The role of entropy in initializing the aggregation of peptides: A first principle study on oligopeptide oligomerization

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 4, 2012, Pages 1507-1516

  Pohl, Gábor ^a   Jákli, Imre ^a   Csizmadia, Imre G ^a   Papp, Dóra ^a   Matías, Garibotto Francisco ^b   Perczel, András ^a  

^a EÖTVÖS LORÁND UNIVERSITY   (Hungary)

^b UNIVERSIDAD NACIONAL DE SAN LUIS   (Argentina)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMYLOID; OLIGOPEPTIDE; PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; ENTROPY; HUMAN; MOLECULAR DYNAMICS; POLYMERIZATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; THERMODYNAMICS;

AMYLOID; ENTROPY; HUMANS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; OLIGOPEPTIDES; PEPTIDES; POLYMERIZATION; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; THERMODYNAMICS;

EID: 84555189868     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp22821a     Document Type: Article

References (22)

1. C. M. Dobson Nature 2005 435 747
2. A. Perczel P. Hudáky V. K. Pálfy J. Am. Chem. Soc. 2007 129 14959
3. R. Nelson M. R. Sawaya M. Balbirnie A. O. Madsen C. Riekel R. Grothe D. Eisenberg Nature 2005 435 773
4. M. R. Sawaya S. Sambashivan R. Nelson M. I. Ivanova S. A. Sievers M. I. Apostol M. J. Thompson M. Balbirnie J. J. W. Wiltzius H. T. McFarlane A. O. Madsen C. Riekel D. Eisenberg Nature 2007 447 453
5. F. Chiti C. M. Dobson Nat. Chem. Biol. 2009 5 15
6. D. M. Holtzman Nature 2008 454 418
7. A. G. Street S. L. Mayo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9074
8. A. M. Berezhkovskii F. Tofoleanu N.-V. Buchete J. Chem. Theory Comput. 2011 7 2370
9. J. B. Thompson H. G. Hansma P. K. Hansma K. W. Plaxco J. Mol. Biol. 2002 322 645
10. A. Baumketner J.-E. Shea Biophys. J. 2005 89 1493
11. W. Xu J. Ping W. Li J. Mu J. Chem. Phys. 2009 130 164709
12. B. Viskolcz S. N. Fejer S. N. K. Jensen A. Perczel I. G. Csizmadia Chem. Phys. Lett. 2007 450 123
13. B. Viskolcz I. G. Csizmadia S. K. Jensen A. Perczel Chem. Phys. Lett. 2010 501 30 32
14. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian 03, Revision C.02, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
15. Y. Zhao N. E. Schultz D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2006 2 364
16. T. Beke I. G. Csizmadia A. Perczel J. Am. Chem. Soc. 2006 128 5158
17. S. K. Kearley J. Comput. Chem. 1990 11 1187
18. D. J. Heisterberg, unpublished results, 1990, http://www.ccl.net/cca/ software/SOURCES/C/quaternion-mol-fit/index.shtml
19. I. Jákli A. Perczel J. Pept. Sci. 2009 15 738
20. T. Luhrs C. Ritter M. Adrian D. Riek-Loher B. Bohrmann H. Doeli D. Schubert R. Riek Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 17342
21. W. Hwang S. Zhang R. D. Kamm M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 12916
22. R. Viswanathan A. Asensio J. J. Dannenberg J. Phys. Chem. A. 2004 108 9205