Identifying clusters as low-lying mimina-efficiency of stochastic and genetic algorithms using inexpensive electronic structure levels

Journal of Computational Chemistry

Volumn 33, Issue 5, 2012, Pages 502-508

  Avaltroni, Fabrice ^a   Corminboeuf, Clemence ^a  

^a EPFL   (Switzerland)

Author keywords

genetic algorithm; isomeric search; multicenter bonding; semiempirical levels

Indexed keywords

AB INITIO; CHEMICAL BONDINGS; CHEMICAL COMPOSITIONS; COST-EFFICIENT; ENERGY FORMS; ISOMERIC SEARCH; MOLECULAR CANDIDATES; RANDOM SEARCHES; SEARCH ALGORITHMS; SEMI-EMPIRICAL; SEMI-EMPIRICAL METHODS;

BORON; BORON COMPOUNDS; CHEMICAL BONDS; COMPUTATIONAL EFFICIENCY; ELECTRONIC STRUCTURE; GALLIUM ALLOYS; GENETIC ALGORITHMS; QUANTUM CHEMISTRY;

CLUSTERING ALGORITHMS;

EID: 84856214387     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.22882     Document Type: Article

References (84)

1. H. Monkhorst, Chem Commun 1968, 18, 1111.
2. R. Hoffmann, R. W. Alder, C. F. Wilcox, J Am Chem Soc 1970, 92, 4992.
3. D. Röttger, G. Erker, Angew Chem Int Ed 1997, 36, 812.
4. A. I. Boldyrev, J. Simons, J Am Chem Soc 1998, 120, 7967.
5. X. Li, L.-S. Wang, A. I. Boldyrev, J. Simons, J Am Chem Soc 1999, 121, 6033.
6. G. Merino, M. A. Mendez-Rojas, A. Vela, T. Heine, J Comput Chem 2007, 28, 362.
7. Z.-X. Wang, C.-G. Zhang, Z. Chen, P. v. R. Schleyer, Inorg Chem 2008, 47, 1332.
8. Y.-B. Wu, H.-G. Lu, S.-D. Li, Z.-X. Wang, J Phys Chem A 2009, 113, 3395.
9. C. Zhang, W. Jia, Z. Cao, J Phys Chem A 2010, 114, 7960.
10. Z.-H. Cui, C.-B. Shao, S.-M. Gao, Y.-H. Ding, Phys Chem Chem Phys 2010, 12, 13637.
11. Y.-B. Wu, J.-L. Jiang, H. Li, Z. Chen, Z.-X. Wang, Phys Chem Chem Phys 2010, 12, 58.
12. F. Dong, S. Heinbuch, Y. Xie, J. J. Rocca, E. R. Bernstein, Phys Chem Chem Phys 2010, 12, 2569.
13. A. I. Boldyrev, P. v. R. Schleyer, J Am Chem Soc 1991, 21, 1536.
14. R. M. Minyaev, T. N. Gribanova, Russ Chem Bull 2000, 49, 783.
15. K. Exner, P. v. R. Schleyer, Science 2000, 290, 1937.
16. Z.-X. Wang, P. v. R. Schleyer, Science 2001, 292, 2465.
17. L.-M. Wang, W. Huang, B. B. Averkiev, A. I. Boldyrev, L.-S. Wang, Angew Chem Int Ed 2007, 46, 4550.
18. S.-D. Li, C.-Q. Miao, J.-C. Guo, J Phys Chem A 2007, 111, 12069.
19. K. Ito, Z. Chen, C. Corminboeuf, C. S. Wannere, X. H. Zhang, Q. S. Li, P. v. R. Schleyer, J Am Chem Soc 2007, 129, 1510.
20. B. B. Averkiev, D. Y. Zubarev, L.-M. Wang, W. Huang, L.-S. Wang, A. I. Boldyrev, J Am Chem Soc 2008, 130, 9248.
21. S. Shahbazian, S. Alizadeh, J Phys Chem A 2008, 112, 10365.
22. Y. Pei, W. An, K. Ito, P. v. R. Schleyer, X. C. Zeng, J Am Chem Soc 2008, 130, 10394.
23. B. B. Averkiev, L.-M. Wang, W. Huang, L.-S. Wang, A. I. Boldyrev, Phys Chem Chem Phys 2009, 11, 9840.
24. J. O. C. Jimenez-Halla, Y.-B. Wu, Z.-X. Wang, R. Islas, T. Heine, G. Merino, Chem Commun 2010, 46, 8776.
25. V. Bonacic-Koutecky, P. Fantucci, J. Koutecky, Chem Rev 1991, 91, 1035.
26. H.-J. Zhai, A. N. Alexandrova, K. A. Birch, A. I. Boldyrev, L.-S. Wang, Angew Chem Int Ed 2003, 42, 6004.
27. A. N. Alexandrova, H.-J. Zhai, L.-S. Wang, A. I. Boldyrev, Inorg Chem 2004, 43, 3552.
28. R. Islas, T. Heine, K. Ito, P. v. R. Schleyer, G. Merino, J Am Chem Soc 2007, 129, 14767.
29. Z. Pu, K. Ito, P. v. R. Schleyer, Q. S. Li, Inorg Chem 2009, 48, 10679.
30. J. O. C. Jimenez-Halla, R. Islas, T. Heine, G. Merino, Angew Chem Int Ed 2010, 49, 1.
31. W. Huang, A. P. Sergeeva, H.-J. Zhai, B. B. Averkiev, L.-S. Wang, A. I. Boldyrev, Nat Chem 2010, 2, 202.
32. E. D. Jemmis, G. Subramanian, A. J. Kos, P. v. R. Schleyer, J Am Chem Soc 1997, 119, 9504.
33. V. I. Minkin, R. M. Minyaev, A. G. Starikov, T. N. Gribanova, Russ J Org Chem 2005, 41, 1289.
34. J. C. Santos, P. Fuentealba, Chem Phys Lett 2007, 443, 439.
35. W. Tiznado, N. Perez-Peralta, R. Islas, A. Toro-Labbe, J. M. Ugalde, G. Merino, J Am Chem Soc 2009, 131, 9426.
36. Y.-B. Wu, J.-L. Jiang, H.-G. Lu, Z.-X. Wang, N. Perez-Peralta, R. Islas, M. Contreras, G. Merino, J. I.-C. Wu, P. v. R. Schleyer, Chem Eur J 2011, 17, 714.
37. Special Issue, Chem Rev 2005, 105, 10.
38. Special Issue, Chem Rev 2001, 101, 5.
39. S. N. Khanna, P. Jena, Chem Phys Lett 1994, 219, 479.
40. J. Li, X. Li, H.-J. Zhai, L.-S. Wang, Science 2003, 299, 864.
41. S. Neukermans, E. Janssens, Z. F. Chen, R. E. Silverans, P. v. R. Schleyer, P. Lievens, Phys Rev Lett 2004, 92, 163401.
42. D. E. Bergeron, A. W. Castleman, Jr., T. Morisato, S. N. Khanna, Science 2004, 304, 84.
43. D. E. Bergeron, P. J. Roach, A. W. Castleman, Jr., N. O. Jones, S. N. Khanna, Science 2005, 307, 231.
44. A. C. Reber, S. N. Khanna, A. W. Castleman, Jr., J Am Chem Soc 2007, 129, 10189.
45. U. Das, K. Raghavachari, J Chem Theory Comput 2008, 4, 2011.
46. A. W. Castleman, Jr., S. N. Khanna, J Phys Chem C 2009, 113, 2664.
47. J. U. Reveles, P. A. Clayborne, A. C. Reber, S. N. Khanna, K. Pradhan, P. Sen, M. R. Penderson, Nat Chem 2009, 1, 310.
48. V. M. Medel, J. U. Reveles, S. N. Khanna, V. Chauhan, P. Sen, A. W. Castleman, Proc Natl Acad Sci USA 2011, 108, 10062.
49. S. Kirkpatrick, C. D. J. Gelatt, M. P. Vecchi, Science 1983, 220, 671.
50. D. Wales, H. Scheraga, Science 1999, 285, 1368.
51. D. M. Deaven, K. M. Ho, Phys Rev Lett 1995, 75, 288.
52. K. A. Jackson, M. Horoi, I. Chaudhuri, T. Frauenheim, A. A. Shvartsburg, Phys Rev Lett 2004, 93, 0134011.
53. S. Goedecker, J Chem Phys 2004, 120, 9911.
54. S. Goedecker, W. Hellmann, T. Lenosky, Phys Rev Lett 2005, 95, 055501.
55. D. Cvijovic, J. Klinowski, Science 1995, 267, 664.
56. S. D. Hong, M. S. Jhon, Chem Phys Lett 1997, 267, 422.
57. M. Dorigo, V. Maniezzo, A. Colorni, IEEE T Syst Man Cybern B 1996, 26, 29.
58. E. Bonabeau, M. Dorigo, G. Theraulaz, Nature 2000, 406, 39.
59. S. T. Call, D. Y. Zubarev, A. I. Boldyrev, J Comput Chem 2007, 28, 1177.
60. L. Lloyd, R. Johnston, Chem Phys 1998, 236, 107.
61. M. Saunders, J Comput Chem 2004, 25, 621.
62. B. Hartke, Angew Chem Int Ed 2002, 41, 1468.
63. J. Chandrasekhar, M. Saunders, W. L. Jorgensen, J Comput Chem 2001, 22, 1646.
64. D. Roy, C. Corminboeuf, C. S. Wannere, R. B. King, P. v. R. Schleyer, Inorg Chem 2006, 45, 8902.
65. P. P. Bera, K. W. Sattelmeyer, M. Saunders, H. F. Schaefer, III, P. v. R. Schleyer, J Phys Chem A 2006, 110, 4287.
66. S. E. Wheeler, P. v. R. Schleyer, H. F. Schaefer, III, J Chem Phys 2007, 126, 104104.
67. M. A. Addicoat, G. F. Metha, J Comput Chem 2008, 30, 57.
68. F. Avaltroni, C. Corminboeuf, J Comput Chem 2011, 32, 1869.
69. R. Johnston, Dalton Trans 2003, 22, 4193.
70. A. N. Alexandrova, A. I. Boldyrev, Y.-J. Fu, X. Yang, X.-B. Wang, L.-S. Wang, J Chem Phys 2004, 121, 5709.
71. J. J. P. Stewart, J Mol Model 2007, 13, 1173.
72. L.-M. Yang, H.-P. He, Y.-H. Ding, C.-C. Sun, Organometallics 2008, 27, 1727.
73. R. D. Shannon, Acta Crystallogr 1976, A32, 751.
74. P. Pyykko, S. Riedel, M. Patzschke, Chem Eur J 2005, 11, 3511.
75. A. D. Becke, J Chem Phys 1993, 98, 5648.
76. C. Lee, W. Yang, R. G. Parr, Phys Rev B: Condens Matter 1988, 37, 785.
77. P. J. Stephens, F. J. Devlin, C. F. Chabalowski, M. J. Frisch, J Phys Chem 1994, 98, 11623.
78. Gaussian 09, Rev A.02, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, D. J. Fox, Gaussian 09, Rev A.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
79. Y. Zeiri, Phys Rev E: Stat Phys Plasmas Fluids 1995, 51, R2769.
80. A. N. Alexandrova, A. I. Boldyrev, J Chem Theory Comput 2005, 1, 566.
81. K. D. M. Harris, R. L. Johnston, B. M. Kariuki, Acta Crystallogr 1998, A54, 632.
82. T. J. Lee, P. R. Taylor, Int J Quantum Chem 1989, S23, 199.
83. M. S. Gordon, M. W. Schmidt, G. M. Chaban, K. R. Glaesemann, W. J. Stevens, C. Gonzalez, J Chem Phys 1999, 110, 4199.
84. A. Karton, E. Rabinovich, J. M. L. Martin, B. Ruscic, J Chem Phys 2006, 125, 144108.