On-chip real-time nucleic acid sequence-based amplification for RNA detection and amplification

Analytical Methods

Volumn 3, Issue 9, 2011, Pages 2127-2133

  Tsaloglou, Maria Nefeli ^a   Bahi, Mahadji M ^a   Waugh, Edward M ^a   Morgan, Hywel ^b   Mowlem, Matthew ^a  

^a NATIONAL OCEANOGRAPHY CENTRE   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF SOUTHAMPTON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMICAL ANALYSIS; CELL CONCENTRATIONS; CLINICAL DIAGNOSTICS; ENVIRONMENTAL MONITORING; HARMFUL ALGAL BLOOMS; IN-SITU; INTEGRATED SYSTEMS; KARENIA BREVIS; MICRO FLUIDIC SYSTEM; NUCLEIC ACID ANALYSIS; ON CHIPS; POINT OF CARE; RNA DETECTION; RNA EXTRACTION; SUB-CELLULAR; SUB-SYSTEMS;

ALGAE CONTROL; BIOMOLECULES; FLUIDICS; GENES; INTEGRATED CONTROL; RNA;

REAL TIME SYSTEMS;

EID: 80052603297     PISSN: 17599660     EISSN: 17599679     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1ay05164d     Document Type: Article

References (62)

1. V. A. Bloomfield, D. M. Crothers and I. Tinoco, Jr., Nucleic Acids: Structures, Properties and Functions, 2000
2. L. Buckingham and M. L. Flaws, Molecular Diagnostics: Fundamentals, Methods and Clinical Applications, 1st edn, F.A. Davis, 2007
3. M. Ferrari L. Cremonesi P. Carrera P. A. Bonini Clin. Biochem. 1996 29 201 208
4. N. Rudin and K. Inman, Introduction to Forensic DNA Analysis, 2nd edn, CRC Press, 2001
5. R. S. Burton J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 1996 200 85 101
6. J. P. Zehr I. Hewson P. Moisander Ocean Science Discussions 2008 5 625 657
7. P. Yager T. Edwards E. Fu K. Helton K. Nelson M. R. Tam B. H. Weigl Nature 2006 442 412 418
8. A. Manz N. Graber H. M. Widmer Sens. Actuators, B 1990 1 244 248
9. H.-F. Li J.-M. Lin Anal. Bioanal. Chem. 2008 393 555 567
10. K. M. Horsman J. M. Bienvenue K. R. Blasier J. P. Landers J. Forensic Sci. 2007 52 784 799
11. A. G. Crevillén M. Hervás M. A. López M. C. González A. Escarpa Talanta 2007 74 342 357
12. P. T. Monis S. Giglio Infect. Genet. Evol. 2006 6 2 12
13. K. B. Mullis, F. A. Faloona and W. Ray, in Methods in Enzymology, Academic Press, 1987, vol. 155, pp. 335-350
14. M. Vincent Y. Xu H. Kong EMBO Rep. 2004 5 795 800
15. G. T. Walker M. S. Fraiser J. L. Schram M. C. Little J. G. Nadeau D. P. Malinowski Nucleic Acids Res. 1992 20 1691 1696
16. A. Fire S. Q. Xu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 4641 4645
17. T. Notomi H. Okayama H. Masubuchi T. Yonekawa K. Watanabe N. Amino T. Hase Nucleic Acids Res. 2000 28 63e
18. F. B. Dean S. Hosono L. Fang X. Wu A. F. Faruqi P. Bray-Ward Z. Sun Q. Zong Y. Du J. Du M. Driscoll W. Song S. F. Kingsmore M. Egholm R. S. Lasken Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 5261 5266
19. Y. Xu H.-J. Kim A. Kays J. Rice H. Kong Nucleic Acids Res. 2006 34 e98
20. W. Zhang M. Cohenford B. Lentrichia H. D. Isenberg E. Simson H. Li J. Yi D. Y. Zhang J. Clin. Microbiol. 2002 40 128 132
21. J. Compton Nature 1991 350 91 92
22. J. Jean B. Blais A. Darveau I. Fliss Appl. Environ. Microbiol. 2001 67 5593 5600
23. P. Gill A. Ghaemi Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2008 27 224 243
24. J. C. Guatelli K. M. Whitfield D. Y. Kwoh K. J. Barringer D. D. Richman T. R. Gingeras Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 1874 1878
25. N. Kurn P. Chen J. D. Heath A. Kopf-Sill K. M. Stephens S. Wang Clin. Chem. 2005 51 1973 1981
26. S. D. Wharam P. Marsh J. S. Lloyd T. D. Ray G. A. Mock R. Assenberg J. E. McPhee P. Brown A. Weston D. L. N. Cardy Nucleic Acids Res. 2001 29 54e
27. J. Moncada J. Schachter E. W. I. Hook D. Ferrero C. Gaydos T. C. Quinn D. Willis A. Weissfeld D. H. Martin Sex. Transm. Dis. 2004 31 273 277
28. S. Tyagi S. A. E. Marras F. R. Kramer Nat. Biotechnol. 2000 18 1191 1196
29. R. Higuchi C. Fockler G. Dollinger R. Watson Bio/Technology 1993 11 1026 1030
30. G. Leone S. H. Van G. B. Van F. R. Kramer C. D. Schoen Nucleic Acids Res. 1998 26 2150 2155
31. M. A. Northrup, M. T. Ching, R. M. White and R. T. Watson, 7th International Conference on Solid-State Sensors and Actuators (Transducers '93), Yokohama, Japan, 1995, Elsevier, Vol. A43, 924-926
32. M. A. Northrup B. Benett D. Hadley P. Landre S. Lehew J. Richards P. Stratton Anal. Chem. 1998 70 918 922
33. C. Zhang D. Xing Nucleic Acids Res. 2007 35 4223 4237
34. C. Zhang J. Xu W. Ma W. Zheng Biotechnol. Adv. 2006 24 243 284
35. C.-S. Liao G.-B. Lee H.-S. Liu T.-M. Hsieh C.-H. Luo Nucleic Acids Res. 2005 33 18:e156 1 7
36. K.-Y. Lien W.-Y. Lin Y.-F. Lee C.-H. Wang H.-Y. Lei G.-B. Lee J. Microelectromech. Syst. 2008 17 288 301
37. X. Fang, Y. Liu, J. Kong and X. Jiang, Analytical Chemistry, 82, pp. 3002-3006
38. N. Ramalingam T. San T. Kai M. Mak H.-Q. Gong Microfluid. Nanofluid. 2009 7 325 336
39. A. Gulliksen L. Solli F. Karlsen H. Rogne E. Hovig T. Nordstrom R. Sirevag Anal. Chem. 2004 76 9 14
40. A. Gulliksen L. A. Solli K. S. Drese O. Sorensen F. Karlsen H. Rogne E. Hovig R. Sirevag Lab Chip 2005 5 416 420
41. I. K. Dimov J. L. Garcia-Cordero J. O'Grady C. R. Poulsen C. Viguier L. Kent P. Daly B. Lincoln M. Maher R. O'Kennedy T. J. Smith A. J. Ricco L. P. Lee Lab Chip 2008 8 2071 2078
42. J. Cheng E. L. Sheldon L. Wu A. Uribe L. O. Gerrue J. Carrino M. J. Heller J. P. O'Connell Nat. Biotechnol. 1998 16 541 546
43. C. J. Easley J. M. Karlinsey Joan M. Bienvenue Lindsay A. Legendre Michael G. Roper Sanford H. Feldman Molly A. Hughes Erik L. Hewlett Tod J. Merkel J. P. Ferrance J. P. Landers Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 19272 19277
44. J. F. Zhong Y. Chen J. S. Marcus A. Scherer S. R. Quake C. R. Taylor L. P. Weiner Lab Chip 2008 8 68 74
45. E. T. Casper S. S. Patterson P. Bhanushali A. Farmer M. Smith D. P. Fries J. H. Paul Harmful Algae 2007 6 112 118
46. K.-Y. Lien C.-J. Liu Y.-C. Lin P.-L. Kuo G.-B. Lee Microfluid. Nanofluid. 2008 6 539 555
47. C.-J. Liu K.-Y. Lien C.-Y. Weng J.-W. Shin T.-Y. Chang G.-B. Lee Biomed. Microdevices 2008 11 339 350
48. A. F. Sauer-Budge P. Mirer A. Chatterjee C. M. Klapperich D. Chargin A. Sharon Lab Chip 2009 9 2803 2810
49. S. M. Watkins A. Reich L. E. Fleming R. Hammond Mar. Drugs 2008 6 431 455
50. B. E. Wang C. A. Parish J. Org. Chem. 2010 75 1582 1588
51. E. Granéli, and, T. J. Turner, ed., Ecology of Harmful Algae, Springer-Verlag, 2008
52. K. G. Sellner G. J. Doucette G. J. Kirkpatrick J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2003 30 383 406
53. F. H. Chang Harmful Algae 2011 10 181 187
54. B. Deiman P. Van Aarle P. Sillekens Mol. Biotechnol. 2002 20 163 179
55. A. M. Polstra J. Goudsmit M. Cornelissen BMC Infect. Dis. 2002 2 18
56. M. P. de Baar M. W. van Dooren E. de Rooij M. Bakker B. van Gemen J. Goudsmit A. de Ronde J. Clin. Microbiol. 2001 39 1378 1384
57. R. Sooknanan, B. Van Gemen and L. Malek, in Molecular methods for virus detection, Academic Press, 1995, pp. 261-285
58. J. J. A. M. Weusten W. M. Carpay T. A. M. Oosterlaken M. C. A. van Zuijlen P. A. van de Wiel Nucleic Acids Res. 2002 30 26e
59. E. T. Casper J. H. Paul M. C. Smith M. Gray Appl. Environ. Microbiol. 2004 70 4727 4732
60. I. R. G. Ogilvie et al. J. Micromech. Microeng. 2010 20 065016
61. M. C. Smith G. Steimle S. Ivanov M. Holly D. P. Fries Anal. Chim. Acta 2007 598 286 294
62. M. Bahi M.-N. Tsaloglou M. Mowlem H. Morgan J. R. Soc. Interface 2011 8 601 608