Screening method for isopeptides from small ubiquitin-related modifier-conjugated proteins by ion mobility mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 24, 2011, Pages 9638-9642

  Dumont, Quentin ^a   Donaldson, David L ^a   Griffith, Wendell P ^a  

^a UNIVERSITY OF TOLEDO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTICAL STRATEGY; CELLULAR EVENTS; CHARGE STATE; ION MOBILITY-MASS SPECTROMETRY; ISOPEPTIDES; LINEAR PEPTIDES; LYSINE RESIDUES; MODEL SYSTEM; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; SCREENING METHODS; SMALL UBIQUITIN-RELATED MODIFIERS; SOLUTION CONDITIONS; TRAVELING WAVE;

AMINO ACIDS; IONS; MASS SPECTROMETRY;

PEPTIDES;

CHYMOTRYPSIN; PEPTIDE; SUMO PROTEIN; TRYPSIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; PROTEIN PROCESSING; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

AMINO ACID SEQUENCE; CHYMOTRYPSIN; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SMALL UBIQUITIN-RELATED MODIFIER PROTEINS; TRYPSIN;

EID: 83655172691     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac202505r     Document Type: Article

References (38)

1. Muller, S.; Hoege, C.; Pyrowolakis, G.; Jentsch, S. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2001, 2, 202
2. Muller, S.; Ledl, A.; Schmidt, D. Oncogene 2004, 23, 1998
3. Sacher, M.; Pfander, B.; Jentsch, S. Methods Enzymol. 2005, 399, 392
4. Johnson, E. S. Annu. Rev. Biochem. 2004, 73, 355
5. Melchior, F. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2000, 16, 591
6. Verger, A.; Perdomo, J.; Crossley, M. EMBO Rep. 2003, 4, 137
7. Hay, R. T. Mol. Cell 2005, 18, 1
8. Dohmen, R. J. Biochim. Biophys. Acta, Mol. Cell Res. 2004, 1695, 113
9. Matic, I.; van Hagen, M.; Schimmel, J.; Macek, B.; Ogg, S. C.; Tatham, M. H.; Hay, R. T.; Lamond, A. I.; Mann, M.; Vertegaal, A. C. O. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 132
10. Li, T. W.; Santockyte, R.; Shen, R. F.; Tekle, E.; Wang, G. H.; Yang, D. C. H.; Chock, P. B. Arch. Biochem. Biophys. 2006, 453, 70
11. Wohlschlegel, J. A.; Johnson, E. S.; Reed, S. I.; Yates, J. R. J. Biol. Chem. 2004, 279, 45662
12. Wohlschlegel, J. A.; Johnson, E. S.; Reed, S. I.; Yates, J. R. J. Proteome Res. 2006, 5, 761
13. Rosas-Acosta, G.; Russell, W. K.; Deyrieux, A.; Russell, D. H.; Wilson, V. G. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 56
14. Denison, C.; Rudner, A. D.; Gerber, S. A.; Bakalarski, C. E.; Moazed, D.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 246
15. Manza, L. L.; Codreanu, S. G.; Stamer, S. L.; Smith, D. L.; Wells, K. S.; Roberts, R. L.; Liebler, D. C. Chem. Res. Toxicol. 2004, 17, 1706
16. Panse, V. G.; Hardeland, U.; Werner, T.; Kuster, B.; Hurt, E. J. Biol. Chem. 2004, 279, 41346
17. Chung, T.-L.; Hsiao, H.-H.; Yeh, Y.-Y.; Shia, H.-L.; Chen, Y.-L.; Liang, P.-H.; Wang, A. H.-J.; Khoo, K.-H.; Li; Li, S. S.-L. J. Biol. Chem. 2004, 279, 39653
18. Vertegaal, A. C.; Ogg, S. C.; Jaffray, E.; Rodriguez, M. S.; Hay, R. T.; Andersen, J. S.; Mann, M.; Lamond, A. I. J. Biol. Chem. 2004, 279, 33791
19. Vertegaal, A. C. O.; Andersen, J. S.; Ogg, S. C.; Hay, R. T.; Mann, M.; Lamond, A. I. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 2298
20. Zhao, Y.; Kwon, S. W.; Anselmo, A.; Kaur, K.; White, M. A. J. Biol. Chem. 2004, 279, 20999
21. Cooper, H. J.; Tatham, M. H.; Jaffray, E.; Heath, J. K.; Lam, T. T.; Marshall, A. G.; Hay, R. T. Anal. Chem. 2005, 77, 6310
22. Park, H. C.; Choi, W.; Park, H. J.; Cheong, M. S.; Koo, Y. D.; Shin, G.; Chung, W. S.; Kim, W. Y.; Kim, M. G.; Bressan, R. A.; Bohnert, H. J.; Lee, S. Y.; Yun, D. J. Mol. Cells 2011, 32, 143
23. Galisson, F.; Mahrouche, L.; Courcelles, M.; Bonneil, E.; Meloche, S.; Chelbi-Alix, M. K.; Thibault, P. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, DOI: 10.1074/mcp.M110.004796.
24. Blomster, H. A.; Imanishi, S. Y.; Siimes, J.; Kastu, J.; Morrice, N. A.; Eriksson, J. E.; Sistonen, L. J. Biol. Chem. 2010, 285, 19324
25. Jeram, S. M.; Srikumar, T.; Zhang, X. D.; Eisenhauer, H. A.; Rogers, R.; Pedrioli, P. G. A.; Matunis, M.; Raught, B. Proteomics 2010, 10, 254
26. Jeram, S. M. Proteomics 2009, 9, 3220
27. Pedrioli, P. G. A.; Raught, B.; Zhang, X. D.; Rogers, R.; Aitchison, J.; Matunis, M.; Aebersold, R. Nat. Methods 2006, 3, 533
28. Okada, S.; Nagabuchi, M.; Takamura, Y.; Nakagawa, T.; Shinmyozu, K.; Nakayama, J.; Tanaka, K. Plant Cell Physiol. 2009, 50, 1049
29. Knuesel, M.; Cheung, H. T.; Hamady, M.; Barthel, K. K. B.; Liu, X. D. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1626
30. Zhou, W.; Ryan, J. J.; Zhou, H. J. Biol. Chem. 2004, 279, 32262
31. Griffith, W. P.; Cotter, R. J. In 54th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Applied Topics Seattle, WA, May 27-June 2, 2006.
32. McLean, J. A.; Ruotolo, B. T.; Gillig, K. J.; Russell, D. H. Int. J. Mass Spectrom. 2005, 240, 301
33. Ruotolo, B. T.; Verbeck, G. F.; Thomson, L. M.; Woods, A. S.; Gillig, K. J.; Russell, D. H. J. Proteome Res. 2002, 1, 303
34. Thalassinos, K.; Grabenauer, M.; Slade, S. E.; Hilton, G. R.; Bowers, M. T.; Scrivens, J. H. Anal. Chem. 2009, 81, 248
35. Shvartsburg, A. A.; Singer, D.; Smith, R. D.; Hoffmann, R. Anal. Chem. 2011, 83, 5078
36. Ruotolo, B. T.; Gillig, K. J.; Woods, A. S.; Egan, T. F.; Ugarov, M. V.; Schultz, J. A.; Russell, D. H. Anal. Chem. 2004, 76, 6727
37. Kanu, A. B.; Dwivedi, P.; Tam, M.; Matz, L.; Hill, H. H. J. Mass Spectrom. 2008, 43, 1
38. Baldwin, M. A.; Falick, A. M.; Gibson, B. W.; Prusiner, S. B.; Stahl, N.; Burlingame, A. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1990, 1, 258