Understanding cross-boundary events in ONIOM QM:QM' calculations

Journal of Computational Chemistry

Volumn 33, Issue 4, 2012, Pages 406-415

  Lundberg, Marcus ^a,b  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^b UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

hydrogen bonds; multiscale modeling; QM simulations; reactivity; serine protease

Indexed keywords

ACYLATION REACTIONS; COMPUTATIONAL MODEL; EXOTHERMICITY; HARTREE-FOCK; LAYER BOUNDARIES; MOLECULAR ORBITAL METHOD; MULTI-SCALE MODELING; MUTUAL POLARIZATION; PROPER MODELS; PROTON TRANSFER PROCESS; QM SIMULATIONS; SERINE PROTEASE;

ACYLATION; AMINO ACIDS; CHARGE TRANSFER; MOLECULAR ORBITALS; QUANTUM THEORY; REACTIVITY (NUCLEAR);

HYDROGEN BONDS;

EID: 84855679089     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21982     Document Type: Article

References (30)

1. H. Lin, D. G. Truhlar, Theor Chem Acc 2007, 117, 185.
2. H. M. Senn, W. Thiel, Top Curr Chem 2007, 268, 173.
3. S. Dapprich, I. Komaromi, K. S. Byun, K. Morokuma, M. J. Frisch, J Mol Struct Theochem 1999, 462, 1.
4. F. Maseras, K. Morokuma, J Comput Chem 1995, 16, 1170.
5. M. Svensson, S. Humbel, R. D. J. Froese, T. Matsubara, S. Sieber, K. Morokuma, J Phys Chem 1996, 100, 19357.
6. T. Vreven, K. S. Byun, I. Komaromi, S. Dapprich, J. A. Montgomery, K. Morokuma, M. J. Frisch, J Chem Theory Comput 2006, 2, 815.
7. K. Morokuma, Proc Jpn Acad Ser B: Phys Biol Sci 2009, 85, 167.
8. K. Morokuma, Q. F. Wang, T. Vreven, J Chem Theory Comput 2006, 2, 1317.
9. Y. Zhang, H. Lin, Theor Chem Acc 2010, 126, 315.
10. T. M. Henderson, J Chem Phys 2006, 125, 014105.
11. P. Huang, E. A. Carter, J Chem Phys 2006, 125, 084102.
12. Q. Cui, H. Guo, M. Karplus, J Chem Phys 2002, 117, 5617.
13. V. Gogonea, L. M. Westerhoff, K. M. Merz, J Chem Phys 2000, 113, 5604.
14. G. S. Zheng, M. Lundberg, J. Jakowski, T. Vreven, M. J. Frisch, K. Morokuma, Int J Quantum Chem 2009, 109, 1841.
15. H. P. Hratchian, P. V. Parandekar, K. Raghavachari, M. J. Frisch, T. Vreven, J Chem Phys 2008, 128, 034107.
16. N. J. Mayhall, K. Raghavachari, H. P. Hratchian, J Chem Phys 2010, 132, 114107.
17. T. Vreven, K. Morokuma, J Comput Chem 2000, 21, 1419.
18. T. Vreven, B. Mennucci, C. O. da Silva, K. Morokuma, J. Tomasi, J Chem Phys 2001, 115, 62.
19. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, ß. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, and, D. J. Fox,. Gaussian Development Version; Gaussian, Inc.: Wallingford CT, 2009.
20. M. Lundberg, Y. Sasakura, G. S. Zheng, K. Morokuma, J Chem Theory Comput 2010, 6, 1413.
21. G. S. Tschumper, K. Morokuma, J Mol Struct Theochem 2002, 592, 137.
22. S. Re, K. Morokuma, J Phys Chem A 2001, 105, 7185.
23. L. Hedstrom, Chem Rev 2002, 102, 4501.
24. T. Ishida, S. Kato, J Am Chem Soc 2004, 126, 7111.
25. P. V. Parandekar, H. P. Hratchian, K. Raghavachari, J Chem Phys 2008, 129, 145101.
26. N. J. Mayhall, K. Raghavachari, J Chem Theory Comput 2010, 6, 3131.
27. S. O. Nielsen, R. E. Bulo, P. B. Moore, B. Ensing, Phys Chem Chem Phys 2010, 12, 12401.
28. B. M. Rode, C. F. Schwenk, T. S. Hofer, B. R. Randolf, Coord Chem Rev 2005, 249, 2993.
29. A. Heyden, H. Lin, D. G. Truhlar, J Phys Chem B 2007, 111, 2231.
30. T. Kerdcharoen, K. Morokuma, Chem Phys Lett 2002, 355, 257.