An accurate density functional theory based estimation of pK a values of polar residues combined with experimental data: From amino acids to minimal proteins

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 12, 2012, Pages 4181-4187

  Matsui, Toru ^a   Baba, Takeshi ^a,b   Kamiya, Katsumasa ^c   Shigeta, Yasuteru ^a  

^a OSAKA UNIVERSITY   (Japan)

^b UNIVERSITY OF HYOGO   (Japan)

^c UNIVERSITY OF TSUKUBA   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; PH; QUANTUM THEORY;

AMINO ACIDS; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; PROTEINS; QUANTUM THEORY;

EID: 84857740714     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp23069k     Document Type: Article

References (63)

1. R. S. Norton H. J. Bradbury J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1974 870
2. T. Kesvatera B. Jönsson E. Thulin S. Linse J. Mol. Biol. 1996 259 828
3. D. Khare P. Alexander J. Antosiewicz P. Bryan M. Gilson J. Orban Biochemistry 1997 36 3580
4. M. Tollinger J. D. Forman-Kay L. E. Kay J. Am. Chem. Soc. 2002 124 5714
5. I. André S. Linse F. A. A. Mulder J. Am. Chem. Soc. 2007 129 15805
6. A. H. Juffer H. J. Vogel Proteins 2000 41 554
7. T. Simonson J. Carlsson D. A. Case J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4167
8. E. Hajjar A. Dejaegere N. Reuter J. Phys. Chem. A 2009 113 11783
9. H. Li A. D. Robertson J. H. Jensen Proteins 2005 61 704
10. D. C. Bas D. M. Rogers J. H. Jensen Proteins 2008 73 765
11. M. H. M. Olsson C. R. Søndergaard M. Rostkowski J. H. Jensen J. Chem. Theory Comput. 2011 7 525
12. C. R. Søndergaard M. H. M. Olsson M. Rostkowski J. H. Jensen J. Chem. Theory Comput. 2011 7 2284
13. M. Peräkylä Phys. Chem. Chem. Phys. 1999 1 5643
14. M. D. Liptak G. C. Shields J. Am. Chem. Soc. 2001 123 7314
15. M. D. Liptak P. G. Seybold S. Feldgus G. C. Shields J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6421
16. N. L. Doltsinis M. Sprik Phys. Chem. Chem. Phys. 2003 5 2612
17. J. Ho M. L. Coote J. Chem. Theory Comput. 2009 5 295
18. R. Gilson M. C. Durrant Dalton Trans. 2009 10223
19. T. B. Lee M. L. McKee Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 10258
20. A. Klamt F. Eckert M. Diedenhofen M. E. Beck J. Phys. Chem. A 2003 107 9380
21. A. P. Harding D. C. Wedge P. L. A. Popelier J. Chem. Inf. Model. 2009 49 1914
22. A. P. Harding P. L. A. Popelier Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 11264
23. A. P. Harding P. L. A. Popelier Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 11283
24. J. Ho M. L. Coote Theor. Chem. Acc. 2010 125 3
25. M. Sprik G. Ciccotti J. Chem. Phys. 1998 109 7737
26. J. E. Davies N. L. Doltsinis A. J. Kirby C. D. Roussev M. Sprik J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6594
27. N. L. Doltsinis M. Sprik Phys. Chem. Chem. Phys. 2003 5 2612
28. M. Sulpizi M. Sprik Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 5238
29. J. Cheng M. Sulpizi M. Sprik J. Chem. Phys. 2009 131 154504
30. M. Mangold L. Rolland F. Costanzo M. Sprik M. Sulpizi J. Blumberger J. Chem. Theory Comput. 2011 7 1951
31. A. Klamt G. Schüürmann J. Chem. Soc., Perkin Trans 2 1993 799
32. V. Barone M. Cossi J. Phys. Chem. A 1998 102 1995
33. M. T. Cancès B. Mennucci J. Tomasi J. Chem. Phys. 1997 107 3032
34. B. Mennucci J. Tomasi J. Chem. Phys. 1997 106 5151
35. J. B. Foresman T. A. Keith K. B. Wiberg J. Snoonian M. J. Frisch J. Phys. Chem. 1996 100 16098
36. J. R. Pliego Jr. J. M. Riveros Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 1622
37. Y. Takano K. N. Houk J. Chem. Theory Comput. 2005 1 70
38. T. Matsui A. Oshiyama Y. Shigeta Chem. Phys. Lett. 2011 502 248
39. T. Matsui H. Miyachi T. Baba Y. Shigeta J. Phys. Chem. A 2011 115 8504
40. S. L. Dixon K. M. Merz J. Chem. Phys. 1996 104 6643
41. V. Gogonea L. M. Westerhoff K. M. Merz J. Chem. Phys. 2000 113 5604
42. D. M. Shaw A. St-Amant J. Theor. Comput. Chem. 2004 3 419
43. M. Kobayashi T. Akama H. Nakai J. Chem. Phys. 2006 125 204106
44. X. He K. M. Merz Jr J. Chem. Theor. Comput. 2010 6 405
45. K. Kitaura Chem. Phys. Lett. 1999 313 701
46. T. Nagata D. G. Fedorov K. Kitaura M. S. Gordon J. Chem. Phys. 2009 131 024101
47. M. J. Frisch, et al., Gaussian 09, Revision A. 02, Gaussian, Inc, Wallingford, CT, 2009
48. H. C. Brown, et al., in Determination of Organic Structures by Physical Methods, ed., E. A. Braude, and, F. C. Nachod, Academic Press, New York, USA, 1955
49. M. M. Fickling A. Fischer B. R. Mann J. Packer J. Vaughan J. Am. Chem. Soc. 1959 81 4226
50. M. M. Kreevoy E. T. Harper R. E. Duvall H. S. Wilgus III L. T. Ditsch J. Am. Chem. Soc. 1960 82 4899
51. J. P. Danehy C. J. Noel J. Am. Chem. Soc. 1960 82 2511
52. T. C. Bruice G. L. Schmir J. Am. Chem. Soc. 1958 80 148
53. P. Ballinger F. A. Long J. Am. Chem. Soc. 1960 82 795
54. G. J. Tawa I. A. Topol S. K. Burt R. A. Caldwell A. A. Rashin J. Chem. Phys. 1998 109 4852
55. M. D. Tissandier K. A. Cowen W. Y. Feng E. Gundlach M. H. Cohen A. D. Earhart J. V. Coeamd T. R. Tuttle Jr J. Phys. Chem. A 1998 102 7787
56. C. P. Kelly C. J. Cramer D. G. Truhlar J. Phys. Chem. B 2006 110 16066
57. R. M. C. Dawson, et al., Data for Biochemical Research, Clarendon Press, Oxford, UK, 1959
58. Y. Nozaki C. Tanford Methods Enzymol. 1967 11 715
59. J. E. Nielsen G. Vriend Proteins 2001 43 403
60. S. Honda K. Yamasaki Y. Sawada H. Morii Structure 2004 12 1507
61. J. W. Neidigh R. M. Fesinmeyer N. H. Andersen Nat. Struct. Biol. 2002 9 425
62. A. A. Gorfe P. Ferrara A. Caflisch D. N. Marti H. R. Bosshard I. Jelesarov Proteins 2002 46 41
63. T. Baba K. Kamiya T. Matsui N. Shibata Y. Higuchi T. Kobayashi S. Negoro Y. Shigeta Chem. Phys. Lett. 2011 507 157