Improving aptamer selection efficiency through volume dilution, magnetic concentration, and continuous washing in microfluidic channels

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 17, 2011, Pages 6883-6889

  Oh, Seung Soo ^a   Ahmad, Kareem M ^b   Cho, Minseon ^a   Kim, Seon ^a   Xiao, Yi ^a   Soh, H Tom ^a,b  

^a University of California   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APTAMER SEQUENCES; APTAMERS; DNA APTAMERS; HIGH AFFINITY; HIGH QUALITY; ITERATIVE PROCESS; MAGNETIC BEADS; MAGNETIC CONCENTRATION; MICROFLUIDIC CHAMBERS; MICROFLUIDIC CHANNEL; NANOMOLAR AFFINITY; NUCLEIC ACID APTAMERS; STREPTAVIDIN;

DNA SEQUENCES; NUCLEIC ACIDS; PROTEINS; WASHING;

MICROFLUIDICS;

APTAMER; STREPTAVIDIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; COMBINATORIAL CHEMISTRY; MAGNETISM; METHODOLOGY; MICROFLUIDIC ANALYSIS;

APTAMERS, NUCLEOTIDE; MAGNETICS; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; SELEX APTAMER TECHNIQUE; STREPTAVIDIN;

EID: 80052323737     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac201269f     Document Type: Article

References (27)

1. Huizenga, D. E.; Szostak, J. W. Biochemistry 1995, 34, 656-665
2. Bock, L. C.; Griffin, L. C.; Latham, J. A.; Vermaas, E. H.; Toole, J. J. Nature 1992, 355, 564-566
3. Gopinath, S. C. B.; Misono, T. S.; Kawasaki, K.; Mizuno, T.; Imai, M.; Odagiri, T.; Kumar, P. K. R. J. Gen. Virol. 2006, 87, 479-487
4. Daniels, D. A.; Chen, H.; Hicke, B. J.; Swiderek, K. M.; Gold, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15416-15421
5. Shangguan, D.; Li, Y.; Tang, Z. W.; Cao, Z. H. C.; Chen, H. W.; Mallikaratchy, P.; Sefah, K.; Yang, C. Y. J.; Tan, W. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11838-11843
6. Nutiu, R.; Li, Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 1061-1065
7. Oh, S. S.; Plakos, K.; Lou, X.; Xiao, Y.; Soh, H. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 14053-14058
8. Ellington, A. D.; Szostak, J. W. Nature 1990, 346, 818-822
9. Tuerk, C.; Gold, L. Science 1990, 249, 505-510
10. Liu, Y.; Adams, J. D.; Turner, K.; Cochran, F. V.; Gambhir, S. S.; Soh, H. T. Lab Chip 2009, 9, 1033-1036
11. Lou, X. H.; Qian, J. R.; Xiao, Y.; Viel, L.; Gerdon, A. E.; Lagally, E. T.; Atzberger, P.; Tarasow, T. M.; Heeger, A. J.; Soh, H. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 2989-2994
12. Qian, J. R.; Lou, X. H.; Zhang, Y. T.; Xiao, Y.; Soh, H. T. Anal. Chem. 2009, 81, 5490-5495
13. Cho, M.; Xiao, Y.; Nie, J.; Stewart, R.; Csordas, A. T.; Oh, S. S.; Thomson, J. A.; Soh, H. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 15373-15378
14. Gold, L.; Ayers, D.; Bertino, J.; Bock, C.; Bock, A.; Brody, E. N.; Carter, J.; Dalby, A. B.; Eaton, B. E.; Fitzwater, T.; Flather, D.; Forbes, A.; Foreman, T.; Fowler, C.; Gawande, B.; Goss, M.; Gunn, M.; Gupta, S.; Halladay, D.; Heil, J.; Heilig, J.; Hicke, B.; Husar, G.; Janjic, N.; Jarvis, T.; Jennings, S.; Katilius, E.; Keeney, T. R.; Kim, N.; Koch, T. H.; Kraemer, S.; Kroiss, L.; Le, N.; Levine, D.; Lindsey, W.; Lollo, B.; Mayfield, W.; Mehan, M.; Mehler, R.; Nelson, S. K.; Nelson, M.; Nieuwlandt, D.; Nikrad, M.; Ochsner, U.; Ostroff, R. M.; Otis, M.; Parker, T.; Pietrasiewicz, S.; Resnicow, D. I.; Rohloff, J.; Sanders, G.; Sattin, S.; Schneider, D.; Singer, B.; Stanton, M.; Sterkel, A.; Stewart, A.; Stratford, S.; Vaught, J. D.; Vrkljan, M.; Walker, J. J.; Watrobka, M.; Waugh, S.; Weiss, A.; Wilcox, S. K.; Wolfson, A.; Wolk, S. K.; Zhang, C.; Zichi, D. PLoS One 2010, 5, e15004
15. Csordas, A.; Gerdon, A. E.; Adams, J. D.; Qian, J.; Oh, S. S.; Xiao, Y.; Soh, H. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 355-358
16. Avci-Adali, M.; Paul, A.; Wilhelm, N.; Ziemer, G.; Wendel, H. P. Molecules 2010, 15, 1-11
17. Ruff, K. M.; Snyder, T. M.; Liu, D. R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9453-9464
18. Paul, A.; Avci-Adali, M.; Ziemer, G.; Wendel, H. P. Oligonucleotides 2009, 19, 243-254
19. Tok, J. B.; Fischer, N. O. Chem. Commun. 2008, 1883-1885
20. Heid, C. A.; Stevens, J.; Livak, K. J.; Williams, P. M. Genome Res. 1996, 6, 986-994
21. Stoltenburg, R.; Reinemann, C.; Strehlitz, B. Anal. Bioanal. Chem. 2005, 383, 83-91
22. Luchansky, S. J.; Nolan, S. J.; Baranger, A. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7130-7131
23. Katilius, E.; Flores, C.; Woodbury, N. W. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 7626-7635
24. Zuker, M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3406-3415
25. Bittker, J. A.; Le, B. V.; Liu, D. R. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 1024-1029
26. Wang, C.; Yang, G.; Luo, Z.; Ding, H. Acta Biochim. Biophys. Sin. 2009, 41, 335-340
27. Bing, T.; Yang, X.; Mei, H.; Cao, Z.; Shangguan, D. Bioorg. Med. Chem. 2010, 18, 1798-1805