Intra- and interband transfers in the B800-B850 antenna of rhodospirillum molischianum: Redfield theory modeling of polarized pump-probe kinetics

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 41, 2003, Pages 11534-11548

  Novoderezhkin, Vladimir ^a   Wendling, Markus ^b   Van Grondelle, Rienk ^b  

^a MOSCOW STATE UNIVERSITY   (Russian Federation)

^b VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA; EIGENVALUES AND EIGENFUNCTIONS; EXCITONS; HAMILTONIANS; LIGHT ABSORPTION; MATRIX ALGEBRA; PHONONS; TENSORS;

DENSITY MATRIX EQUATION; EXCITATION-WAVELENGTH-DEPENDENT PUMP-PROBE KINETICS; LOW-INTENSITY PUMP-PROBE KINETICS; NONSECULAR COHERENCE TRANSFER; POPULATION-COHERENCE COUPLING; RHODOSPIRILLUM MOLISCHIANUM;

CHLOROPHYLL;

EID: 0242333927     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp035432l     Document Type: Article

References (63)

1. McDermott, G.; Prince, S. M.; Freer, A. A.; Hawthornwaite-Lawleess, A. M.; Papiz, M. Z.; Cogdell, R. J.; Isaacs, N. W. Nature 1995, 374, 517.
2. Koepke, J.; Hu, X.; Muenke, C.; Schulten, K.; Michel, H. Structure 1996, 4, 581.
3. Sundström, V.; Pullerits, T.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2327.
4. Van Grondelle, R.; Novoderezhkin, V. Biochemistry 2001, 40, 15057.
5. Hu, X.; Ritz, T.; Damjanović, A.; Autenrieth, F.; Schulten, K. Q. Rev. Biophys. 2002, 35, 1.
6. van der Laan, H.; Schmidt, Th.; Visschers, R. W.; Visscher, K. J.; van Grondelle, R.; Völker, S. Chem. Phys. Lett. 1990, 170, 231.
7. Reddy, N. R. S.; Small, G. J.; Seibert, M.; Picorel, R. Chem. Phys. Lett. 1991, 181, 391.
8. de Caro, C. D.; Visschers, R. W.; van Grondelle, R.; Völker, S. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10584.
9. Wu, H.-M.; Savikhin, S.; Reddy, N.R.S.; Jankowiak, R.; Cogdell, R. J.; Small, G. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12022.
10. Matsuzaki, S.; Zazubovich, V.; Fraser, N. J.; Cogdell, R. J.; Small, G. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7049.
11. Zazubovich, V.; Jankowiak, R., Small, G. J. J. Lumin. 2002, 98, 123.
12. Hess, S.; Feldchtein, F.; Babin, A.; Nurgaleev, I.; Pullerits, T.; Sergeev, A.; Sundström, V. Chem. Phys. Lett. 1993, 216, 247.
13. Hess, S.; Åesson, E.; Cogdell, R. J.; Pullerits, T.; Sundström, V. Biophys. J. 1995, 69, 2211.
14. Monshouwer, R.; Ortiz de Zarate, I.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 341.
15. Joo, T.; Jia, Y.; Yu, J.-Y.; Jonas, D. M.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2399.
16. Ma, Y. Z.; Cogdell, R. J.; Gillbro, T. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1087.
17. Ma, Y. Z.; Cogdell, R. J.; Gillbro, T. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 881.
18. Kennis, J. T. M.; Streltsov, A. M.; Aartsma, T. J.; Nozava, T.; Amesz, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2438.
19. Kennis, J. T. M.; Streltsov, A. M.; Vulto, S. I. E.; Aartsma, T. J.; Nozava, T.; Amesz, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7827.
20. Pullerits, T.; Hess, S.; Herek, J. L.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10560.
21. Ihalainen, J. A.; Linnanto, J.; Myllyperkiö, P.; van Stokkum, I. H. M.; Ücker, B.; Scheer, H.; Korppi-Tommola, J. E. I. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9849.
22. Wendling, M.; van Mourik, F.; van Stokkum, I. H. M.; Salverda, J. M.; Michel, H.; van Grondelle, R. Biophys. J. 2003, 84, 440.
23. Salverda, J. M.; van Mourik, F.; van der Zwan, G.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11395.
24. Agarwal, R.; Yang, M.; Xu, Q. H.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1887.
25. Kühn, O.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3432.
26. Renger, Th.; May, Phys. Rep. 2001, 343, 137.
27. Herek, J. L.; Fraser, N. J.; Pullerits, T.; Martinsson, P.; Polívka, P.; Scheer, H.; Cogdell, R. J.; Sundström, V. Biophys. J. 2000, 78, 2590.
28. Mukai, K.; Abe, S.; Sumi, H. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6096.
29. Scholes, G. D.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 1854.
30. Yang, M.; Fleming, G. R. Chem. Phys. 2002, 275, 355.
31. Zhang, W. M.; Meier, T.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7763.
32. Kühn, O.; Sundström, V. J. Chem. Phys. 1997, 107, 4154.
33. Novoderezhkin, V.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6025.
34. Wendling, M.; Pullerits, T.; Przyjalgowski, M. A.; Vulto, S. I. E.; Aartsma, T. J.; van Grondelle, R.; van Amerongen, H. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5825.
35. Damjanoví, A.; Kosztin, I.; Kleinekathöfer, U.; Schulten, K. Phys. Rev. E 2002, 65, 031919.
36. Gillie, J. K.; Small, G. J.; Goldbeck, J. H. J. Phys. Chem. 1989, 93, 1620.
37. Zazubovich, V.; Matsuzaki, S.; Johnson, T. W.; Hayes, J. M.; Chitnis, P. R.; Small, G. J. Chem. Phys. 2002, 275, 47.
38. Beekman, L. M. P.; Frese, R. N.; Fowler, G. J. S.; Picorel, R.; Cogdell, R. J.; van Stokkum, I. H. M.; HUnter, C. N.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7293.
39. Beekman, L. M. P.; Steffen, M.; van Stokkum, I. H. M.; Olsen, J. D.; Hunter, C. N.; Boxer, S. J.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7284.
40. Somsen, O. J. G.; Chernyak, V.; Frese, R. N.; van Grondelle, R.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8893.
41. Monshouwer, R.; Abrahamsson, M.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7241.
42. Knox, R. S.; Gülen, D. Photochem. Photobiol. 1993, 57, 40.
43. Kumble, R.; Palese, S.; Visschers, R. W.; Dutton, P. L.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 396.
44. Arnett, D. C.; Moser, C. C.; Dutton, P. L.; Scherer, N. F. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2014.
45. Meier, T.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7332.
46. van Grondelle, R.; Kramer, H. J. M.; Rijgersberg, C. P. Biochim. Biophys. Acta 1982, 682, 208.
47. Wynne, K.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 1993, 171, 179.
48. Matro, A.; Cina, J. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2568.
49. Kumble, R.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 1998, 109, 855.
50. Kühn, O.; Sundstöm, V.; Pullerits, T. Chem. Phys. 2002, 275, 15.
51. Bradforth, S. E.; Jimenez, R.; van Mourik, F.; van Grondelle, R.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16179.
52. Jimenez, R.; Dikshit, S. N.; Bradforth, S. E.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6825.
53. Nagarajan, V.; Alden, R. G.; Williams, J. C.; Parson, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 13774.
54. Nagarajan, V.; Johnson, E. T.; Williams, J. C.; Parson, W. W. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2297.
55. Chachisvilis, M.; Kühn, O.; Pullerits, T.; Sundström, V. J. Phys. Chem. B 1997l, 101, 7275.
56. Monshouwer, R.; Baltuška, A.; van Mourik, F.; van Grondelle, R. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 4360.
57. Vulto, S. I. E.; Kennis, J. T. M.; Streltsov, A. M.; Amesz, J.; Aartsma, T. J. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 878.
58. Redfield, A. G. Adv. Magn. Reson. 1965, 1, 1.
59. Pollard, W. T.; Felts, A. K.; Friesner, R. A. Adv. Chem. Phys. 1996, 93, 77.
60. Cápek, V.; Barvík, I.; Hérman, P. Chem. Phys. 2001, 270, 141.
61. Jean, J. M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 2092.
62. Renger, T.; Marcus, R. A. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9997.
63. Chernyak, V.; Minami, T.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2000, 112, 7953.