GPS-YNO2: Computational prediction of tyrosine nitration sites in proteins

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 4, 2011, Pages 1197-1204

  Liu, Zexian ^a,b   Cao, Jun ^b   Ma, Qian ^b   Gao, Xinjiao ^b   Ren, Jian ^a   Xue, Yu ^c  

^a SUN YAT SEN UNIVERSITY   (China)

^b UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY OF CHINA   (China)

^c HUAZHONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN; TYROSINE;

ALGORITHM; ARTICLE; BIOLOGY; CHEMISTRY; COMPUTER PROGRAM; RECEIVER OPERATING CHARACTERISTIC;

ALGORITHMS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; PROTEINS; ROC CURVE; SOFTWARE; TYROSINE;

EID: 79952689992     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0mb00279h     Document Type: Article

References (43)

1. R. Radi, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2004, 101, 4003-4008.
2. J. S. Beckman and W. H. Koppenol, Am. J. Physiol., 1996, 271, C1424-C1437.
3. F. J. Schopfer, P. R. Baker and B. A. Freeman, Trends Biochem. Sci., 2003, 28, 646-654.
4. D. D. Thomas, M. G. Espey, M. P. Vitek, K. M. Miranda and D. A. Wink, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2002, 99, 12691-12696.
5. K. Bian, Z. Gao, N. Weisbrodt and F. Murad, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2003, 100, 5712-5717.
6. S. Goldstein, G. Czapski, J. Lind and G. Merenyi, J. Biol. Chem., 2000, 275, 3031-3036.
7. R. Zaragoza, L. Torres, C. Garcia, P. Eroles, F. Corrales, A. Bosch, A. Lluch, E. R. Garcia-Trevijano and J. R. Vina, Biochem. J., 2009, 419, 279-288.
8. L. L. Hardy, D. A. Wick and J. R. Webb, J. Immunol., 2008, 180, 5956-5962.
9. K. Dixit, M. A. Khan, Y. D. Sharma, M. Uddin and K. Alam, Int. J. Biol. Macromol., 2009.
10. A. J. Gow, D. Duran, S. Malcolm and H. Ischiropoulos, FEBS Lett., 1996, 385, 63-66.
11. N. Abello, H. A. Kerstjens, D. S. Postma and R. Bischoff, J. Proteome Res., 2009.
12. J. A. Kers, M. J. Wach, S. B. Krasnoff, J. Widom, K. D. Cameron, R. A. Bukhalid, D. M. Gibson, B. R. Crane and R. Loria, Nature, 2004, 429, 79-82.
13. K. S. Aulak, M. Miyagi, L. Yan, K. A. West, D. Massillon, J. W. Crabb and D. J. Stuehr, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2001, 98, 12056-12061.
14. R. Tyther, A. Ahmeda, E. Johns and D. Sheehan, Proteomics, 2007, 7, 4555-4564.
15. Q. Zhang, W. J. Qian, T. V. Knyushko, T. R. Clauss, S. O. Purvine, R. J. Moore, C. A. Sacksteder, M. H. Chin, D. J. Smith, D. G. Camp, 2nd, D. J. Bigelow and R. D. Smith, J. Proteome Res., 2007, 6, 2257-2268.
16. F. Casoni, M. Basso, T. Massignan, E. Gianazza, C. Cheroni, M. Salmona, C. Bendotti and V. Bonetto, J. Biol. Chem., 2005, 280, 16295-16304.
17. B. Ghesquiere, N. Colaert, K. Helsens, L. Dejager, C. Vanhaute, K. Verleysen, K. Kas, E. Timmerman, M. Goethals, C. Libert, J. Vandekerckhove and K. Gevaert, Mol. Cell. Proteomics, 2009, 8, 2642-2652.
18. J. Kanski, S. J. Hong and C. Schoneich, J. Biol. Chem., 2005, 280, 24261-24266.
19. M. Miyagi, H. Sakaguchi, R. M. Darrow, L. Yan, K. A. West, K. S. Aulak, D. J. Stuehr, J. G. Hollyfield, D. T. Organisciak and J. W. Crabb, Mol. Cell. Proteomics, 2002, 1, 293-303.
20. I. V. Turko, L. Li, K. S. Aulak, D. J. Stuehr, J. Y. Chang and F. Murad, J. Biol. Chem., 2003, 278, 33972-33977.
21. X. Zhan, Y. Du, J. S. Crabb, X. Gu, T. S. Kern and J. W. Crabb, Mol. Cell. Proteomics, 2008, 7, 864-874.
22. J. M. Souza, E. Daikhin, M. Yudkoff, C. S. Raman and H. Ischiropoulos, Arch. Biochem. Biophys., 1999, 371, 169-178.
23. S. L. Elfering, V. L. Haynes, N. J. Traaseth, A. Ettl and C. Giulivi, Am. J. Physiol.: Heart Circ. Physiol., 2004, 286, H22-H29.
24. Y. Xue, Z. Liu, X. Gao, C. Jin, L. Wen, X. Yao and J. Ren, PLoS One, 2010, 5, e11290.
25. Y. Xue, J. Ren, X. Gao, C. Jin, L. Wen and X. Yao, Mol. Cell. Proteomics, 2008, 7, 1598-1608.
26. H. Li, X. Xing, G. Ding, Q. Li, C. Wang, L. Xie, R. Zeng and Y. Li, Mol. Cell. Proteomics, 2009, 8, 1839-1849.
27. T. Y. Lee, J. B. Hsu, W. C. Chang, T. Y. Wang, P. C. Hsu and H. D. Huang, BMC Res. Notes, 2009, 2, 111.
28. The UniProt Consortium, Nucleic Acids Res., 2010, 38, D142-D148.
29. W. Li and A. Godzik, Bioinformatics, 2006, 22, 1658-1659.
30. M. Johnson, I. Zaretskaya, Y. Raytselis, Y. Merezhuk, S. McGinnis and T. L. Madden, Nucleic Acids Res., 2008, 36, W5-W9.
31. D. T. Jones, J. Mol. Biol., 1999, 292, 195-202.
32. D. Barrell, E. Dimmer, R. P. Huntley, D. Binns, C. O'Donovan and R. Apweiler, Nucleic Acids Res., 2009, 37, D396-D403.
33. F. Zhou, Y. Xue, H. Lu, G. Chen and X. Yao, FEBS Lett., 2005, 579, 3369-3375.
34. D. C. David, N. Ollikainen, J. C. Trinidad, M. P. Cary, A. L. Burlingame and C. Kenyon, PLoS Biol., 2010, 8, e1000450.
35. C. A. Sacksteder, W. J. Qian, T. V. Knyushko, H. Wang, M. H. Chin, G. Lacan, W. P. Melega, D. G. Camp, 2nd, R. D. Smith, D. J. Smith, T. C. Squier and D. J. Bigelow, Biochemistry, 2006, 45, 8009-8022.
36. C. Mallozzi, A. M. Di Stasi and M. Minetti, FASEB J., 1997, 11, 1281-1290.
37. Y. Sekar, T. C. Moon, C. M. Slupsky and A. D. Befus, J. Immunol., 2010, 185, 578-587.
38. S. Schildknecht, K. Heinz, A. Daiber, J. Hamacher, C. Kavakli, V. Ullrich and M. Bachschmid, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2006, 340, 318-325.
39. A. Bhattacharjee, U. Majumdar, D. Maity, T. S. Sarkar, A. M. Goswami, R. Sahoo and S. Ghosh, Biochem. Biophys. Res. Commun., 2009, 388, 612-617.
40. Z. R. Yang, Machine Learning Approaches to Bioinformatics, World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd., 2010.
41. Z. He, T. Huang, X. Shi, L. Hu, L. Chen, F. Liu, K. Wang, T. Wen, X. Kong and Y. Cai, presented in part at the Fourth International Conference on Computational Systems Biology (ISB2010), Suzhou, China, 2010.
42. S. Duan and C. Chen, Cell Mol. Immunol., 2007, 4, 353-358.
43. T. Nakamura and S. A. Lipton, Apoptosis, 2009, 14, 455-468.