Nuclear proteomic changes linked to soybean rust resistance

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 3, 2011, Pages 773-783

  Cooper, Bret ^a   Campbell, Kimberly B ^a   Feng, Jian ^b   Garrett, Wesley M ^a   Frederick, Reid ^a  

^a AGRICULTURAL RESEARCH SERVICE   (United States)

^b NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEAR PROTEIN; PROTEOME; VEGETABLE PROTEIN;

ARTICLE; GENETICS; INNATE IMMUNITY; METABOLISM; MICROBIOLOGY; PLANT DISEASE; PROTEOMICS; SOYBEAN;

IMMUNITY, INNATE; NUCLEAR PROTEINS; PLANT DISEASES; PLANT PROTEINS; PROTEOME; PROTEOMICS; SOYBEANS;

FUNGI; GLYCINE MAX; PHAKOPSORA PACHYRHIZI;

EID: 79951601718     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0mb00171f     Document Type: Article

References (82)

1. R. W. Schneider C. A. Hollier H. K. Whitham M. E. Palm J. M. McKemy J. R. Hernandez L. Levy R. DeVries-Patterson Plant Dis. 2005 89 774
2. D. L. Hyten R. L. Hartman R. D. Nelson R. D. Frederick J. M. Concibido J. M. Narvel P. B. Cregan Crop Sci. 2007 47 837 838
3. J. D. Meyer D. C. Silva C. Yang K. F. Pedley C. Zhang M. van de Mortel J. H. Hill R. C. Shoemaker R. V. Abdelnoor S. A. Whitham M. A. Graham Plant Physiol. 2009 150 295 307
4. M. van de Mortel J. C. Recknor M. A. Graham D. Nettleton J. D. Dittman R. T. Nelson C. V. Godoy R. V. Abdelnoor A. M. Almeida T. J. Baum S. A. Whitham Mol. Plant-Microbe Interact. 2007 20 887 899
5. E. Hartwig K. R. Bromfield Crop Sci. 1983 23 237 239
6. A. Garcia E. S. Calvo R. A. de Souza Kiihl A. Harada D. M. Hiromoto L. G. Vieira Theor. Appl. Genet. 2008 117 545 553
7. E. S. Calvo R. A. S. Kiihl A. Garcia A. Harada D. M. Hiromoto Crop Sci. 2008 48 1350 1354
8. N. Chakraborty J. Curley R. D. Frederick D. L. Hyten R. T. Nelson G. L. Hartman B. W. Diers Crop Sci. 2009 49 783 790
9. T. A. Pham M. R. Miles R. D. Frederick C. B. Hill G. L. Hartman Plant Dis. 2009 93 224 228
10. A. M. Catanzariti P. N. Dodds G. J. Lawrence M. A. Ayliffe J. G. Ellis Plant Cell 2006 18 243 256
11. R. Janjusevic R. B. Abramovitch G. B. Martin C. E. Stebbins Science 2006 311 222 226
12. K. Nomura S. Debroy Y. H. Lee N. Pumplin J. Jones S. Y. He Science 2006 313 220 223
13. Q. H. Shen Y. Saijo S. Mauch C. Biskup S. Bieri B. Keller H. Seki B. Ulker I. E. Somssich P. Schulze-Lefert Science 2007 315 1098 1103
14. S. T. Chisholm G. Coaker B. Day B. J. Staskawicz Cell 2006 124 803 814
15. M. H. Chi S. Y. Park S. Kim Y. H. Lee PLoS Pathog. 2009 5 e1000401
16. B. H. Kvitko D. H. Park A. C. Velasquez C. F. Wei A. B. Russell G. B. Martin D. J. Schneider A. Collmer PLoS Pathog. 2009 5 e1000388
17. H. H. Flor Annu. Rev. Phytopathol. 1971 9 275 296
18. P. N. Dodds G. J. Lawrence A. M. Catanzariti T. Teh C. I. Wang M. A. Ayliffe B. Kobe J. G. Ellis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 8888 8893
19. J. D. Jones J. L. Dangl Nature 2006 444 323 329
20. R. Tenhaken A. Levine L. F. Brisson R. A. Dixon C. Lamb Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 4158 4163
21. P. Bednarek M. Pislewska-Bednarek A. Svatos B. Schneider J. Doubsky M. Mansurova M. Humphry C. Consonni R. Panstruga A. Sanchez-Vallet A. Molina P. Schulze-Lefert Science 2009 323 101 106
22. K. F. Pedley G. B. Martin J. Biol. Chem. 2004 279 49229 49235
23. T. Asai G. Tena J. Plotnikova M. R. Willmann W. L. Chiu L. Gomez-Gomez T. Boller F. M. Ausubel J. Sheen Nature 2002 415 977 983
24. T. Romeis P. Piedras S. Zhang D. F. Klessig H. Hirt J. D. Jones Plant Cell 1999 11 273 287
25. M. de Torres P. Sanchez I. Fernandez-Delmond M. Grant Plant J. 2003 33 665 676
26. Y. Tao Z. Xie W. Chen J. Glazebrook H. S. Chang B. Han T. Zhu G. Zou F. Katagiri Plant Cell 2003 15 317 330
27. R. Thilmony W. Underwood S. Y. He Plant J. 2006 46 34 53
28. L. C. van Loon M. Rep C. M. J. Pieterse Annu. Rev. Phytopathol. 2006 44 135 162
29. M. J. Austin P. Muskett K. Kahn B. J. Feys J. D. Jones J. E. Parker Science 2002 295 2077 2080
30. J. Glazebrook Annu. Rev. Phytopathol. 2005 43 205 227
31. H. W. Jung T. J. Tschaplinski L. Wang J. Glazebrook J. T. Greenberg Science 2009 324 89 91
32. N. K. Clay A. M. Adio C. Denoux G. Jander F. M. Ausubel Science 2009 323 95 101
33. S. Thibivilliers T. Joshi K. B. Campbell B. Scheffler D. Xu B. Cooper H. T. Nguyen G. Stacey BMC Plant Biol. 2009 9 46
34. J. Lee J. Feng K. B. Campbell B. E. Scheffler W. M. Garrett S. Thibivilliers G. Stacey D. Q. Naiman M. L. Tucker M. A. Pastor-Corrales B. Cooper Mol. Cell. Proteomics 2009 8 19 31
35. K. R. Bromfield E. E. Hartwig Crop Sci. 1980 20 254 255
36. R. J. McLean Aust. J. Agric. Res. 1979 30 77 84
37. R. C. Staples Trends Plant Sci. 2001 6 496 498
38. L. J. Szabo W. R. Bushnell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 7654 7655
39. S. A. Beausoleil M. Jedrychowski D. Schwartz J. E. Elias J. Villen J. Li M. A. Cohn L. C. Cantley S. P. Gygi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 12130 12135
40. A. Makarov E. Denisov A. Kholomeev W. Balschun O. Lange K. Strupat S. Horning Anal. Chem. 2006 78 2113 2120
41. A. M. Palumbo G. E. Reid Anal. Chem. 2008 80 9735 9747
42. T. S. Nuhse A. Stensballe O. N. Jensen S. C. Peck Plant Cell 2004 16 2394 2405
43. P. A. Grimsrud D. den Os C. D. Wenger D. L. Swaney D. Schwartz M. R. Sussman J. M. Ane J. J. Coon Plant Physiol. 2010 152 19 28
44. B. Cooper D. Eckert N. L. Andon J. R. Yates P. A. Haynes J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003 14 736 741
45. A. L. Mosley L. Florens Z. Wen M. P. Washburn J. Proteomics 2009 72 110 120
46. Z. Wang M. Libault T. Joshi B. Valliyodan H. T. Nguyen D. Xu G. Stacey J. Cheng BMC Plant Biol. 2010 10 14
47. W. Chen N. J. Provart J. Glazebrook F. Katagiri H. S. Chang T. Eulgem F. Mauch S. Luan G. Zou S. A. Whitham P. R. Budworth Y. Tao Z. Xie X. Chen S. Lam J. A. Kreps J. F. Harper A. Si-Ammour B. Mauch-Mani M. Heinlein K. Kobayashi T. Hohn J. L. Dangl X. Wang T. Zhu Plant Cell 2002 14 559 574
48. T. Eulgem P. J. Rushton S. Robatzek I. E. Somssich Trends Plant Sci. 2000 5 199 206
49. L. Deslandes J. Olivier N. Peeters D. X. Feng M. Khounlotham C. Boucher I. Somssich S. Genin Y. Marco Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 8024 8029
50. J. Jiang S. D. Clouse Plant J. 2001 26 35 45
51. D. Fu C. Uauy A. Distelfeld A. Blechl L. Epstein X. Chen H. Sela T. Fahima J. Dubcovsky Science 2009 323 1357 1360
52. S. Sawa K. Koizumi S. Naramoto T. Demura T. Ueda A. Nakano H. Fukuda Plant Physiol. 2005 138 819 826
53. N. C. Collins H. Thordal-Christensen V. Lipka S. Bau E. Kombrink J. L. Qiu R. Huckelhoven M. Stein A. Freialdenhoven S. C. Somerville P. Schulze-Lefert Nature 2003 425 973 977
54. V. Lipka J. Dittgen P. Bednarek R. Bhat M. Wiermer M. Stein J. Landtag W. Brandt S. Rosahl D. Scheel F. Llorente A. Molina J. Parker S. Somerville P. Schulze-Lefert Science 2005 310 1180 1183
55. F. Fei Y. Tan M. Zhou Oil Crops China 1996 18 48 50
56. S. P. Schrimpf M. Weiss L. Reiter C. H. Ahrens M. Jovanovic J. Malmstrom E. Brunner S. Mohanty M. J. Lercher P. E. Hunziker R. Aebersold C. von Mering M. O. Hengartner PLoS Biol. 2009 7 e48
57. H. Yoda M. Ogawa Y. Yamaguchi N. Koizumi T. Kusano H. Sano Mol. Genet. Genomics 2002 267 154 161
58. Y. Liu M. Schiff S. P. Dinesh-Kumar Plant J. 2004 38 800 809
59. J. L. Qiu B. K. Fiil K. Petersen H. B. Nielsen C. J. Botanga S. Thorgrimsen K. Palma M. C. Suarez-Rodriguez S. Sandbech-Clausen J. Lichota P. Brodersen K. D. Grasser O. Mattsson J. Glazebrook J. Mundy M. Petersen EMBO J. 2008 27 2214 2221
60. E. Andreasson T. Jenkins P. Brodersen S. Thorgrimsen N. H. Petersen S. Zhu J. L. Qiu P. Micheelsen A. Rocher M. Petersen M. A. Newman H. Bjorn Nielsen H. Hirt I. Somssich O. Mattsson J. Mundy EMBO J. 2005 24 2579 2589
61. J. S. Melching K. R. Bromfield C. H. Kingsolver Plant Dis. 1983 67 717 722
62. J. Lee W. M. Garrett B. Cooper J. Sep. Sci. 2007 30 2225 2230
63. T. T. Calikowski I. Meier Methods Mol. Biol. 2006 323 393 402
64. L. Florens M. P. Washburn Methods Mol. Biol. 2006 328 159 175
65. C. L. Gatlin G. R. Kleemann L. G. Hays A. J. Link J. R. Yates, 3rd Anal. Biochem. 1998 263 93 101
66. J. R. Yates, 3rd A. L. McCormack A. J. Link D. Schieltz J. Eng L. Hays Analyst 1996 121 65R 76R
67. M. P. Washburn D. Wolters J. R. Yates, 3rd Nat. Biotechnol. 2001 19 242 247
68. A. J. Link J. Eng D. M. Schieltz E. Carmack G. J. Mize D. R. Morris B. M. Garvik J. R. Yates, 3rd Nat. Biotechnol. 1999 17 676 682
69. J. V. Olsen L. M. de Godoy G. Li B. Macek P. Mortensen R. Pesch A. Makarov O. Lange S. Horning M. Mann Mol. Cell. Proteomics 2005 4 2010 2021
70. B. Cooper J. Feng W. M. Garrett J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010 21 1534 1546
71. H. Liu R. G. Sadygov J. R. Yates, 3rd Anal. Chem. 2004 76 4193 4201
72. D. N. Perkins D. J. Pappin D. M. Creasy J. S. Cottrell Electrophoresis 1999 20 3551 3567
73. J. Schmutz S. B. Cannon J. Schlueter J. Ma T. Mitros W. Nelson D. L. Hyten Q. Song J. J. Thelen J. Cheng D. Xu U. Hellsten G. D. May Y. Yu T. Sakurai T. Umezawa M. K. Bhattacharyya D. Sandhu B. Valliyodan E. Lindquist M. Peto D. Grant S. Shu D. Goodstein K. Barry M. Futrell-Griggs B. Abernathy J. Du Z. Tian L. Zhu N. Gill T. Joshi M. Libault A. Sethuraman X. C. Zhang K. Shinozaki H. T. Nguyen R. A. Wing P. Cregan J. Specht J. Grimwood D. Rokhsar G. Stacey R. C. Shoemaker S. A. Jackson Nature 2010 463 178 183
74. B. Cooper A. Neelam K. B. Campbell J. Lee G. Liu W. M. Garrett B. Scheffler M. L. Tucker Mol. Plant-Microbe Interact. 2007 20 857 866
75. D. P. Puthoff A. Neelam M. L. Ehrenfried B. E. Scheffler L. Ballard Q. Song K. B. Campbell B. Cooper M. L. Tucker Phytopathology 2008 98 1126 1135
76. J. Feng W. M. Garrett D. Q. Naiman B. Cooper J. Proteome Res. 2009 8 5396 5405
77. J. Feng D. Q. Naimain B. Cooper Anal. Chem. 2007 79 3901 3911
78. B. Zhang N. C. VerBerkmoes M. A. Langston E. Uberbacher R. L. Hettich N. F. Samatova J. Proteome Res. 2006 5 2909 2918
79. J. D. Storey R. Tibshirani Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 9440 9445
80. P. D. Thomas M. J. Campbell A. Kejariwal H. Mi B. Karlak R. Daverman K. Diemer A. Muruganujan A. Narechania Genome Res. 2003 13 2129 2141
81. M. Brameier A. Krings R. M. MacCallum Bioinformatics 2007 23 1159 1160
82. B. J. Frey D. Dueck Science 2007 315 972 976