Evolution of quantitative methods in protein secondary structure determination via deep-ultraviolet resonance Raman spectroscopy

Analyst

Volumn 137, Issue 3, 2012, Pages 555-562

  Roach, Carol A ^a   Simpson, John V ^a   Jiji, Renee D ^a  

^a UNIVERSITY OF MISSOURI   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84855645604     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1an15755h     Document Type: Review

References (66)

1. D. Voet, and J. G. Voet, Biochemistry, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, 2004
2. E. Herczenik M. F. B. G. Gebbink FASEB J. 2008 22 2115 2133
3. A. Moglich X. Yang R. A. Ayers K. Moffat Annu. Rev. Plant Biol. 2010 61 21 47
4. K. B. Shah Y. Inoue M. R. Mehra Arch. Intern. Med. 2006 166 1805 1813
5. M. J. M. Saraiva Hum. Mutat. 2001 17 493 503
6. C. Weissmann Nat. Rev. Microbiol. 2004 2 861 871
7. S. B. Prusiner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 13363 13383
8. J. M. Christie Annu. Rev. Plant Biol. 2007 58 21 45
9. C. C. F. Blake M. J. Gelsow S. J. Oatley B. Rerat C. Rerat J. Mol. Biol. 1978 121 339 356
10. M. Miyata T. Sato M. Mizuguchi T. Nakamura S. Ikemizu Y. Nabeshima S. Susuki Y. Suwa H. Morioki Y. Ando M. A. Suico T. Shuto T. Koga Y. Yamagata H. Kai Biochemistry 2010 49 114 123
11. D. B. B. Trivella L. Bleicher L. de Castro Palmieri H. J. Wiggers C. A. Montanari J. W. Kelly L. M. T. R. Lima D. Foguel I. Polikarpov J. Struct. Biol. 2010 170 522 531
12. H. Eklund B. Nordstrom E. Zeppezauer G. Soderlund I. Ohlsson T. Boiwe B. O. Soderberg O. Tapia C. I. Branden A. Akeson J. Mol. Biol. 1976 102 27 59
13. G. Bujacz M. Miller R. Harrison N. Thanki G. L. Gilliland C. M. Ogata S. H. Kim A. Wlodawer Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1997 53 713 719
14. A. Higashiura T. Kurakane M. Matsuda M. Suzuki K. Inaka M. Sato T. Kobayashi T. Tanaka H. Tanaka K. Fujiwara A. Nakagawa Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2010 66 698 708
15. T. A. Cross S. J. Opella J. Am. Chem. Soc. 1983 105 306 308
16. S. J. Opella P. L. Stewart K. G. Valentine Q. Rev. Biophys. 1987 19 7 49
17. D. S. Wishart B. D. Sykes F. M. Richards Biochemistry 1992 31 1647 1651
18. F. Castellani B. van Rossum A. Diehl M. Schubert K. Rehbein H. Oschkinat Nature 2002 420 98 102
19. N. Greenfield G. D. Fasman Biochemistry 1969 8 4108 4116
20. N. J. Greenfield Nat. Protoc. 2006 1 2876 2890
21. W. K. Surewicz H. H. Mantsch D. Chapman Biochemistry 1993 32 389 394
22. A. Dong P. Huang W. S. Caughey Biochemistry 1990 29 3303 3308
23. A. Barth C. Zscherp Q. Rev. Biophys. 2002 35 369 430
24. T. A. Keiderling Curr. Opin. Chem. Biol. 2002 6 682 688
25. S. A. Oladepo K. Xiong Z. Hong S. A. Asher J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 334 344
26. M. N. Kinalwa E. W. Blanch A. J. Doig Anal. Chem. 2010 82 6347 6349
27. C. R. Jacob S. Luber M. Reiher Chem.-Eur. J. 2009 15 13491 13508
28. V. A. Shashilov I. K. Lednev Chem. Rev. 2010 110 5692 5713
29. V. A. Shashilov V. Sikirzhytski L. A. Popova I. K. Lednev Methods 2010 52 23 37
30. Z. H. Chi X. G. Chen J. S. W. Holtz S. A. Asher Biochemistry 1998 37 2854 2864
31. C. Y. Huang G. Balakrishnan T. G. Spiro J. Raman Spectrosc. 2006 37 277 282
32. J. V. Simpson O. Oshokoya N. Wagner J. Liu R. D. JiJi Analyst 2011 136 1239 1247
33. V. A. Shashilov M. Xu V. V. Ermolenkov I. K. Lednev J. Quant. Spectrosc. Radiat. Transfer 2006 102 46 61
34. M. Xu V. A. Shashilov V. V. Ermolenkov L. Fredriksen D. Zagorevski I. K. Lednev Protein Sci. 2007 16 815 832
35. J. V. Simpson G. Balakrishnan R. D. JiJi Analyst 2009 134 138 147
36. V. Shashilov M. Xu V. V. Ermolenkov L. Fredriksen I. K. Lednev J. Am. Chem. Soc. 2007 129 6972 6973
37. V. A. Shashilov I. K. Lednev J. Am. Chem. Soc. 2008 130 309 317
38. S. Bykov I. Lednev A. Ianoul A. Mikhonin C. Munro S. A. Asher Appl. Spectrosc. 2005 59 1541 1552
39. R. A. Copeland T. G. Spiro Biochemistry 1987 26 2134 2139
40. K. Rosenheck P. Doty Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1961 47 1775 1785
41. J. D. Ingle, and S. R. Crouch, Spectrochemical Analysis, Prentice-Hall, Upper Saddle River, NJ, 1988
42. S. A. Asher Z. H. Chi P. S. Li J. Raman Spectrosc. 1998 29 927 931
43. S. H. Song S. A. Asher J. Am. Chem. Soc. 1989 111 4295 4305
44. Y. Wang R. Purrello T. Jordan T. G. Spiro J. Am. Chem. Soc. 1991 113 6359 6368
45. R. A. Copeland T. G. Spiro J. Am. Chem. Soc. 1986 108 1281 1285
46. R. A. Copeland T. G. Spiro Fed. Proc. 1986 45 1869 1869
47. I. K. Lednev A. S. Karnoup M. C. Sparrow S. A. Asher J. Am. Chem. Soc. 1999 121 4076 4077
48. A. Ozdemir I. K. Lednev S. A. Asher Biochemistry 2002 41 1893 1896
49. R. Tauler B. Kowalski S. Fleming Anal. Chem. 1993 65 2040 1047
50. R. Tauler A. K. Smilde J. M. Henshaw L. W. Burgess B. R. Kowalski Anal. Chem. 1994 66 3337 3344
51. R. Bro N. D. Sidiropoulos J. Chemom. 1998 12 223 247
52. E. Bezemer S. C. Rutan Chemom. Intell. Lab. Syst. 2006 81 82 93
53. R. D. JiJi G. Balakrishnan Y. Hu T. G. Spiro Biochemistry 2006 45 34 41
54. E. R. Malinowski, and D. G. Howery, Factor Analysis in Chemistry, John Wiley & Sons, New York, NY, 1980
55. R. G. Brereton, Chemometric: data analysis for the laboratory and chemical plant, John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, 2003
56. P. Gemperline, Practical Guide to Chemometrics, Taylor & Francis Group, Boca Raton, FL, 2006
57. S. Roberts, and R. Everson, Independent Component Analysis: Principles and Practice, Cambridge University Press, Cambridge, 2001
58. I. K. Lednev V. E. Vladimir W. He M. Xu Anal. Bioanal. Chem. 2005 381 431 437
59. B. Sharma S. V. Bykov S. A. Asher J. Phys. Chem. B 2008 112 11762 11769
60. A. V. Mikhonin S. V. Bykov N. S. Myshakina S. A. Asher J. Phys. Chem. B 2006 110 1928 1943
61. K. M. Sanchez T. J. Neary J. E. Kim J. Phys. Chem. B 2008 112 9507 9511
62. H. S. Shafaat K. M. Sanchez T. J. Neary J. E. Kim J. Raman Spectrosc. 2009 40 1060 1064
63. C. M. Halsey O. O. Oshokoya R. D. Jiji J. W. Cooley Biochemistry 2011 50 6531 6538
64. C. M. Halsey J. Xiong O. O. Oshokoya J. A. Johnson S. Shinde J. T. Beatty G. Ghirlanda R. D. JiJi J. W. Cooley ChemBioChem 2011 12 2125 2128
65. J. C. Austin, T. Jordan, and T. G. Spiro, in Biomolecular Spectroscopy, ed., R. J. H. a. H. Clark, R. E., John Wiley & Sons Ltd., Hoboken, NJ, 1993, vol. Part A, pp. 55-126
66. S. A. Asher A. V. Mikhonin S. Bykov J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8433 8440