Diffusion models of protein folding

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 38, 2011, Pages 16902-16911

  Best, Robert B ^a   Hummer, Gerhard ^b  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; IGG FC BINDING PROTEIN, STREPTOCOCCUS; IGG FC-BINDING PROTEIN, STREPTOCOCCUS; PROTEIN;

BAYES THEOREM; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; DIFFUSION; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN FOLDING; REVIEW; STREPTOCOCCUS;

BACTERIAL PROTEINS; BAYES THEOREM; DIFFUSION; MODELS, CHEMICAL; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN FOLDING; PROTEINS; STREPTOCOCCUS;

EID: 80053220763     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp21541h     Document Type: Review

References (64)

1. C. D. Snow H. Nguyen V. S. Pande M. Gruebele Nature 2002 420 102 106
2. P. L. Freddolino K. Schulten Biophys. J. 2009 97 2338 2347
3. D. E. Shaw P. Maragakis K. Lindorff-Larsen S. Piana R. O. Dror M. P. Eastwood J. A. Bank J. M. Jumper J. K. Salmon Y. Shan W. Wriggers Science 2010 330 341 346
4. J. D. Bryngelson P. G. Wolynes J. Phys. Chem. 1989 93 6902 6915
5. C. J. Camacho D. Thirumalai Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 6369 6372
6. K. A. Dill H. S. Chan Nat. Struct. Biol. 1997 4 10 19
7. N. D. Socci J. N. Onuchic P. G. Wolynes J. Chem. Phys. 1996 104 5860 5868
8. S. S. Plotkin P. G. Wolynes Phys. Rev. Lett. 1998 80 5015 5018
9. R. Du V. S. Pande A. Y. Grosberg T. Tanaka E. S. Shakhnovich J. Chem. Phys. 1998 108 334 350
10. R. B. Best G. Hummer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 6732 6737
11. G. Hummer A. E. García S. Garde Phys. Rev. Lett. 2000 85 2637 2640
12. R. B. Best G. Hummer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 1088 1093
13. B. Schuler W. A. Eaton Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 16 26
14. W. J. Greenleaf M. T. Woodside S. M. Block Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2007 36 171 190
15. V. Muñoz P. A. Thompson J. Hofrichter W. A. Eaton Nature 1997 390 196 199
16. W. Y. Yang M. Gruebele Nature 2003 423 193 197
17. T. Wang Y. Zhu F. Gai J. Phys. Chem. B 2004 108 3694 3697
18. F. Liu M. Gruebele Chem. Phys. Lett. 2007 461 1 8
19. J. Kubelka E. R. Henry J. Hofrichter W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18655 18662
20. E. M. Boczko C. L. Brooks, III Science 1995 269 393 395
21. M. T. Woodside P. C. Anthony W. M. Behnke-Parks K. Larizadeh D. Herschlag S. M. Block Science 2006 314 1001 1004
22. G. Hummer A. Szabo Acc. Chem. Res. 2005 38 504 513
23. R. B. Best G. Hummer Phys. Rev. Lett. 2006 96 228104
24. S. Yang J. N. Onuchic H. Levine J. Chem. Phys. 2006 125 054910
25. S. Yang J. N. Onuchic A. E. Garcìa H. Levine J. Mol. Biol. 2007 372 756 763
26. J. Chahine R. J. Oliveira V. B. P. Leite J. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 14646 14651
27. A. K. Sangha T. Keyes J. Phys. Chem. B 2009 113 15886 15894
28. M. Hinczewski Y. von Hansen J. Dzubiella R. R. Netz J. Chem. Phys. 2010 132 245103
29. R. J. Oliveira P. C. Whitford J. Chahine J. Wang J. Onuchic V. B. P. Leite Biophys. J. 2010 99 600 608
30. R. J. Oliveira P. C. Whitford J. Chahine V. B. P. Leite J. Wang Methods 2010 52 91 98
31. R. Zwanzig, Nonequilibrium Statistical Mechanics, Oxford University Press, New York, 2001
32. G. Hummer New J. Phys. 2005 7 516 523
33. P. Español I. Zúñiga Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 10538 10545
34. D. J. Bicout A. Szabo J. Chem. Phys. 1998 109 2325 2358
35. G. Hummer J. Chem. Phys. 2004 120 516 523
36. N.-V. Buchete G. Hummer J. Phys. Chem. B 2008 112 6057 6069
37. M. A. Wilson C. Wei P. Bjelkmar B. A. Wallace A. Pohorille Biophys. J. 2011 100 2394 2402
38. C. Chipot and A. Pohorille, Free energy calculations, Springer, Berlin, 1st edn, 2007
39. C. Schütte A. Fischer W. Huisinga P. Deuflhard J. Comput. Phys. 1999 151 146 168
40. F. Noé C. Schütte E. Vanden-Eijnden L. Reich T. R. Weikl Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 19011 19016
41. G. R. Bowman V. S. Pande Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 10890 10895
42. A. Berezhkovskii A. Szabo J. Chem. Phys. 2005 122 014503
43. S.-H. Park K. T. O'Neil H. Roder Biochemistry 1997 36 14277 14283
44. E. L. McCallister E. Alm D. Baker Nat. Struct. Biol. 2000 7 669 673
45. S. Nauli B. Kuhlman D. Baker Nat. Struct. Biol. 2001 8 602 605
46. Y. Cao H. Li Nat. Mater. 2007 6 109 114
47. A. M. Gronenborn D. R. Filpula N. Z. Essig A. Achari M. Whitlow P. T. Wingfield G. M. Clore Science 1991 253 657 661
48. J. Karanicolas C. L. Brooks. III Protein Sci. 2002 11 2351 2361
49. Y. C. Kim G. Hummer J. Mol. Biol. 2008 375 1416 1433
50. S. V. Krivov PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000921
51. D. K. Klimov D. Thirumalai Phys. Rev. Lett. 1997 79 317 320
52. S. Chandrasekhar Rev. Mod. Phys. 1943 15 1 89
53. S. S. Plotkin Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 45 337 345
54. C. Clementi S. S. Plotkin Protein Sci. 2004 13 1750 1766
55. D. Nettels I. V. Gopich A. Hoffmann B. Schuler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2655 2660
56. Y. M. Rhee V. S. Pande J. Phys. Chem. B 2005 109 6780 6786
57. S. V. Krivov M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 13841 13846
58. B. Schuler E. A. Lipman W. A. Eaton Nature 2002 419 743 747
59. H. S. Chung J. M. Louis W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 11837 11844
60. I. V. Gopich A. Szabo J. Phys. Chem. B 2009 113 10965 10973
61. L. J. Lapidus W. A. Eaton J. Hofrichter Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 7220 7225
62. O. Bieri J. Wirz B. Hellrung M. Schutkowski M. Drewello T. Kiefhaber Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9597 9601
63. I.-C. Yeh G. Hummer J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6563 6568
64. M. Buscaglia L. J. Lapidus W. A. Eaton J. Hofrichter Biophys. J. 2006 91 276 288