Protecting high energy barriers: A new equation to regulate boost energy in accelerated molecular dynamics simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 1, 2012, Pages 17-23

  Sinko, William ^a   De Oliveira, César Augusto F ^a   Pierce, Levi C T ^a   McCammon, J Andrew ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84855715024     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200615k     Document Type: Article

References (37)

1. Karplus, M.; McCammon, J. A. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 646
2. Adcock, S. A.; McCammon, J. A. Chem. Rev. 2006, 106, 1589
3. Hamelberg, D.; Mongan, J.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11919
4. Voter, A. F. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 3908
5. Markwick, P. R.; Cervantes, C. F.; Abel, B. L.; Komives, E. A.; Blackledge, M.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1220
6. de Oliveira, C. A.; Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22695
7. de Oliveira, C. A.; Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 175105
8. de Oliveira, C. A.; Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1516
9. Hamelberg, D.; de Oliveira, C. A.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 155102
10. Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13778
11. Hamelberg, D.; Shen, T.; Andrew McCammon, J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 241103
12. Shen, T.; Hamelberg, D. J. Chem. Phys. 2008, 129, 034103
13. Hamelberg, D.; Shen, T.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1969
14. Shen, T.; Hamelberg, D.; McCammon, J. A. Phys. Rev. E 2006, 73, 041908
15. Markwick, P. R. L.; Bouvignies, G.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4724
16. Yang, W.; Li, H.; Min, D.; Liu, Y. J. Chem. Phys. 2007, 127
17. Yang, W.; Zheng, L. Q. J. Chem. Phys. 2008, 129
18. Yonezawa, Y.; Fukuda, I.; Kamiya, N.; Shimoyama, H.; Nakamura, H. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1484
19. Ng, K. M.; Solayappan, M.; Poh, K. L. Comput. Biol. Chem. 2011, 35, 19
20. Ferguson, A. F.; Panagiotopoulos, A. Z.; Debenedetti, P. G.; Kevrekidis, I. G. J. Chem. Phys. 2011, 134
21. Cruz, V.; Ramos, J.; Martinez-Salazar, J. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 4880
22. Vondrasek, J.; Vymetal, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5632
23. Ishizuka, R.; Huber, G. A.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 2279
24. Adams, J. P.; Smith, D. A. Abstr. Pap. - Am. Chem. Soc. 1993, 206, 42
25. Hénin, J.; Fiorin, G.; Chipot, C.; Klein, M. L. J. Chem. Theory Comput. 2009, 6, 35
26. Michel, J.; Foloppe, N.; Essex, J. W. Mol. Inf. 2010, 29, 570
27. Gilson, M. K.; Moghaddam, S.; Inoue, Y. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4012
28. Kollman, P. Chem. Rev. 1993, 93, 2395
29. Bugg, T. D. H.; Wright, G. D.; Dutka-Malen, S.; Arthur, M.; Courvalin, P.; Walsh, C. T. Biochemistry 1991, 30, 10408
30. McComas, C. C.; Crowley, B. M.; Boger, D. L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9314
31. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.;; Crowley, M.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, A. P. A. AMBER10; University of California: San Francisco, CA, 2008.
32. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
33. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comp. Phys. 1977, 23, 327
34. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
35. Mackay, J. P.; Gerhard, U.; Beauregard, D. A.; Williams, D. H.; Westwell, M. S.; Searle, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4581
36. Zacharias, M.; Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9025
37. Beutler, T. C.; Mark, A. E.; van Schaik, R. C.; Gerber, P. R.; van Gunsteren, W. F. Chem. Phys. Lett. 1994, 222, 529