Electron transfer dissociation of a melectin peptide: Correlating the precursor ion structure with peptide backbone dissociations

Collection of Czechoslovak Chemical Communications

Volumn 76, Issue 4, 2011, Pages 295-309

  Moss, Christopher L ^a   Chung, Thomas W ^a   Čeřovský, Václav ^b   Tureček, František ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

^b INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

Ab initio calculations; Mass spectrometry; Peptides

Indexed keywords

EID: 79953323656     PISSN: 00100765     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1135/cccc2011025     Document Type: Article

References (39)

1. Hakansson K., Klassen J. S.: Electrospray and MALDI Mass Spectrometry, 2nd ed., pp. 571-630. Wiley, New York 2010.
2. Syka J. E. P., Coon J. J., Schroeder M. J., Shabanowitz J., Hunt D. F.: Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528.
3. Tureček F., Syrstad E. A.: J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3353.
4. Tureček F.: J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5954.
5. Tureček F., Chen X., Hao C.: J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 8818.
6. Chung T. W., Tureček F.: Int. J. Mass Spectrom. 2011, doi:10.1016/j.ijms.2010.06.025.
7. Höfner D., Lesko S. A., Binsch G.: Org. Magn. Res. 1978, 11, 179.
8. Aydin R., Günther H.: Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1981, 20, 985.
9. Eliel E. L., Wilen S. H.: Stereochemistry of Organic Compounds, pp. 688-690. Wiley Interscience, New York 1994,.
10. Tureček F., Panja S., Wyer J. A., Ehlerding A., Zettergren H., Nielsen S. B., Hvelplund P., Bythell B., Paizs B.: J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16472.
11. Tureček F.: J. Mass Spectrom. 2010, 45, 1280.
12. Breuker K., Oh H. B., Horn D. M., Cerda B. A., McLafferty F. W.: J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6407.
13. Breuker K., Oh H. B., Lin C., Carpenter B. K., McLafferty F. W.: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15863.
14. Robinson E. W., Leib R. D., Williams E. R.: J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1469.
15. Mihalca R., Kleinnijenhuis A. J., McDonnell L. A., Heck A. J. R., Heeren R. M. A.: J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1869.
16. Adams C. M., Kjeldsen F., Zubarev R. A., Budnik B. A, Haselman K. F.: J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1087.
17. Ben Hamidane H., He H., Tsybin O. Yu., Emmett M. R., Hendrickson C. L., Marshall A. G., Tsybin Y. O.: J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1182.
18. Patriksson A., Adams C., Kjeldsen F., Raber J., van der Spoel D., Zubarev R. A.: Int. J. Mass Spectrom. 2006, 248, 124.
19. Skurski P., Sobczyk M., Jakowski J., Simons J.: Int. J. Mass Spectrom. 2007, 265, 197.
20. Pouthier V., Tsybin Y. O.: J. Chem. Phys. 2008, 129, 095106/1-095106/11.
21. Čeřovský V., Hovorka O., Cvačka J., Voburka Z., Bednářová L., Borovičková L., Slaninová J., Fučík V.: ChemBioChem 2008, 9, 2815.
22. a) Roepstorff P., Fohlman, J.: Biomed. Mass Spectrom. 1984, 1, 601;
23. b) Biemann K.: Biomed. Environ. Mass Spectrom. 1988, 16, 99.
24. Yanai T., Tew D. P., Handy N. C.: Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 51.
25. Chai J.-D., Head-Gordon M.: J. Chem. Phys. 2008, 128, 084106-1-15.
26. Chen X., Tureček F.: J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12520.
27. Tureček F., Chung T. W., Moss C. L., Wyer J. A., Ehlerding A., Holm A. I. S., Zettergren H., Nielsen S. B., Hvelplund P., Chamot-Rooke J., Bythell B., Paizs B.: J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 10728.
28. Moss C. L., Chung T. W., Wyer J. A., Nielsen S. B., Hvelplund P., Tureček F.: J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, in press.
29. Syrstad E. A., Tureček F.: J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 208.
30. Sobczyk M., Anusiewicz I., Berdys-Kochanska J., Sawicka A., Skurski P., Simons J.: J. Phys. Chem. A 2005, 109, 250.
31. Phillips J. C., Braun R., Wang W., Gumbart J., Tajkhorshid E., Villa E., Chipot C., Skeel R. D., Kale L., Schulten K.: J. Comp. Chem. 2005, 26, 1781.
32. MacKerell A. D., Jr., Bashford D., Bellott M., Dunbrack R. L., Jr., Evanseck J. D., Field M. J., Fischer S., Gao J., Guo H., Ha S., Joseph-McCarthy D., Kuchnir L., Kuczera K., Lau F. T. K., Mattos C., Michnick S., Ngo T., Nguyen D. T., Prodhom B., Reiher III W. E., Roux B., Schlenkrich M., Smith J. C., Stote R., Straub J., Watanabe M., Wiorkiewicz-Kuczera J., Yin D., Karplus M.: J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
33. Sugita Y., Okamoto Y.: Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
34. Stewart J. J. P.: J. Mol. Model. 2007, 13, 1173.
35. Frisch M. J., Trucks G. W., Schlegel H. B., Scuseria G. E., Robb M. A., Cheeseman J. R., Scalmani G., Barone V., Mennucci B., Petersson G. A., Nakatsuji H., Caricato M., Li X., Hratchian H. P., Izmaylov A. F., Bloino J., Zheng G., Sonnenberg J. L., Hada M., Ehara M., Toyota K., Fukuda R., Hasegawa J., Ishida M., Nakajima T., Honda Y., Kitao O., Nakai H., Vreven T., Montgomery J. A., Jr., Peralta J. E., Ogliaro F., Bearpark M., Heyd J. J., Brothers E., Kudin K. N., Staroverov V. N., Kobayashi R., Normand J., Raghavachari K., Rendell A., Burant J. C., Iyengar S. S., Tomasi J., Cossi M., Rega N., Millam J. M., Klene M., Knox J. E., Cross J. B., Bakken V., Adamo C., Jaramillo J., Gomperts R., Stratmann R. E., Yazyev O., Austin A. J., Cammi R., Pomelli C., Ochterski J. W., Martin R. L., Morokuma K., Zakrzewski V. G., Voth G. A., Salvador P., Dannenberg J. J., Dapprich S., Daniels A. D., Farkas O., Foresman J. B., Ortiz J. V., Cioslowski J., Fox D. J.: Gaussian 09, Revision A.02. Gaussian, Inc., Wallingford (CT) 2009.
36. a) Becke A. D.: J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372;
37. b) Becke A. D.: J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648;
38. c) Stephens P. J., Devlin F. J., Chabalowski C. F., Frisch M. J.: J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
39. Reed A. E., Weinstock R. B., Weinhold F.: J. Chem. Phys. 1985, 83, 735.