The structure of a γ-modified peptide nucleic acid duplex

Molecular BioSystems

Volumn 6, Issue 9, 2010, Pages 1619-1629

  He, Wei ^a   Crawford, Matthew J ^a   Rapireddy, Srinivas ^a   Madrid, Marcela ^b   Gil, Roberto R ^a   Ly, Danith H ^a   Achim, Catalina ^a  

^a CARNEGIE MELLON UNIVERSITY   (United States)

^b PITTSBURGH SUPERCOMPUTING CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE NUCLEIC ACID;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; METHODOLOGY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDE NUCLEIC ACIDS;

EID: 79952015383     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c002254c     Document Type: Article

References (38)

1. P. E. Nielsen M. Egholm R. H. Berg O. Buchardt Science 1991 254 1497 1500
2. M. Egholm O. Buchardt L. Christensen C. Behrens S. M. Freier D. A. Driver R. H. Berg S. K. Kim B. Norden P. E. Nielsen Nature 1993 365 566 568
3. S. C. Brown S. A. Thomson J. M. Veal D. G. Davis Science 1994 265 777
4. P. E. Nielsen Acc. Chem. Res. 1999 32 624 630
5. M. Eriksson P. E. Nielsen Nat. Struct. Biol. 1996 3 410 413
6. A. J. Tackett D. R. Corey K. D. Raney Nucleic Acids Res. 2002 30 950 957
7. B. S. Balaji F. Gallazzi F. Jia M. R. Lewis Bioconjugate Chem. 2006 17 551 558
8. A. Dragulescu-Andrasi S. Rapireddy B. M. Frezza C. Gayathri R. R. Gil D. H. Ly J. Am. Chem. Soc. 2006 128 10258 10267
9. K. L. Dueholm K. H. Petersen D. K. Jensen M. Egholm P. E. Nielsen O. Buchardt Bioorg. Med. Chem. Lett. 1994 4 1077 1080
10. C. Dose O. Seitz Org. Lett. 2005 7 4365 4368
11. E. A. Englund D. H. Appella Org. Lett. 2005 7 3465 3467
12. T. Tedeschi S. Sforza R. Corradini R. Marchelli Tetrahedron Lett. 2005 46 8395 8399
13. E. A. Englund D. H. Appella Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 1414 1418
14. G. He S. Rapireddy R. Bahal B. Sahu D. H. Ly J. Am. Chem. Soc. 2009 131 12088 12090
15. W. He E. Hatcher A. Balaeff D. N. Beratan R. R. Gil M. Madrid C. Achim J. Am. Chem. Soc. 2008 130 13264 13273
16. B. Petersson B. B. Nielsen H. Rasmussen I. K. Larsen M. Gajhede P. E. Nielsen J. S. Kastrup J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1424 1430
17. H. Rasmussen J. S. Kastrup J. N. Nielsen J. M. Nielsen P. E. Nielsen Nat. Struct. Biol. 1997 4 98 101
18. H. Rasmussen T. Liljefors B. Petersson P. E. Nielsen J. S. Kastrup J. Biomol. Struct. Dyn. 2004 21 495 502
19. S. Sen L. Nilsson J. Am. Chem. Soc. 1998 120 619 631
20. D. A. Case, T. A. Darden, I. T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, M. C. Ross, C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossváry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, C. Sagui, D. H. Mathews, M. G. Seetin, V. Babin and P. A. Kollman, AMBER 10, University of California, San Francisco, 2008
21. Gaussian 03, Revision E.01, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gromperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salavdor, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004
22. V. Menchise G. De Simone T. Tedeschi R. Corradini S. Sforza R. Marchelli D. Capasso M. Saviano C. Pedone Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12021 12026
23. L. Betts J. A. Josey J. M. Veal S. R. Jordan Science 1995 270 1838 1841
24. S. Sen L. Nilsson J. Am. Chem. Soc. 2001 123 7414 7422
25. R. Soliva C. A. Laughton F. J. Luque M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 1998 120 11226 11233
26. G. Haaima A. Lohse O. Buchardt P. E. Nielsen Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1996 35 1939 1941
27. A. B. Eldrup B. B. Nielsen G. Haaima H. Rasmussen J. S. Kastrup C. Christensen P. E. Nielsen Eur. J. Org. Chem. 2001 1781 1790
28. Nucleic Acids in Chemistry and Biology, ed., G. M. Blackburn, and, M. J. Gait, 2nd edn, Oxford University Press, Oxford, UK, 1996
29. S. Rapireddy and D. H. Ly, manuscript in preparation
30. L. Christensen R. Fitzpatrick B. Gildea K. H. Petersen H. F. Hansen T. Koch M. Egholm O. Buchardt P. E. Nielsen J. Pept. Sci. 1995 1 175 183
31. Peptide Nucleic Acids: Protocols and Applications, ed., P. E. Nielsen, 2nd edn, Horizon Bioscience, Wymondham, UK, 2004
32. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz Jr. D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
33. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 65 712 725
34. R. Lavery and H. Sklenar, Curves 5.1, Computer Program, Institut de Biologie Physico-Chimique: CNRS, 1996
35. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242
36. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
37. J. Eargle D. Wright Z. Luthey-Schulten Bioinformatics 2005 22 504 506
38. J. Stone, An Efficient Library for Parallel Ray Tracing and Animation, in Computer Science Department, University of Missouri-Rolla, 1998