High G+C content of herpes simplex virus dna: Proposed role in protection against retrotransposon insertion

Open Biochemistry Journal

Volumn 1, Issue 1, 2015, Pages 33-42

  Brown, Jay C ^a  

^a UNIVERSITY OF VIRGINIA HEALTH SYSTEM   (United States)

Author keywords

CA repeats; DNA sequence; G+C content; Herpes simplex virus; intergenic DNA; L1 retrotransposition

Indexed keywords

MESSENGER RNA; SPACER DNA; VIRUS DNA;

ARTICLE; DINUCLEOTIDE REPEAT; DNA BASE COMPOSITION; DNA SEQUENCE; GENE FREQUENCY; GENE INSERTION; GENETIC TRANSCRIPTION; GENETIC VARIABILITY; HERPES SIMPLEX VIRUS 1; HERPES SIMPLEX VIRUS 2; NONHUMAN; POPULATION GENETICS; PRIORITY JOURNAL; RETROPOSON; VIRUS GENOME;

EID: 80052884305     PISSN: None     EISSN: 1874091X     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/1874091x00701010033     Document Type: Article

References (36)

1. McGeoch, D. J.; Dolan, A.; Donald, S.; Brauer, D. H. Nucleic Acids Res., 1986, 14, 1727-1745.
2. McGeoch, D. J.; Dalrymple, M. A.; Davison, A. J.; Dolan, A.; Frame, M. C.; McNab, D.; Perry, L. J.; Scott, J. E.; Taylor, P. J. Gen. Virol., 1988, 69, 1531-1574.
3. McGeoch, D. J.; Rixon, F. J.; Davison, A. J. Virus Res., 2006, 117, 90-104.
4. Roizman, B.; Knipe, D. M. Herpes simplex viruses and their replication, in Fields Virology, 4th ed.; Knipe, D. M.; Howley, P. M., Eds; Lippincott Williams and Wilkins: Philadelphia, 2001, Vol. 2, pp. 2399-2459.
5. Delius, H.; Clements, J. B. J. Gen. Virol., 1976, 33, 125-133.
6. Hayward, G. S.; Jacob, R. J.; Wadsworth, S. C.; Roizman, B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1975, 72, 4243-4247.
7. Roizman, B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93 11307-11312.
8. Davison, A. J. Vet. Microbiol., 2002, 86, 69-88.
9. Brown, J. Virology, 2004, 330, 209-220.
10. Lander, E. S.; Linton, L. M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, M. C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; FitzHugh, W.; Funke, R.; Gage, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; LeVine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, J. P.; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; Sougnez, C.; Stange-Thomann, N.; Stojanovic, N.; Subramanian, A.; Wyman, D.; Rogers, J.; Sulston, J.; Ainscough, R.; Beck, S.; Bentley, D.; Burton, J.; Clee, C.; Carter, N.; Coulson, A.; Deadman, R.; Deloukas, P.; Dunham, A.; Dunham, I.; Durbin, R.; French, L.; Grafham, D.; Gregory, S.; Hubbard, T.; Humphray, S.; Hunt, A.; Jones, M.; Lloyd, C.; McMurray, A.; Matthews, L.; Mercer, S.; Milne, S.; Mullikin, J. C.; Mungall, A.; Plumb, R.; Ross, M.; Shownkeen, R.; Sims, S.; Waterston, R. H.; Wilson, R. K.; Hillier, L. W.; McPherson, J. D.; Marra, M. A.; Mardis, E. R.; Fulton, L. A.; Chinwalla, A. T.; Pepin, K. H.; Gish, W. R.; Chissoe, S. L.; Wendl, M. C.; Delehaunty, K. D.; Miner, T. L.; Delehaunty, A.; Kramer, J. B.; Cook, L. L.; Fulton, R. S.; Johnson, D. L.; Minx, P. J.; Clifton, S. W.; Hawkins, T.; Branscomb, E.; Predki, P.; Richardson, P.; Wenning, S.; Slezak, T.; Doggett, N.; Cheng, J. F.; Olsen, A.; Lucas, S.; Elkin, C.; Uberbacher, E.; Frazier, M.; Gibbs, R. A.; Muzny, D. M.; Scherer, S. E.; Bouck, J. B.; Sodergren, E. J.; Worley, K. C.; Rives, C. M.; Gorrell, J. H.; Metzker, M. L.; Naylor, S. L.; Kucherlapati, R. S.; Nelson, D. L.; Weinstock, G. M.; Sakaki, Y.; Fujiyama, A.; Hattori, M.; Yada, T.; Toyoda, A.; Itoh, T.; Kawagoe, C.; Watanabe, H.; Totoki, Y.; Taylor, T.; Weissenbach, J.; Heilig, R.; Saurin, W.; Artiguenave, F.; Brottier, P.; Bruls, T.; Pelletier, E.; Robert, C.; Wincker, P.; Smith, D. R.; Doucette-Stamm, L.; Rubenfield, M.; Weinstock, K.; Lee, H. M.; Dubois, J.; Rosenthal, A.; Platzer, M.; Nyakatura, G.; Taudien, S.; Rump, A.; Yang, H.; Yu, J.; Wang, J.; Huang, G.; Gu, J.; Hood, L.; Rowen, L.; Madan, A.; Qin, S.; Davis, R. W.; Federspiel, N. A.; Abola, A. P.; Proctor, M. J.; Myers, R. M.; Schmutz, J.; Dickson, M.; Grimwood, J.; Cox, D. R.; Olson, M. V.; Kaul, R.; Raymond, C.; Shimizu, N.; Kawasaki, K.; Minoshima, S.; Evans, G. A.; Athanasiou, M.; Schultz, R.; Roe, B. A.; Chen, F.; Pan, H.; Ramser, J.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; McCombie, W. R.; de la, B. M.; Dedhia, N.; Blocker, H.; Hornischer, K.; Nordsiek, G.; Agarwala, R.; Aravind, L.; Bailey, J. A.; Bateman, A.; Batzoglou, S.; Birney, E.; Bork, P.; Brown, D. G.; Burge, C. B.; Cerutti, L.; Chen, H. C.; Church, D.; Clamp, M.; Copley, R. R.; Doerks, T.; Eddy, S. R.; Eichler, E. E.; Furey, T. S.; Galagan, J.; Gilbert, J. G.; Harmon, C.; Hayashizaki, Y.; Haussler, D.; Hermjakob, H.; Hokamp, K.; Jang, W.; Johnson, L. S.; Jones, T. A.; Kasif, S.; Kaspryzk, A.; Kennedy, S.; Kent, W. J.; Kitts, P.; Koonin, E. V.; Korf, I.; Kulp, D.; Lancet, D.; Lowe, T. M.; McLysaght, A.; Mikkelsen, T.; Moran, J. V.; Mulder, N.; Pollara, V. J.; Ponting, C. P.; Schuler, G.; Schultz, J.; Slater, G.; Smit, A. F.; Stupka, E.; Szustakowski, J.; Thierry-Mieg, D.; Thierry-Mieg, J.; Wagner, L.; Wallis, J.; Wheeler, R.; Williams, A.; Wolf, Y. I.; Wolfe, K. H.; Yang, S. P.; Yeh, R. F.; Collins, F.; Guyer, M. S.; Peterson, J.; Felsenfeld, A.; Wetterstrand, K. A.; Patrinos, A.; Morgan, M. J.; de Jong, P.; Catanese, J. J.; Osoegawa, K.; Shizuya, H.; Choi, S.; Chen, Y. J. Nature, 2001, 409(6822), 860-921.
11. Gilbert, N.; Lutz, S.; Morrish, T. A.; Moran, J. V. Mol. Cell Biol., 2005, 25, 7780-7795.
12. Cost, G. J.; Boeke, J. D. Biochem., 1998, 37, 18081-18093.
13. Feng, Q.; Moran, J. V.; Kazazian, H. H. Jr.; Boeke, J. D. Cell., 1996, 87, 905-916.
14. Jurka, J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 1872-1877.
15. Kazazian, H. H. Jr. Science, 2004, 303, 1626-1632.
16. Kazazian, H. H. Jr.; Moran, J. V. Nat. Genet., 1998, 19, 19-24.
17. Esnault, C.; Maestre, J.; Heidmann, T. Nat. Genet., 2000, 24, 363-367.
18. Pavlicek, A.; Paces, J.; Elleder, D.; Hejnar, J. Genome Res., 2002, 12, 391-399.
19. Whitley, R. J. Herpes simplex viruses, in Fields Virology, 4th ed.; Knipe, D. M.; Howley, P. M. Eds.; Lippincott Williams and Wilkins: Philadelphia, 2001; Vol. 2, pp. 2461-2509.
20. Finlay, B. L.; Slattery, M. Science, 1983, 219, 1349-1351.
21. Ferrer, I.; Soriano, E.; Del Rio, J. A.; Alcantara, S.; Auladell, C. Prog. Neurobiol., 1992, 39, 1-43.
22. Oppenheim, R. W. Annu. Rev. Neurosci., 1991, 14, 453-501.
23. Muotri, A. R.; Gage, F. H. Nature, 2006, 441, 1087-1093.
24. Muotri, A. R.; Chu, V. T.; Marchetto, M. C.; Deng, W.; Moran, J. V.; Gage, F. H. Nature, 2005, 435, 903-910.
25. Wagner, E. K.; Bloom, D. C. Clin. Microbiol. Rev., 1997, 10, 419- 443.
26. Gilden, D. H.; Mahalingam, R.; Cohrs, R. J.; Tyler, K. L. Nat. Clin. Pract. Neurol., 2007, 3, 82-94.
27. Markine-Goriaynoff, N.; Georgin, J. P.; Goltz, M.; Zimmermann, W.; Broll, H.; Wamwayi, H. M.; Pastoret, P. P.; Sharp, P. M.; Vanderplasschen, A. J. Virol., 2003, 77, 1784-1792.
28. Rivailler, P.; Jiang, H.; Cho, Y. G.; Quink, C.; Wang, F. J. Virol., 2002, 76, 421-426.
29. McGeoch, D. J.; Davison, A. J. Semin. Cancer Biol., 1999, 9, 201- 209.
30. Ostertag, E. M.; Prak, E. T.; DeBerardinis, R. J.; Moran, J. V.; Kazazian, H. H., Jr. Nucleic Acids Res., 2000, 28, 1418-1423.
31. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di, F., V; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R. R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C.; Yao, A.; Ye, J.; Zhan, M.; Zhang, W.; Zhang, H.; Zhao, Q.; Zheng, L.; Zhong, F.; Zhong, W.; Zhu, S.; Zhao, S.; Gilbert, D.; Baumhueter, S.; Spier, G.; Carter, C.; Cravchik, A.; Woodage, T.; Ali, F.; An, H.; Awe, A.; Baldwin, D.; Baden, H.; Barnstead, M.; Barrow, I.; Beeson, K.; Busam, D.; Carver, A.; Center, A.; Cheng, M. L.; Curry, L.; Danaher, S.; Davenport, L.; Desilets, R.; Dietz, S.; Dodson, K.; Doup, L.; Ferriera, S.; Garg, N.; Gluecksmann, A.; Hart, B.; Haynes, J.; Haynes, C.; Heiner, C.; Hladun, S.; Hostin, D.; Houck, J.; Howland, T.; Ibegwam, C.; Johnson, J.; Kalush, F.; Kline, L.; Koduru, S.; Love, A.; Mann, F.; May, D.; McCawley, S.; McIntosh, T.; McMullen, I.; Moy, M.; Moy, L.; Murphy, B.; Nelson, K.; Pfannkoch, C.; Pratts, E.; Puri, V.; Qureshi, H.; Reardon, M.; Rodriguez, R.; Rogers, Y. H.; Romblad, D.; Ruhfel, B.; Scott, R.; Sitter, C.; Smallwood, M.; Stewart, E.; Strong, R.; Suh, E.; Thomas, R.; Tint, N. N.; Tse, S.; Vech, C.; Wang, G.; Wetter, J.; Williams, S.; Williams, M.; Windsor, S.; Winn-Deen, E.; Wolfe, K.; Zaveri, J.; Zaveri, K.; Abril, J. F.; Guigo, R.; Campbell, M. J.; Sjolander, K. V.; Karlak, B.; Kejariwal, A.; Mi, H.; Lazareva, B.; Hatton, T.; Narechania, A.; Diemer, K.; Muruganujan, A.; Guo, N.; Sato, S.; Bafna, V.; Istrail, S.; Lippert, R.; Schwartz, R.; Walenz, B.; Yooseph, S.; Allen, D.; Basu, A.; Baxendale, J.; Blick, L.; Caminha, M.; Carnes-Stine, J.; Caulk, P.; Chiang, Y. H.; Coyne, M.; Dahlke, C.; Mays, A.; Dombroski, M.; Donnelly, M.; Ely, D.; Esparham, S.; Fosler, C.; Gire, H.; Glanowski, S.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gorokhov, M.; Graham, K.; Gropman, B.; Harris, M.; Heil, J.; Henderson, S.; Hoover, J.; Jennings, D.; Jordan, C.; Jordan, J.; Kasha, J.; Kagan, L.; Kraft, C.; Levitsky, A.; Lewis, M.; Liu, X.; Lopez, J.; Ma, D.; Majoros, W.; McDaniel, J.; Murphy, S.; Newman, M.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nodell, M. Science, 2001, 291(5507), 1304-1351.
32. Huang, T. S.; Lee, C. C.; Chang, A. C.; Lin, S.; Chao, C. C.; Jou, Y. S.; Chu, Y. W.; Wu, C. W.; Whang-Peng, J. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2003, 300, 901-907. [33] Hui, J.; Reither, G.; Bindereif, A. RNA., 2003, 9, 931-936.
33. Hui, J.; Reither, G.; Bindereif, A. RNA., 2003, 9, 931-936.
34. Hui, J.: Hung, L. H.; Heiner, M.; Schreiner, S.; Neumuller, N.; Reither, G.; Haas, S. A.; Bindereif, A. EMBO J., 2005, 24, 1988- 1998.
35. Lee, J. H.; Jeon, M. H.; Seo, Y. J.; Lee, Y. J.; Ko, J. H.; Tsujimoto, Y.; Lee, J. H. J. Biol. Chem., 2004, 279(41), 42758-42764.
36. Guang, S.; Felthauser, A. M.; Mertz, J. E. Mol. Cell Biol., 2005, 25(15), 6303-6313.