Increasing the exchange time-scale that can be probed by CPMG relaxation dispersion NMR

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 49, 2011, Pages 14891-14900

  Vallurupalli, Pramodh ^a   Bouvignies, Guillaume ^a   Kay, Lewis E ^a,b  

^a UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

^b HOSPITAL FOR SICK CHILDREN   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; CHEMICAL SHIFT; DISPERSIONS; EXCITED STATES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

COMBINED ANALYSIS; CONFORMATIONAL EXCHANGE; DATA SETS; DISPERSION PROFILE; EXCHANGE PARAMETERS; EXCHANGE-TIME; PROTEIN SYSTEM; RELAXATION DISPERSION; TIME-SCALES;

CHEMICAL ANALYSIS;

EID: 83455169144     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp209610v     Document Type: Article

References (46)

1. Wüthrich, K. NMR of Proteins and Nucleic Acids; John Wiley & Sons: New York, 1986.
2. Zuiderweg, E. R. Biochemistry 2002, 41, 1-7
3. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Science 1991, 252, 1390-1399
4. Korzhnev, D. M.; Religa, T. L.; Banachewicz, W.; Fersht, A. R.; Kay, L. E. Science 2010, 329, 1312-1316
5. Boehr, D. D.; McElheny, D.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Science 2006, 313, 1638-1642
6. Fraser, J. S.; Clarkson, M. W.; Degnan, S. C.; Erion, R.; Kern, D.; Alber, T. Nature 2009, 462, 669-673
7. Ishima, R.; Freedberg, D. I.; Wang, Y. X.; Louis, J. M.; Torchia, D. A. Struct. Fold Des. 1999, 7, 1047-1055
8. Palmer, A. G.; Kroenke, C. D.; Loria, J. P. Methods Enzymol. 2001, 339, 204-238
9. Korzhnev, D. M.; Kay, L. E. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 442-451
10. Hansen, D. F.; Vallurupalli, P.; Kay, L. E. J Biomol. NMR 2008, 41, 113-120
11. Carr, H. Y.; Purcell, E. M. Phys. Rev. 1954, 54, 630-638
12. Meiboom, S.; Gill, D. Rev. Sci. Instrum. 1958, 29, 688-691
13. Tollinger, M.; Skrynnikov, N. R.; Mulder, F. A. A.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11341-11352
14. Korzhnev, D. M.; Salvatella, X.; Vendruscolo, M.; Di Nardo, A. A.; Davidson, A. R.; Dobson, C. M.; Kay, L. E. Nature 2004, 430, 586-590
15. Shen, Y.; Lange, O.; Delaglio, F.; Rossi, P.; Aramini, J. M.; Liu, G.; Eletsky, A.; Wu, Y.; Singarapu, K. K.; Lemak, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 4685-4690
16. Cavalli, A.; Salvatella, X.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 9615-9620
17. Wishart, D. S.; Arndt, D.; Berjanskii, M.; Tang, P.; Zhou, J.; Lin, G. Nucleic Acids Res. 2008, 36, W496-502
18. Vallurupalli, P.; Hansen, D. F.; Kay, L. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 11766-11771
19. Bouvignies, G.; Vallurupalli, P.; Hansen, D. F.; Correia, B. E.; Lange, O.; Bah, A.; Vernon, R. M.; Dahlquist, F. W.; Baker, D.; Kay, L. E. Nature 2011, 477, 111-114
20. Jemth, P.; Day, R.; Gianni, S.; Khan, F.; Allen, M.; Daggett, V.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 2005, 350, 363-78
21. Loria, J. P.; Rance, M.; Palmer, A. G. J. Biomol. NMR 1999, 15, 151-155
22. Ishima, R.; Torchia, D. J. Biomol. NMR 2003, 25, 243-248
23. Geen, H.; Freeman, R. J. Magn. Reson. 1991, 93, 93-141
24. Skrynnikov, N. R.; Dahlquist, F. W.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12352-12360
25. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293
26. Goddard, T. D.; Kneller, D. SPARKY, Version 3.114; University of California: San Fransisco, CA, 2008.
27. Mulder, F. A. A.; Skrynnikov, N. R.; Hon, B.; Dahlquist, F. W.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 967-975
28. McConnell, H. M. J. Chem. Phys. 1958, 28, 430-431
29. Grey, M. J.; Wang, C. Y.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14324-14335
30. Press, W. H.; Flannery, B. P.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T. Numerical Recipes in C; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 1988.
31. Mulder, F. A. A.; Mittermaier, A.; Hon, B.; Dahlquist, F. W.; Kay, L. E. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 932-935
32. Vallurupalli, P.; Hansen, D. F.; Stollar, E. J.; Meirovitch, E.; Kay, L. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 18473-18477
33. Luz, Z.; Meiboom, S. J. Chem. Phys. 1963, 39, 366-370
34. Zhuravleva, A.; Orekhov, V. Y. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3260-3261
35. Bouvignies, G.; Hansen, D. F.; Vallurupalli, P.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 1935-1945
36. Millet, O.; Loria, J. P.; Kroenke, C. D.; Pons, M.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2867-2877
37. Cierpicki, T.; Otlewski, J. J. Biomol. NMR 2001, 21, 249-261
38. Farber, P.; Darmawan, H.; Sprules, T.; Mittermaier, A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 6214-6222
39. Bouvignies, G.; Vallurupalli, P.; Cordes, M. H.; Hansen, D. F.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 2011, 50, 13-18
40. Shen, Y.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2010, 48, 13-22
41. Hansen, D. F.; Yang, D.; Feng, H.; Zhou, Z.; Wiesner, S.; Bai, Y.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11468-11479
42. Kroenke, C.; Loria, J. P.; Lee, L. K.; Rance, M.; Palmer, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7905-7915
43. Trott, O.; Palmer, A. G., 3rd. J. Magn. Reson. 2002, 154, 157-160
44. Korzhnev, D. M.; Orekhov, V. Y.; Dahlquist, F. W.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 2003, 26, 39-48
45. Korzhnev, D. M.; Orekhov, V. Y.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 713-721
46. Nikolova, E. N.; Kim, E.; Wise, A. A.; O'Brien, P. J.; Andricioaei, I.; Al-Hashimi, H. M. Nature 2011, 470, 498-502