, D. R.; OâLeary, M. H. Biochemistry 1992, 31, 4363-4368
44. Cotelesage, J. J. H.; Puttick, J.; Goldie, H.; Rajabi, B.; Novakovski, B.; Delbaere, L. T. J. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2007, 39, 1204-1210
45. Du, Q.-S.; Fan, X.-W.; Wang, C.-H.; Huang, R.-B. PLoS ONE 2011, 6, e24264
46. Domsic, J. F.; McKenna, R. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1804, 326-331
47. DeYonker, N. J.; Cundari, T. R.; Wilson, A. K. J. Chem. Phys. 2006, 124, 114104
48. Leung, K.; Nielsen, I. M. B.; Kurtz, I. J. Phys. Chem. B. 2007, 111, 4453-4459
49. Wang, X. S.; Roitberg, A. E.; Richards, N. G. J. Biochemistry 2009, 48, 12272-12282
50. Sullivan, S. M.; Holyoak, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 13829-13834
51. Carlson, G. M.; Holyoak, T. J. Biol. Chem. 2009, 284, 27037-27041
52. Johnson, T. A.; Holyoak, T. Biochemistry 2010, 49, 5716-5187
53. Zamyatnin, A. A. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1972, 24, 107-123
54. Pérez, E.; Espinoza, R.; Laivenieks, M.; Cardemil, E. Biochimie 2008, 90, 1685-1692
55. Zeikus, J. G.; Jain, M. K.; Elankovan, P. Appl. Microbiol. Biotechnol. 1999, 51, 545-552