Effects of aggregation on the excitation dynamics of LH2 from thermochromatium tepidum in aqueous phase and in chromatophores

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 24, 2011, Pages 7906-7913

  Yang, Fan ^a,b   Yu, Long Jiang ^c   Wang, Peng ^a   Ai, Xi Cheng ^a   Wang, Zheng Yu ^c   Zhang, Jian Ping ^a  

^a RENMIN UNIVERSITY OF CHINA   (China)

^b JILIN UNIVERSITY   (China)

^c IBARAKI UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA; ENERGY TRANSFER; FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; PHOTOSYNTHETIC MEMBRANES; SULFUR; SURFACE ACTIVE AGENTS;

AGGREGATION STATE; ANTENNA COMPLEXES; AQUEOUS PHASE; BACTERIOCHLOROPHYLLS; EXCITATION DYNAMICS; FEMTOSECONDS; LIGHT-HARVESTING COMPLEX; LIGHT-HARVESTING FUNCTION; MONO-DISPERSED; PUMP-PROBE SPECTROSCOPY; SULFUR BACTERIA; SURFACTANT CONCENTRATIONS; TRANSFER TIME;

HARVESTING;

EID: 79959328840     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp1097537     Document Type: Article

References (79)

1. Hu, X.; Damjanović, A.; Ritz, T.; Schulten, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5935-5941
2. Linnanto, J. M.; Korppi-Tommola, J. E. I. Chem. Phys. 2009, 357, 171-180
3. Sundström, V.; Pullerits, T.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2327-2346
4. Deisenhofer, J.; Epp, O.; Sinning, I.; Michel, H. J. Mol. Biol. 1995, 246, 429-457
5. Ermler, U.; Fritzsch, G.; Buchanan, S. K.; Michel, H. Structure 1994, 2, 925-936
6. Nogi, T.; Fathir, I.; Kobayashi, M.; Nozawa, T.; Miki, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13561-13566
7. McDermott, G.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Hawthornthwaite-Lawless, A. M.; Papiz, M. Z.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. Nature 1995, 374, 517-521
8. Papiz, M. Z.; Prince, S. M.; Howard, T.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. J. Mol. Biol. 2003, 326, 1523-1538
9. Koepke, J.; Hu, X.; Muenke, C.; Schulten, K.; Michel, H. Structure 1996, 4, 581-597
10. Roszak, A. W.; Howard, T. D.; Southall, J.; Gardiner, A. T.; Law, C. J.; Isaacs, N. W.; Cogdell, R. J. Science 2003, 302, 1969-1972
11. Bahatyrova, S.; Frese, R. N.; Siebert, C. A.; Olsen, J. D.; van der Werf, K. O.; van Grondelle, R.; Niederman, R. A.; Bullough, P. A.; Otto, C.; Hunter, C. N. Nature 2004, 430, 1058-1062
12. Scheuring, S.; Lévy, D.; Rigaud, J. L. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1712, 109-127
13. Sener, M. K.; Olsen, J. D.; Hunter, C. N.; Schulten, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 15723-15728
14. Sturgis, J. N.; Tucker, J. D.; Olsen, J. D.; Hunter, C. N.; Niederman, R. A. Biochemistry 2009, 48, 3679-3698
15. Cogdell, R. J.; Gall, A.; Köhler, J. Q. Rev. Biophys. 2006, 39, 227-324
16. Frieberg, A.; Godik, V. I.; Pullerits, T.; Timpmann, K. Chem. Phys. 1988, 227-235
17. Sundström, V.; van Grondelle, R.; Bergström, H.; Åkesson, E.; Gillbro, T. Biochim. Biophys. Acta 1986, 851, 431-446
18. van Grondelle, R.; Bergström, H.; Sundström, V.; Gillbro, T. Biochim. Biophys. Acta 1987, 894, 313-326
19. Shreve, A. P.; Trautman, J. K.; Frank, H. A.; Owens, T. G.; Albrecht, A. C. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1058, 280-288
20. Reddy, N. R. S.; Small, G. J.; Seibert, M.; Picorel, R. Chem. Phys. Lett. 1991, 181, 391-399
21. Zhang, F. G.; van Grondelle, R.; Sundström, V. Biophys. J. 1992, 61, 911-920
22. Monshouwer, R.; de Zarate, I. O.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 341-346
23. Kennis, J. T. M.; Streltsov, A. M.; Vulto, S. I. E.; Aartsma, T. J.; Nozawa, T.; Amesz, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7827-7834
24. Salverda, J. M.; van Mourik, F.; van der Zwan, G.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11395-11408
25. Pullerits, T.; Hess, S.; Herek, J. L.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10560-10567
26. Ihalainen, J. A.; Linnanto, J.; Myllyperkiö, P.; van Stokkum, I. H. M.; Ücker, B.; Scheer, H.; Korppi-Tommola, J. E. I. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9849-9856
27. Freiberg, A.; Timpmann, K.; Lin, S.; Woodbury, N. W. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10974-10982
28. Fraser, N. J.; Dominy, P. J.; Ücker, B.; Simonin, I.; Scheer, H.; Cogdell, R. Biochemistry 1999, 38, 9684-9692
29. Theiss, C.; Leupold, D.; Moskalenko, A. A.; Razjivin, A. P.; Eichler, H. J.; Lokstein, H. Biophys. J. 2008, 94, 4808-4811
30. Brust, T.; Draxler, S.; Rauh, A.; Silber, M. V.; Braun, P.; Zinth, W.; Braun, M. Chem. Phys. 2009, 357, 28-35
31. Hess, S.; Åkesson, E.; Cogdell, R. J.; Pullerits, T.; Sundström, V. Biophys. J. 1995, 69, 2211-2225
32. Jimenez, R.; Dikshit, S. N.; Bradforth, S. E.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6825-6834
33. Hess, S.; Chachisvilis, M.; Timpmann, K.; Jones, M. R.; Fowler, G. J. S.; Hunter, C. N.; Sundström, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 12333-12337
34. Nagarajan, V.; Parson, W. W. Biochemistry 1997, 36, 2300-2306
35. Bergström, H.; van Grondelle, R.; Sundström, V. FEBS Lett. 1989, 250, 503-508
36. Kennis, J. T. M.; Aartsma, T. J.; Amesz, J. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1188, 278-286
37. Permentier, H. P.; Neerken, S.; Schmidt, K. A.; Overmann, J.; Amesz, J. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1460, 338-345
38. Ma, F.; Kimura, Y.; Zhao, X. H.; Wu, Y. S.; Wang, P.; Fu, L. M.; Wang, Z. Y.; Zhang, J. P. Biophys. J. 2008, 95, 3349-3357
39. Timpmann, K.; Freiberg, A.; Godik, V. I. Chem. Phys. Lett. 1991, 182, 617-622
40. Chachisvilis, M.; Kühn, O.; Pullerits, T.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7275-7283
41. Freiberg, A.; Jackson, J. A.; Lin, S.; Woodbury, N. W. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 4372-4380
42. Polívka, T.; Pullerits, T.; Herek, J. L.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 1088-1096
43. Timpmann, K.; Zhang, F. G.; Freiberg, A.; Sundström, V. Biochim. Biophys. Acta 1993, 1183, 185-193
44. Timpmann, K.; Woodbury, N. W.; Freiberg, A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9769-9771
45. Hu, X.; Ritz, T.; Damjanović, A.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3854-3871
46. Novoderezhkin, V.; Wendling, M.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 11534-11548
47. Madigan, M. T. Science 1984, 225, 313-315
48. Kimura, Y.; Hirano, Y.; Yu, L. J.; Suzuki, H.; Kobayashi, M.; Wang, Z. Y. J. Biol. Chem. 2008, 283, 13867-13873
49. Ma, F.; Kimura, Y.; Yu, L. J.; Wang, P.; Ai, X. C.; Wang, Z. Y.; Zhang, J. P. FEBS J. 2009, 276, 1739-1749
50. Sekine, F.; Horiguchi, K.; Kashino, Y.; Shimizu, Y.; Yu, L. J.; Kobayashi, M.; Wang, Z. Y. Manuscript submitted for publication.
51. Schubert, A.; Stenstam, A.; Beenken, W. J. D.; Herek, J. L.; Cogdell, R.; Pullerits, T.; Sundström, V. Biophys. J. 2004, 86, 2363-2373
52. Bhairi, S. M. Surfactant; Calbiochem Corporation: Darmstadt, Germany, 2001.
53. Provencher, W. S. Comput. Phys. Commun. 1982, 27, 229-242
54. Wang, C. H.; Woodford, J. N.; Jen, A. K.-Y. Chem. Phys. 2000, 262, 475-487
55. van Dijk, B.; Nozawa, T.; Hoff, A. J. Spectrochim. Acta, Part A 1998, 54, 1269-1278
56. Berlin, Y.; Burin, A.; Friedrich, J.; Köhler, J. Phys. Life Rev. 2007, 4, 64-89
57. Koolhaas, M. H. C.; Frese, R. N.; Fowler, G. J. S.; Bibby, T. S.; Georgakopoulou, S.; van der Zwan, G.; Hunter, C. N.; van Grondelle, R. Biochemistry 1998, 37, 4693-4698
58. Leupold, D.; Stiel, H.; Ehlert, J.; Nowak, F.; Teuchner, K.; Voigt, B.; Bandilla, M.; Ücker, B.; Scheer, H. Chem. Phys. Lett. 1999, 301, 537-545
59. Pflock, T.; Dezi, M.; Venturoli, G.; Cogdell, R. J.; Köhler, J.; Oellerich, S. Photosynth. Res. 2008, 95, 291-298
60. Nozawa, T.; Fukada, T.; Hatano, M.; Madigan, M. T. Biochim. Biophys. Acta 1986, 852, 191-197
61. Kangur, L.; Timpmann, K.; Freiberg, A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7948-7955
62. González-Gaitano, G.; Rodríguez, P.; Isasi, J. R.; Fuentes, M.; Tardajos, G.; Sánchez, M. J. Inclusion Phenom. Macrocyclic Chem. 2002, 44, 101-105
63. Bergström, H.; Sundström, V.; van Grondelle, R.; Gillbro, T.; Cogdell, R. Biochim. Biophys. Acta 1988, 936, 90-98
64. Monshouwer, R.; Abrahamsson, M.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7241-7248
65. Hess, S.; Feldchtein, F.; Babin, A.; Nurgaleev, I.; Pullerits, T.; Sergeev, A.; Sundström, V. Chem. Phys. Lett. 1993, 216, 247-257
66. Zhao, X. H.; Liang, J.; Ma, F.; Sun, W. J.; Wang, P.; Fu, L. M.; Ai, X. C.; Zhang, J. P. Chem. J. Chin. Univ.-Chin. 2008, 29, 149-153
67. Wendling, M.; van Mourik, F.; van Stokkum, I. H. M.; Salverda, J. M.; Michel, H.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2003, 84, 440-449
68. Kennis, J. T. M.; Streltsov, A. M.; Aartsma, T. J.; Nozawa, T.; Amesz, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2438-2442
69. van Grondelle, R. Biochim. Biophys. Acta 1985, 811, 147-195
70. Freiberg, A.; Godik, V. I.; Pullerits, T.; Timpman, K. Biochim. Biophys. Acta 1989, 973, 93-104
71. Bradforth, S. E.; Jimenez, R.; van Mourik, F.; van Grondelle, R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16179-16191
72. Ma, Y. Z.; Cogdell, R. J.; Gillbro, T. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1087-1095
73. Hess, S.; Visscher, K. J.; Pullerits, T.; Sundström, V. Biochemistry 1994, 33, 8300-8305
74. Fowler, G. J. S.; Hess, S.; Pullerits, T.; Sundström, V.; Hunter, C. N. Biochemistry 1997, 36, 11282-11291
75. Herek, J. L.; Fraser, N. J.; Pullerits, T.; Martinsson, P.; Polívka, T.; Scheer, H.; Cogdell, R. J.; Sundström, V. Biophys. J. 2000, 78, 2590-2596
76. Scholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 1854-1868
77. Kimura, A.; Kakitani, T. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 7932-7937
78. Yang, F.; Yu, L. J.; Wang, P.; Ai, X. C.; Wang, Z. Y.; Zhang, J. P. Acta Phys.-Chim. Sin. 2010, 26, 2021-2030
79. Scheuring, S.; Boudier, T.; Sturgis, J. N. J. Struct. Biol. 2007, 159, 268-276