Free-energy landscape of the helical wrapping of a carbon nanotube by a polysaccharide

Journal of Physical Chemistry C

Volumn 115, Issue 5, 2011, Pages 1851-1856

  Liu, Yingzhe ^a   Chipot, Christophe ^b   Shao, Xueguang ^a   Cai, Wensheng ^a  

^a NANKAI UNIVERSITY   (China)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AQUEOUS ENVIRONMENT; ATOMISTIC MOLECULAR DYNAMICS; DEGREE OF DEACETYLATION; FREE-ENERGY LANDSCAPE; GEOMETRICAL PROPERTY; HELICAL CONFORMATION; INTERACTION MECHANISMS; MICROSCOPIC STRUCTURES; NANO-SCALE MATERIALS; NONCOVALENT; POLYSACCHARIDE CHAIN; VAN DER WAALS ATTRACTION;

ACETYLATION; CARBON NANOTUBES; CONFORMATIONS; FREE ENERGY; GENE THERAPY; GENETIC ENGINEERING; MOLECULAR DYNAMICS; VAN DER WAALS FORCES;

SINGLE-WALLED CARBON NANOTUBES (SWCN);

EID: 79952675434     PISSN: 19327447     EISSN: 19327455     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp111981y     Document Type: Article

References (38)

1. Ferber, D. Science 2001, 294, 1638-1642
2. Vijayanathan, V.; Thomas, T.; Shirahata, A.; Thomas, T. J. Biochemistry 2001, 40, 13644-13651
3. Matulis, D.; Rouzina, I.; Bloomfield, V. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7331-7342
4. Choi, J. S.; Joo, D. K.; Kim, C. H.; Kim, K.; Park, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 474-480
5. Cai, D.; Mataraza, J. M.; Qin, Z. H.; Huang, Z. P.; Huang, J. Y.; Chiles, T. C.; Carnahan, D.; Kempa, K.; Ren, Z. F. Nat. Methods 2005, 2, 449-454
6. Tasis, D.; Tagmatarchis, N.; Bianco, A.; Prato, M. Chem. Rev. 2006, 106, 1105-1136
7. Kam, N. W. S.; Jessop, T. C.; Wender, P. A.; Dai, H. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6850-6851
8. Kam, N. W. S.; Liu, Z.; Dai, H. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12492-12493
9. Kam, N. W. S.; Dai, H. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6021-6026
10. Pantarotto, D.; Briand, J. P.; Prato, M.; Bianco, A. Chem. Commun. 2004, 16-17
11. Singh, R.; Pantarotto, D.; McCarthy, D.; Chaloin, O.; Hoebeke, J.; Partidos, C. D.; Briand, J. P.; Prato, M.; Bianco, A.; Kostarelos, K. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4388-4396
12. Johnson, R. R.; Johnson, A. T. C.; Klein, M. L. Nano Lett. 2008, 8, 69-75
13. Johnson, R. R.; Kohlmeyer, A.; Johnson, A. T. C.; Klein, M. L. Nano Lett. 2009, 9, 537-541
14. Johnson, R. R.; Johnson, A. T. C.; Klein, M. L. Small 2010, 6, 31-34
15. Rinaudo, M. Prog. Polym. Sci. 2006, 31, 603-632
16. Kumar, A.; Jena, P. K.; Behera, S.; Lockey, R. F.; Mohapatra, S. J. Biomed. Nanotechnol. 2005, 1, 392-396
17. Liu, Y.; Yu, Z. L.; Zhang, Y. M.; Guo, D. S.; Liu, Y. P. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10431-10439
18. Zhang, M. G.; Smith, A.; Gorski, W. Anal. Chem. 2004, 76, 5045-5050
19. Zhang, X. K.; Meng, L. J.; Lu, Q. H. ACS Nano 2009, 3, 3200-3206
20. Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9169-9183
21. Rodriguez-Gomez, D.; Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 3563-3578
22. Hénin, J.; Chipot, C. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2904-2914
23. Hénin, J.; Fiorin, G.; Chipot, C.; Klein, M. L. J. Chem. Theory Comput. 2009, 6, 35-47
24. Sikorski, P.; Hori, R.; Wada, M. Biomacromolecules 2009, 10, 1100-1105
25. Okuyama, K.; Noguchi, K.; Miyazawa, T.; Yui, T.; Ogawa, K. Macromolecules 1997, 30, 5849-5855
26. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
27. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
28. Kuttel, M.; Brady, J. W.; Naidoo, K. J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1236-1243
29. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
30. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
31. Andersen, H. C. J. Comput. Phys. 1983, 52, 24-34
32. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
33. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621
34. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
35. Liu, Y.; Liang, P.; Zhang, H.; Guo, D. Small 2006, 2, 874-878
36. Liu, Y. Z.; Chipot, C.; Shao, X. G.; Cai, W. S. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5783-5789
37. Kang, Y. K.; Lee, O. S.; Deria, P.; Kim, S. H.; Park, T. H.; Bonnell, D. A.; Saven, J. G.; Therien, M. J. Nano Lett. 2009, 9, 1414-1418
38. Franca, E. F.; Lins, R. D.; Freitas, L. C. G.; Straatsma, T. P. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 2141-2149