Exploring structural change of protein bovine serum albumin by external perturbation using extrinsic fluorescence probe: Spectroscopic measurement, molecular docking and molecular dynamics simulation

Photochemical and Photobiological Sciences

Volumn 11, Issue 2, 2012, Pages 323-332

  Jana, Sankar ^a   Ghosh, Shalini ^a   Dalapati, Sasanka ^a   Guchhait, Nikhil ^a  

^a UNIVERSITY OF CALCUTTA   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BOVINAE;

EID: 84856734694     PISSN: 1474905X     EISSN: 14749092     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1pp05180f     Document Type: Article

References (69)

1. F. L. Cui J. Fan W. Li Y. C. Fan Z. D. Hu J. Pharm. Biomed. Anal. 2004 34 189 197
2. E. L. Gelamo C. H. Silva H. Imasato M. Tabak Biochim. Biophys. Acta, Protein Struct. Mol. Enzymol. 2002 1594 84 99
3. X. M. He D. C. Carter Nature 1992 358 209 215
4. I. Sjoholm B. Ekman A. Kober I. Ljungstedt-Pahlman B. Seiving T. Sjodin Mol. Pharmacol. 1979 16 767 777
5. K. Yamasaki T. Maruyama U. Kragh-Hansen M. Otagiri Biochim. Biophys. Acta, Protein Struct. Mol. Enzymol. 1996 1295 147 157
6. T. Chakraborty I. Chakraborty S. P. Moulik S. Ghosh Langmuir 2009 25 3062 3074
7. O. K. Abou-Zied O. I. Al-Shihi J. Am. Chem. Soc. 2008 130 10793 10801
8. O. K. Abou-Zied J. Phys. Chem. B 2007 111 9879 9885
9. D. C. Carter J. X. Ho Adv. Protein Chem. 1994 45 153 203
10. P. S. Sardar S. Samanta S. S. Maity S. Dasgupta S. Ghosh J. Phys. Chem. B 2008 112 3451 3461
11. Y. Moriyama D. Ohta K. Hachiya Y. Mitsui K. Takeda J. Protein Chem. 1996 15 265 272
12. D. C. Carter X. M. He Science 1990 249 302 303
13. H. Benyamini A. Shulman-Peleg H. J. Wolfson B. Belgorodsky L. Fadeev M. Gozin Bioconjugate Chem. 2006 17 378 386
14. S. Ghosh N. Guchhait ChemPhysChem 2009 10 1664 1671
15. B. Ahmad M. Z. Ahmed S. K. Haq R. H. Khan Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2005 1750 93 102
16. B. K. Paul A. Samanta N. Guchhait J. Phys. Chem. B 2010 114 6183 6196
17. C. Henoumont L. Vander Elst S. Laurent R. Muller JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2009 14 683 691
18. A. Valstar M. Almgren W. Brown M. Vasilescu Langmuir 2000 16 922 927
19. A. Michnik J. Therm. Anal. Calorim. 2007 87 91 96
20. B. Sudhamalla M. Gokara N. Ahalawat D. G. Amooru R. Subramanyam J. Phys. Chem. B 2010 114 9054 9062
21. J. Li X. Zhu C. Yang R. Shi J. Mol. Model. 2009 16 789 798
22. S. Neelam M. Gokara B. Sudhamalla D. G. Amooru R. Subramanyam J. Phys. Chem. B 2010 114 3005 3012
23. O. Deeb M. C. Rosales-Hernandez C. Gomez-Castro R. Garduno-Juarez J. Correa-Basurto Biopolymers 2010 93 161 170
24. S. Ghosh S. Jana D. Nath N. Guchhait J. Fluoresc. 2010 21 365 374
25. D. Sarkar A. Mahata P. Das A. Girigoswami D. Ghosh N. Chattopadhyay J. Photochem. Photobiol., B 2009 96 136 143
26. D. Sahoo P. Bhattacharya S. Chakravorti J. Phys. Chem. B 2010 114 10442 10450
27. A. Gayen C. Chatterjee C. Mukhopadhyay Biomacromolecules 2008 9 974 983
28. T. S. Singh S. Mitra Photochem. Photobiol. Sci. 2008 7 1063 1070
29. B. Chakraborty S. Basu J. Lumin. 2009 129 34 39
30. A. Mallick B. Haldar N. Chattopadhyay J. Phys. Chem. B 2005 109 14683 14690
31. D. Banerjee S. K. Pal Photochem. Photobiol. 2008 84 750 757
32. B. Bhattacharya S. Nakka L. Guruprasad A. Samanta J. Phys. Chem. B 2009 113 2143 2150
33. F.-Y. Wu Z.-J. Ji Y.-M. Wu X.-F. Wan Chem. Phys. Lett. 2006 424 387 393
34. S. Jana S. Ghosh S. Dalapati S. Kar N. Guchhait Spectrochim. Acta, Part A 2011 78 463 468
35. J. R. Lakowicz, Principles of fluorescence spectroscopy, Springer, 2006
36. A. Chakrabarty A. Mallick B. Haldar P. Das N. Chattopadhyay Biomacromolecules 2007 8 920 927
37. S. Bhattacharya T. K. Pradhan A. De S. R. Chaudhury A. K. De T. Ganguly J. Phys. Chem. A 2006 110 5665 5673
38. Y. H. Chen J. T. Yang H. M. Martinez Biochemistry 1972 11 4120 4131
39. T. Schwede J. Kopp N. Guex M. C. Peitsch Nucleic Acids Res. 2003 31 3381 3385
40. S. Sugio A. Kashima S. Mochizuki M. Noda K. Kobayashi Protein Eng., Des. Sel. 1999 12 439 446
41. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, A. Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, 2003
42. A. Pedretti L. Villa G. Vistoli J. Comput.-Aided Mol. Des. 2004 18 167 173
43. G. M. Morris D. S. Goodsell R. S. Halliday R. Huey W. E. Hart R. K. Belew A. J. Olson J. Comput. Chem. 1998 19 1639 1662
44. J. C. Phillips R. Braun W. Wang J. Gumbart E. Tajkhorshid E. Villa C. Chipot R. D. Skeel L. Kalé K. Schulten J. Comput. Chem. 2005 26 1781 1802
45. A. D. MacKerell D. Bashford Bellott R. L. Dunbrack J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiórkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
46. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 27 38
47. C. Anuradha C. Mulakayala B. Babajan M. Naveen C. Rajasekhar C. Kumar J. Mol. Model. 2009 16 77 85
48. P. F. Batcho D. A. Case T. Schlick J. Chem. Phys. 2001 115 4003 4018
49. D. Sarkar P. Das S. Basak N. Chattopadhyay J. Phys. Chem. B 2008 112 9243 9249
50. N. K. Modukuru K. J. Snow B. S. Perrin J. Thota C. V. Kumar J. Phys. Chem. B 2005 109 11810 11818
51. S. Mahanta R. B. Singh N. Guchhait J. Fluoresc. 2008 19 291 302
52. R. B. Singh S. Mahanta A. Bagchi N. Guchhait Photochem. Photobiol. Sci. 2009 8 101 110
53. H. A. Benesi J. H. Hildebrand J. Am. Chem. Soc. 1949 71 2703 2707
54. S. Mukherjee A. Chattopadhyay Langmuir 2005 21 287 293
55. S. Haldar A. Chattopadhyay J. Phys. Chem. B 2007 111 14436 14439
56. M. G. Gore, Spectrophotometry and spectrofluorimetry: a practical approach, Oxford University Press, 2000
57. B. Ahmad S. Parveen R. H. Khan Biomacromolecules 2006 7 1350 1356
58. Y. Moriyama K. Takeda Langmuir 1999 15 2003 2008
59. T. K. Maiti K. S. Ghosh J. Debnath S. Dasgupta Int. J. Biol. Macromol. 2006 38 197 202
60. N. Ibrahim H. Ibrahim S. Kim J.-P. Nallet F. o. Nepveu Biomacromolecules 2010 11 3341 3351
61. X.-F. Zhang L. Xie Y. Liu J.-F. Xiang L. Li Y.-L. Tang J. Mol. Struct. 2008 888 145 151
62. M. Gokara B. Sudhamalla D. G. Amooru R. Subramanyam PLoS One 2010 5 e8834
63. E. Jardón-Valadez A. Ulloa-Aguirre A. n. Piñeiro J. Phys. Chem. B 2008 112 10704 10713
64. M. A. Kiselev Y. A. Gryzunov G. E. Dobretsov M. N. Komarova Biofizika 2001 46 423 427
65. D. M. Davis D. J. S. Birch J. Fluoresc. 1996 6 23 32
66. Z. R. Grabowski K. Rotkiewicz W. Rettig Chem. Rev. 2003 103 3899 4032
67. R. Misra A. Mandal M. Mukhopadhyay D. K. Maity S. P. Bhattacharyya J. Phys. Chem. B 2009 113 10779 10791
68. R. Das D. Guha S. Mitra S. Kar S. Lahiri S. Mukherjee J. Phys. Chem. A 1997 101 4042 4047
69. N. J. Turro X.-G. Lei K. P. Ananthapadmanabhan M. Aronson Langmuir 1995 11 2525 2533