Ejection dynamics of a semiflexible DNA polymer from a capsid

Journal of the Physical Society of Japan

Volumn 81, Issue 3, 2012, Pages

  Matsuyama, Akihiko ^a   Yano, Masato ^a  

^a KYUSHU INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Japan)

Author keywords

Dna ejection; Langevin dynamics; Semiflexible polymer

Indexed keywords

EID: 84858054352     PISSN: 00319015     EISSN: 13474073     Source Type: Journal    
DOI: 10.1143/JPSJ.81.034802     Document Type: Article

References (33)

1. W. C. Earnshaw and S. C. Harrison: Nature 268 (1977) 598.
2. S. C. Reimer and V. A. Bloomfield: Biopolymers 17 (1978) 785.
3. W. C. Earnshaw and S. R. Casjens: Cell 21 (1980) 319.
4. P. Serwer: Biopolymers 27 (1988) 165.
5. I. J. Molineux: Mol. Microbiol. 40 (2001) 1.
6. D. E. Smith, S. J. Tans, S. B. Smith, S. Grimes, D. I. Anderson, and C. Bustamante: Nature 413 (2001) 748.
7. J. Kindt, S. Tzlil, A. Ben-Shaul, and W. M. Gelbart: Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 98 (2001) 13671.
8. S. Tzlil, J. T. Kindt, W. M. Gelbart, and A. Ben-Shaul: Biophys. J. 84 (2002) 1616.
9. P. K. Purohit, J. Kondev, and R. Philips: Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 100 (2003) 3173.
10. P. K. Purohit, M. M. Inamdar, P. D. Grayson, T. M. Squires, and J. Kondev: Biophys. J. 88 (2005) 851.
11. A. Evilevitch, L. Lavelle, C. M. Knobler, E. Raspaud, and W. M. Gelbart: Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 100 (2003) 9292.
12. A. Evilevitch: J. Phys. Chem. B 110 (2006) 22261.
13. S. Mangenot, M. Hochrein, J. Radler, and L. Letellier: Curr. Biol. 15 (2005) 430.
14. M. de Frutos, L. Letellier, and E. Raspaud: Biophys. J. 88 (2005) 1364.
15. M. de Frutos, S. Brasiles, P. Tavares, and E. Raspaud: Eur. Phys. J. E 17 (2005) 429.
16. P. Grayson, L. Han, T. Winther, and R. Phillips: Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104 (2007) 14652.
17. M. Castelnovo and A. Evilevitch: Eur. Phys. J. E 24 (2007) 9.
18. D. Lof, K. Schillen, B. Jonsson, and A. Evilevitch: J. Mol. Biol. 368 (2007) 55.
19. Y. R. Chemla, K. Aathavan, J. Mixhaelis, S. Grimes, P. J. Jardine, D. J. Anderson, and C. Bustamante: Cell 122 (2006) 683.
20. M. Muthukumar: Phys. Rev. Lett. 86 (2001) 3188.
21. I. Ali, D. Marenduzzo, and J. M. Yeomans: Phys. Rev. Lett. 96 (2006) 208102.
22. I. Ali, D. Marenduzzo, and J. M. Yeomans: Biophys. J. 94 (2008) 4159.
23. C. Forrey and M. Muthukumar: Biophys. J. 91 (2006) 25.
24. D. Marenduzzo, E. Orlandini, A. Stasiak, De. W. Sumners, L. Tubiana, and C. Micheletti: Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 106 (2009) 22269.
25. A. Matsuyama, M. Yano, and A. Matsuda: J. Chem. Phys. 131 (2009) 105104.
26. S. Tsuchiya and A. Matsuyama: Phys. Rev. E 76 (2007) 011801.
27. R. Matthews, A. A. Louis, and J. M. Yeomas: Phys. Rev. Lett. 102 (2009) 088101.
28. D. Marenduzzo: Comput. Math. Meth. Med. 9 (2008) 317.
29. Z. Li, J. Wu, and Z.-G. Wang: Biophys. J. 94 (2008) 737.
30. A. Cacciuto and E. Luijten: Phys. Rev. Lett. 96 (2006) 238104.
31. T. Sakaue: Phys. Rev. E 81 (2010) 041808.
32. T. Sakaue and N. Yoshinaga: Phys. Rev. Lett. 102 (2009) 148302.
33. M. P. Allen and D. J. Tildesley: Computer Simulation of Liquids (Clarendon Press, Oxford, U. K., 1987).