X-ray and neutron protein crystallographic analysis of the trypsin-BPTI complex

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 67, Issue 2, 2011, Pages 140-148

  Kawamura, Kenji ^a   Yamada, Taro ^a   Kurihara, Kazuo ^b   Tamada, Taro ^b   Kuroki, Ryota ^b   Tanaka, Ichiro ^a   Takahashi, Haruyuki ^a   Niimura, Nobuo ^a  

^a IBARAKI UNIVERSITY   (Japan)

^b JAPAN ATOMIC ENERGY AGENCY   (Japan)

Author keywords

trypsin BPTI complex; H D exchange; neutron crystallography; protonation states

Indexed keywords

APROTININ; SPLEEN PROTEASE INHIBITOR II; TRYPSIN; TRYPSIN INHIBITOR;

ARTICLE; BIOCATALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENZYME SPECIFICITY; HYDROGEN BOND; METABOLISM; NEUTRON DIFFRACTION; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

APROTININ; BIOCATALYSIS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; NEUTRON DIFFRACTION; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SUBSTRATE SPECIFICITY; TRYPSIN; TRYPSIN INHIBITORS;

BOVINAE;

EID: 79952175807     PISSN: 09074449     EISSN: 13990047     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0907444910053382     Document Type: Article

References (56)

1. Adams P. D., Mustyakimov M., Afonine P. V. & Langan P. (2009). Acta Cryst. D65 567-573.
2. Ardelt W. & Laskowski M. (1983). Acta Biochim. Pol. 30 115-126.
3. Ardelt W. & Laskowski M. (1985). Biochemistry 24 5313-5320.
4. Blakeley M. P. (2009). Crystallogr. Rev. 15 157-218.
5. Blakeley M. P., Langan P., Niimura N. & Podjarny A. (2008). Curr. Opin. Struct. Biol. 18 593-600.
6. Blow D. M., Wright C. S., Kukla D., Rühlmann A., Steigemann W. & Huber R. (1972). J. Mol. Biol. 69 137-144.
7. Bode W. & Huber R. (1992). Eur. J. Biochem. 204 433-451.
8. Bulaj G. & Goldenberg D. P. (2001). J. Mol. Biol. 313 639-656.
9. Collaborative Computational Project Number 4 (1994). Acta Cryst. D50 760-763.
10. Cotten M., Fu R. & Cross T. A. (1999). Biophys. J. 76 1179-1189.
11. Deisenhofer J. & Steigemann W. (1975). Acta Cryst. B31 238-250.
12. DeLano W. L. (2002). PyMOL. http://www.pymol.org.
13. Dufton M. J. (1985). Eur. J. Biochem. 153 647-654
14. Emsley P. & Cowtan K. (2004). Acta Cryst. D60 2126-2132.
15. Englander S. W., Sosnick T. R., Englander J. J. & Mayne L. (1996). Curr. Opin. Struct. Biol. 6 18-23.
16. Fasoli E., Ferrer A. & Barletta G. L. (2009). Biotechnol. Bioeng. 102 1025-1032.
17. Finkenstadt W. R. & Laskowski M. (1967). J. Biol. Chem. 242 771-773.
18. Fisher S. J. & Helliwell J. R. (2008). Acta Cryst. A64 359-367.
19. Fritz H. & Wunderer G. (1983). Arzneimittelforschung 33 479-494.
20. Garcia R. A., Pantazatos D. & Villarreal F. J. (2004). Assay Drug Dev. Technol. 2 81-91.
21. Greene L. J., Rigbi M. & Fackre D. S. (1966). J. Biol. Chem. 241 5610-5618.
22. Hamuro Y., Coales S. J., Southern M. R., Nemeth-Cawley J. F., Stranz D. D. & Griffin P. R. (2003). J. Biomol. Tech. 14 171-182.
23. Hanson W. M., Domek G. J., Horvath M. P. & Goldenberg D. P. (2007). J. Mol. Biol. 366 230-243.
24. Hedstrom L. (2002). Chem. Rev. 102 4501-4524.
25. Huber R. & Bode W. (1978). Acc. Chem. Res. 11 114-122.
26. Huber R., Kukla D., Bode W., Schwager P., Bartels K., Deisenhofer J. & Steigemann W. (1974). J. Mol. Biol. 89 73-101.
27. Huber R., Kukla D., Rühlmann A., Epp O. & Formanek H. (1970). Naturwissenschaften 57 389-392.
28. Iwai W., Yamada T., Kurihara K., Ohnishi Y., Kobayashi Y., Tanaka I., Takahashi H., Kuroki R., Tamada T. & Niimura N. (2009). Acta Cryst. D65 1042-1050.
29. Kaltashov I. A., Bobst C. E. & Abzalimov R. R. (2009). Anal. Chem. 81 7892-7899.
30. Kossiakoff A. A. (1984). Basic Life Sci. 27 281-304.
31. Krowarsch D., Zakrzewska M., Smalas A. O. & Otlewski J. (2005). Protein Pept. Lett. 12 403-407.
32. Kurihara K., Tanaka I., Refai Muslih,M., Ostermann A. & Niimura N. (2004). J. Synchrotron Rad. 11 68-71.
33. Laskowski M. & Qasim M. A. (2000). Biochim. Biophys. Acta 1477 324-337.
34. Laskowski M. Jr & Sealock R. W. (1971). The Enzymes Vol. 3 edited by P. D. Boyer pp. 375-473. New York: Academic Press.
35. Laskowski M. & Wu F. C. (1953). J. Biol. Chem. 204 797-805.
36. Li Z., Wan H., Shi Y. & Ouyang P. (2004). J. Chem. Inf. Comput. Sci. 44 1886-1890.
37. Liu W. H., Means G. E. & Feeney R. E. (1971). Biochim. Biophys. Acta 229 176-185.
38. Marquart M., Walter J., Deisenhofer J., Bode W. & Huber R. (1983). Acta Cryst. B39 480-490.
39. Niimura N. & Bau R. (2008). Acta Cryst. A64 12-22.
40. Otlewski J., Jaskó lski M., Buczek O., Cierpicki T., Czapinska H., Krowarsch D., Smalas A. O., Stachowiak D., Szpineta A. & Dadlez M. (2001). Acta Biochim. Pol. 48 419-428.
41. Otlewski J., Jelen F., Zakrzewska M. & Oleksy A. (2005). EMBO J. 24 1303-1310.
42. Otwinowski Z. & Minor W. (1997). Methods Enzymol. 276 307-326.
43. Pritchard L. & Dufton M. J. (1999). J. Mol. Biol. 285 1589-1607.
44. Radisky E. S. & Koshland D. E. (2002). Proc. Natl Acad. Sci. USA 99 10316-10321.
45. Rühlmann A., Kukla D., Schwager P., Bartels K. & Huber R. (1973). J. Mol. Biol. 77 417-436.
46. Schechter I. & Berger A. (1967). Biochem. Biophys. Res. Commun. 27 157-162.
47. Simon I., Tuchsen E. & Woodward C. (1984). Biochemistry 23 2064-2068.
48. Tamada T., Kinoshita T., Kurihara K., Adachi M., Ohhara T., Imai K., Kuroki R. & Tada T. (2009). J. Am. Chem. Soc. 131 11033-11040.
49. Vincent J. P. & Lazdunski M. (1972). Biochemistry 11 2967-2977.
50. Voet D., Voet J. G. & Pratt C. W. (1999). Fundamentals of Biochemistry. New York: John Wiley & Sons.
51. Wagner G. & Wüthrich K. (1982). J. Mol. Biol. 160 343-361.
52. Wales T. E. & Engen J. R. (2006). Mass Spectrom. Rev. 25 158-170.
53. Wlodawer A., Nachman J., Gilliland G. L., Gallagher W. & Woodward C. (1987). J. Mol. Biol. 198 469-480.
54. Wlodawer A., Walter J., Huber R. & Sjölin L. (1984). J. Mol. Biol. 180 301-329.
55. Yagi D., Yamada T., Kurihara K., Ohnishi Y., Yamashita M., Tamada T., Tanaka I., Kuroki R. & Niimura N. (2009). Acta Cryst. D65 892-899.
56. Zakharova E., Horvath M. P. & Goldenberg D. P. (2009). Proc. Natl Acad. Sci. USA 106 11034-11039.