SCOPUS 정보 검색 플랫폼

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 2, 2011, Pages 511-520

Reverse engineering of metabolic networks, a critical assessment

(5) Hendrickx, Diana M a,b,c Hendriks, Margriet M W B b,c Eilers, Paul H C d Smilde, Age K a,c Hoefsloot, Huub C J a,c

a UNIVERSITY OF AMSTERDAM (Netherlands)

b UNIVERSITY MEDICAL CENTER UTRECHT (Netherlands)

c Netherlands Metabolomics Centre (Netherlands)

d ERASMUS MEDICAL CENTER (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIMAL; ARTICLE; ESCHERICHIA COLI; FEASIBILITY STUDY; HUMAN; METABOLISM; METABOLOMICS; YEAST;

ANIMALS; ESCHERICHIA COLI; FEASIBILITY STUDIES; HUMANS; METABOLOMICS; YEASTS;

EID: 78751662180 PISSN: 1742206X EISSN: 17422051 Source Type: Journal
DOI: 10.1039/c0mb00083c Document Type: Article

Times cited : (25)

References (60)

1
- 33748475897
- R. Steuer Briefings Bioinf. 2006 7 151 158
- (2006) Briefings Bioinf. , vol.7 , pp. 151-158
- Steuer, R.¹

2
- 70249151450
- T. akìr M. M. W. B. Hendriks J. A. Westerhuis A. K. Smilde Metabolomics 2009 5 318 329
- (2009) Metabolomics , vol.5 , pp. 318-329
- Akìr, T.¹ Hendriks, M.M.W.B.² Westerhuis, J.A.³ Smilde, A.K.⁴

3
- 33748603444
- K. Hollywood D. R. Brison R. Goodacre Proteomics 2006 6 4716 4723
- (2006) Proteomics , vol.6 , pp. 4716-4723
- Hollywood, K.¹ Brison, D.R.² Goodacre, R.³

4
- 0036536994
- W. Weckwerth O. Fiehn Curr. Opin. Biotechnol. 2002 13 156 160
- (2002) Curr. Opin. Biotechnol. , vol.13 , pp. 156-160
- Weckwerth, W.¹ Fiehn, O.²

5
- 0000122278
- A. Arkin J. Ross J. Phys. Chem. 1995 99 970 979
- (1995) J. Phys. Chem. , vol.99 , pp. 970-979
- Arkin, A.¹ Ross, J.²

6
- 20344365760
- D. Camacho A. de la Fuente P. Mendes Metabolomics 2005 1 53 65
- (2005) Metabolomics , vol.1 , pp. 53-65
- Camacho, D.¹ De La Fuente, A.² Mendes, P.³

7
- 36148930302
- M. Muller-Linow W. Weckwerth M. T. Hutt BMC Syst. Biol. 2007 1 44
- (2007) BMC Syst. Biol. , vol.1 , pp. 44
- Muller-Linow, M.¹ Weckwerth, W.² Hutt, M.T.³

8
- 3142617691
- E. J. Crampin S. Schnell P. E. McSharry Prog. Biophys. Mol. Biol. 2004 86 77 112
- (2004) Prog. Biophys. Mol. Biol. , vol.86 , pp. 77-112
- Crampin, E.J.¹ Schnell, S.² McSharry, P.E.³

9
- 4444279167
- S. R. Eddy Nat. Biotechnol. 2004 22 1177 1178
- (2004) Nat. Biotechnol. , vol.22 , pp. 1177-1178
- Eddy, S.R.¹

10
- 0030848624
- A. Arkin P. D. Shen J. Ross Science 1997 277 1275 1279
- (1997) Science , vol.277 , pp. 1275-1279
- Arkin, A.¹ Shen, P.D.² Ross, J.³

11
- 0041744850
- M. Samoilov A. Arkin J. Ross Chaos 2001 11 108 114
- (2001) Chaos , vol.11 , pp. 108-114
- Samoilov, M.¹ Arkin, A.² Ross, J.³

12
- 34547684426
- R. Steuer Phytochemistry 2007 68 2139 2151
- (2007) Phytochemistry , vol.68 , pp. 2139-2151
- Steuer, R.¹

13
- 0037197832
- W. Vance A. Arkin J. Ross Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 5816 5821
- (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.99 , pp. 5816-5821
- Vance, W.¹ Arkin, A.² Ross, J.³

14
- 58349085312
- H. Taymaz-Nikerel M. de Mey C. Ras A. ten Pierick R. M. Seifar J. C. Van Dam J. J. Heijnen W. M. Van Glilik Anal. Biochem. 2009 386 9 19
- (2009) Anal. Biochem. , vol.386 , pp. 9-19
- Taymaz-Nikerel, H.¹ De Mey, M.² Ras, C.³ Ten Pierick, A.⁴ Seifar, R.M.⁵ Van Dam, J.C.⁶ Heijnen, J.J.⁷ Van Glilik, W.M.⁸

15
- 0037146827
- S. Buziol I. Bashir A. Baumeister W. Claassen N. Noisommit-Rizzi W. Mailinger M. Reuss Biotechnol. Bioeng. 2002 80 632 636
- (2002) Biotechnol. Bioeng. , vol.80 , pp. 632-636
- Buziol, S.¹ Bashir, I.² Baumeister, A.³ Claassen, W.⁴ Noisommit-Rizzi, N.⁵ Mailinger, W.⁶ Reuss, M.⁷

16
- 0026715777
- W. de Koning K. van Dam Anal. Biochem. 1992 204 118 123
- (1992) Anal. Biochem. , vol.204 , pp. 118-123
- De Koning, W.¹ Van Dam, K.²

17
- 0035923330
- H. C. Lange M. Eman G. van Zuijlen D. Visser J. C. van Dam J. Frank M. J. T. de Mattos J. J. Heijnen Biotechnol. Bioeng. 2001 75 406 415
- (2001) Biotechnol. Bioeng. , vol.75 , pp. 406-415
- Lange, H.C.¹ Eman, M.² Van Zuijlen, G.³ Visser, D.⁴ Van Dam, J.C.⁵ Frank, J.⁶ De Mattos, M.J.T.⁷ Heijnen, J.J.⁸

18
- 33750070372
- J. Schaub C. Schiesling M. Reuss M. Dauner Biotechnol. Prog. 2006 22 1434 1442
- (2006) Biotechnol. Prog. , vol.22 , pp. 1434-1442
- Schaub, J.¹ Schiesling, C.² Reuss, M.³ Dauner, M.⁴

19
- 0033562562
- U. Schaefer W. Boos R. Takors D. Weuster-Botz Anal. Biochem. 1999 270 88 96
- (1999) Anal. Biochem. , vol.270 , pp. 88-96
- Schaefer, U.¹ Boos, W.² Takors, R.³ Weuster-Botz, D.⁴

20
- 77950629593
- W. M. van Gulik Curr. Opin. Biotechnol. 2010 21 27 34
- (2010) Curr. Opin. Biotechnol. , vol.21 , pp. 27-34
- Van Gulik, W.M.¹

21
- 28844432005
- P. Mendes D. Camacho A. de la Fuente Biochem. Soc. Trans. 2005 33 1427 1429
- (2005) Biochem. Soc. Trans. , vol.33 , pp. 1427-1429
- Mendes, P.¹ Camacho, D.² De La Fuente, A.³

22
- 33747061013
- R. Steuer T. Gross J. Selbig B. Blasius Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 11868 11873
- (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.103 , pp. 11868-11873
- Steuer, R.¹ Gross, T.² Selbig, J.³ Blasius, B.⁴

23
- 18444388867
- H. Schmidt K. H. Cho E. W. Jacobsen FEBS J. 2005 272 2141 2151
- (2005) FEBS J. , vol.272 , pp. 2141-2151
- Schmidt, H.¹ Cho, K.H.² Jacobsen, E.W.³

24
- 78751662792
- P. H. C. Eilers, Proceedings of the 24th International Workshop on Statistical Modelling, Ithaca 20-24 July, 2009, pp. 130-137
- (2009) Proceedings of the 24th International Workshop on Statistical Modelling, Ithaca 20-24 July , pp. 130-137
- Eilers, P.H.C.¹

25
- 77952707390
- M. Schmidt, Least Squares Optimization with L1-Norm Regularization, 2005, http://people.cs.ubc.ca/ ∼ schmidtm/Software/lasso.pdf
- (2005) Least Squares Optimization with L1-Norm Regularization
- Schmidt, M.¹

26
- 0036298294
- A. Buchholz J. Hurlebaus C. Wandrey R. Takors Biomol. Eng. 2002 19 5 15
- (2002) Biomol. Eng. , vol.19 , pp. 5-15
- Buchholz, A.¹ Hurlebaus, J.² Wandrey, C.³ Takors, R.⁴

27
- 33846303951
- M. R. Mashego W. M. Gulik J. J. Heijnen FEMS Yeast Res. 2007 7 48 66
- (2007) FEMS Yeast Res. , vol.7 , pp. 48-66
- Mashego, M.R.¹ Gulik, W.M.² Heijnen, J.J.³

28
- 0037144089
- D. Visser G. A. van Zuylen J. C. van Dam A. Oudshoorn M. R. Eman C. Ras W. M. van Gulik J. Frank G. W. K. van Dedem J. J. Heijnen Biotechnol. Bioeng. 2002 79 674 681
- (2002) Biotechnol. Bioeng. , vol.79 , pp. 674-681
- Visser, D.¹ Van Zuylen, G.A.² Van Dam, J.C.³ Oudshoorn, A.⁴ Eman, M.R.⁵ Ras, C.⁶ Van Gulik, W.M.⁷ Frank, J.⁸ Van Dedem, G.W.K.⁹ Heijnen, J.J.¹⁰

29
- 33745154879
- M. R. Mashego W. M. van Gulik J. L. Vinke D. Visser J. J. Heijnen Metab. Eng. 2006 8 370 383
- (2006) Metab. Eng. , vol.8 , pp. 370-383
- Mashego, M.R.¹ Van Gulik, W.M.² Vinke, J.L.³ Visser, D.⁴ Heijnen, J.J.⁵

30
- 11144324238
- L. Wu M. R. Mashego J. C. van Dam A. M. Proell J. L. Vinke C. Ras W. A. van Winden W. M. van Gulik J. J. Heijnen Anal. Biochem. 2005 336 164 171
- (2005) Anal. Biochem. , vol.336 , pp. 164-171
- Wu, L.¹ Mashego, M.R.² Van Dam, J.C.³ Proell, A.M.⁴ Vinke, J.L.⁵ Ras, C.⁶ Van Winden, W.A.⁷ Van Gulik, W.M.⁸ Heijnen, J.J.⁹

31
- 33846048300
- When transcriptome meets metabolome: Fast cellular responses of yeast to sudden relief of glucose limitation
- DOI 10.1038/msb4100083, PII MSB4100083
- M. T. A. P. Kresnowati W. A. van Winden M. J. H. Almering A. ten Pierick C. Ras T. A. Knijnenburg P. Daran-Lapujade J. T. Pronk J. J. Heijnen J. M. Daran Mol. Syst. Biol. 2006 10.1038/msb4100083 (Pubitemid 46061059)
- (2006) Molecular Systems Biology , vol.2 , pp. 49
- Kresnowati, M.T.A.P.¹ Van Winden, W.A.² Almering, M.J.H.³ Ten Pierick, A.⁴ Ras, C.⁵ Knijnenburg, T.A.⁶ Daran-Lapujade, P.⁷ Pronk, J.T.⁸ Heijnen, J.J.⁹ Daran, J.M.¹⁰

32
- 0027380246
- U. Theobald W. Mailinger M. Reuss M. Rizzi Anal. Biochem. 1993 214 31 37
- (1993) Anal. Biochem. , vol.214 , pp. 31-37
- Theobald, U.¹ Mailinger, W.² Reuss, M.³ Rizzi, M.⁴

33
- 0343471961
- U. Theobald W. Mailinger M. Baltes M. Rizzi M. Reuss Biotechnol. Bioeng. 1997 55 305 316
- (1997) Biotechnol. Bioeng. , vol.55 , pp. 305-316
- Theobald, U.¹ Mailinger, W.² Baltes, M.³ Rizzi, M.⁴ Reuss, M.⁵

34
- 33144485880
- M. M. Koek B. Muilwijk M. J. van der Werf T. Hankemeier Anal. Chem. 2006 78 1272 1281
- (2006) Anal. Chem. , vol.78 , pp. 1272-1281
- Koek, M.M.¹ Muilwijk, B.² Van Der Werf, M.J.³ Hankemeier, T.⁴

35
- 70349910090
- C. M. Rubingh S. Bijlsma R. H. Jellema K. M. Overkamp M. J. van der Werf A. K. Smilde J. Proteome Res. 2009 8 4319 27
- (2009) J. Proteome Res. , vol.8 , pp. 4319-27
- Rubingh, C.M.¹ Bijlsma, S.² Jellema, R.H.³ Overkamp, K.M.⁴ Van Der Werf, M.J.⁵ Smilde, A.K.⁶

36
- 4444352969
- J. Boatright F. Negre X. L. Chen C. M. Kish B. Wood G. Peel I. Orlova D. Gang D. Rhodes N. Dudareva Plant Physiol. 2004 135 1993 2011
- (2004) Plant Physiol. , vol.135 , pp. 1993-2011
- Boatright, J.¹ Negre, F.² Chen, X.L.³ Kish, C.M.⁴ Wood, B.⁵ Peel, G.⁶ Orlova, I.⁷ Gang, D.⁸ Rhodes, D.⁹ Dudareva, N.¹⁰

37
- 33644853940
- R. G. Ratcliffe Y. Shachar-Hill Plant J. 2006 45 490 511
- (2006) Plant J. , vol.45 , pp. 490-511
- Ratcliffe, R.G.¹ Shachar-Hill, Y.²

38
- 0037369217
- S. Overeem S. W. Kok G. J. Lammers A. A. Vein M. Frolich A. E. Meinders F. Roelfsema H. Pijl Am. J. Physiol. Endocrinol. Metab. 2003 284 E641 7
- (2003) Am. J. Physiol. Endocrinol. Metab. , vol.284 , pp. 641-7
- Overeem, S.¹ Kok, S.W.² Lammers, G.J.³ Vein, A.A.⁴ Frolich, M.⁵ Meinders, A.E.⁶ Roelfsema, F.⁷ Pijl, H.⁸

39
- 0942298219
- D. M. Keenan J. D. Veldhuis Am J. Physiol. Regul. Integr. Comp. Physiol. 2004 286 R381 9
- (2004) Am J. Physiol. Regul. Integr. Comp. Physiol. , vol.286 , pp. 381-9
- Keenan, D.M.¹ Veldhuis, J.D.²

40
- 0036174090
- S. W. Kok A. E. Meinders S. Overeem G. J. Lammers F. Roelfsema M. Frolich H. Pijl J. Clin. Endocrinol. Metab. 2002 87 805 809
- (2002) J. Clin. Endocrinol. Metab. , vol.87 , pp. 805-809
- Kok, S.W.¹ Meinders, A.E.² Overeem, S.³ Lammers, G.J.⁴ Roelfsema, F.⁵ Frolich, M.⁶ Pijl, H.⁷

41
- 0036847109
- S. W. Kok F. Roelfsema S. Overeem G. J. Lammers R. L. Strijers M. Frolich A. E. Meinders H. Pijl J. Clin. Endocrinol. Metab. 2002 87 5085 91
- (2002) J. Clin. Endocrinol. Metab. , vol.87 , pp. 5085-91
- Kok, S.W.¹ Roelfsema, F.² Overeem, S.³ Lammers, G.J.⁴ Strijers, R.L.⁵ Frolich, M.⁶ Meinders, A.E.⁷ Pijl, H.⁸

42
- 4544224535
- S. W. Kok F. Roelfsema S. Overeem G. J. Lammers M. Frolich A. E. Meinders H. Pijl Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. 2004 287 E630 E636
- (2004) Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. , vol.287
- Kok, S.W.¹ Roelfsema, F.² Overeem, S.³ Lammers, G.J.⁴ Frolich, M.⁵ Meinders, A.E.⁶ Pijl, H.⁷

43
- 17444386664
- S. W. Kok F. Roelfsema S. Overeem G. J. Lammers M. Frolich A. E. Meinders H. Pijl Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. 2005 288 E892 9
- (2005) Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. , vol.288 , pp. 892-9
- Kok, S.W.¹ Roelfsema, F.² Overeem, S.³ Lammers, G.J.⁴ Frolich, M.⁵ Meinders, A.E.⁶ Pijl, H.⁷

44
- 5644268986
- I. R. Bederman A. E. Reszko T. Kasumov F. David D. H. Wasserman J. K. Kelleher H. Brunengraber J. Biol. Chem. 2004 279 43207 43216
- (2004) J. Biol. Chem. , vol.279 , pp. 43207-43216
- Bederman, I.R.¹ Reszko, A.E.² Kasumov, T.³ David, F.⁴ Wasserman, D.H.⁵ Kelleher, J.K.⁶ Brunengraber, H.⁷

45
- 33751169810
- P. Kok F. Roelfsema M. Frolich J. van Pelt M. P. Stokkel A. E. Meinders H. Pijl Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. 2006 291 E1038 43
- (2006) Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. , vol.291 , pp. 1038-43
- Kok, P.¹ Roelfsema, F.² Frolich, M.³ Van Pelt, J.⁴ Stokkel, M.P.⁵ Meinders, A.E.⁶ Pijl, H.⁷

46
- 33747744740
- P. Kok F. Roelfsema M. Frolich J. van Pelt A. E. Meinders H. Pijl J. Clin. Endocrinol. Metab. 2006 91 3236 40
- (2006) J. Clin. Endocrinol. Metab. , vol.91 , pp. 3236-40
- Kok, P.¹ Roelfsema, F.² Frolich, M.³ Van Pelt, J.⁴ Meinders, A.E.⁵ Pijl, H.⁶

47
- 30744460897
- S. Bijlsma L. Bobeldijk E. R. Verheij R. Ramaker S. Kochhar I. A. Macdonald B. van Ommen A. K. Smilde Anal. Chem. 2006 78 567 574
- (2006) Anal. Chem. , vol.78 , pp. 567-574
- Bijlsma, S.¹ Bobeldijk, L.² Verheij, E.R.³ Ramaker, R.⁴ Kochhar, S.⁵ MacDonald, I.A.⁶ Van Ommen, B.⁷ Smilde, A.K.⁸

48
- 43349086434
- J. Kim D. G. Bates I. Postlethwaite P. Heslop-Harrison K. H. Cho Bioinformatics 2008 24 1286 1292
- (2008) Bioinformatics , vol.24 , pp. 1286-1292
- Kim, J.¹ Bates, D.G.² Postlethwaite, I.³ Heslop-Harrison, P.⁴ Cho, K.H.⁵

49
- 0038281453
- R. Steuer J. Kurths O. Fiehn W. Weckwerth Bioinformatics 2003 19 1019 1026
- (2003) Bioinformatics , vol.19 , pp. 1019-1026
- Steuer, R.¹ Kurths, J.² Fiehn, O.³ Weckwerth, W.⁴

50
- 15944364151
- J. Schäfer K. Strimmer Bioinformatics 2005 21 754 764
- (2005) Bioinformatics , vol.21 , pp. 754-764
- Schäfer, J.¹ Strimmer, K.²

51
- 4544344218
- B. G. Olivier J. L. Snoep Bioinformatics 2004 20 2143 2144
- (2004) Bioinformatics , vol.20 , pp. 2143-2144
- Olivier, B.G.¹ Snoep, J.L.²

52
- 0003684449
- Springer-Verlag, New York, MATLAB®, Version 7.5.0, Copyright©, 1984-2007, The Mathworks Inc
- T. Hastie, R. Tibshirami and J. Friedman, The Elements of Statistical Learning. Data Mining, Inference and Prediction, Springer-Verlag, New York, 2001
- (2001) The Elements of Statistical Learning. Data Mining, Inference and Prediction
- Hastie, T.¹ Tibshirami, R.² Friedman, J.³

53
- 0033857139
- B. Teusink J. Passarge C. A. Reijenga E. Esgalhado C. C. van der Weijden M. Schepper M. C. Walsh B. M. Bakker K. van Dam H. V. Westerhoff J. L. Snoep Eur. J. Biochem. 2000 267 5313 5329
- (2000) Eur. J. Biochem. , vol.267 , pp. 5313-5329
- Teusink, B.¹ Passarge, J.² Reijenga, C.A.³ Esgalhado, E.⁴ Van Der Weijden, C.C.⁵ Schepper, M.⁶ Walsh, M.C.⁷ Bakker, B.M.⁸ Van Dam, K.⁹ Westerhoff, H.V.¹⁰ Snoep, J.L.¹¹

54
- 0037025146
- C. Chassagnole N. Noisommit-Rizzi J. W. Schmid K. Mauch M. Reuss Biotechnol. Bioeng. 2002 79 53 73
- (2002) Biotechnol. Bioeng. , vol.79 , pp. 53-73
- Chassagnole, C.¹ Noisommit-Rizzi, N.² Schmid, J.W.³ Mauch, K.⁴ Reuss, M.⁵

55
- 75449116704
- J. Srividhya M. A. Mourao E. J. Crampin S. Schnell Comput. Biol. Chem. 2010 34 11 18
- (2010) Comput. Biol. Chem. , vol.34 , pp. 11-18
- Srividhya, J.¹ Mourao, M.A.² Crampin, E.J.³ Schnell, S.⁴

56
- 63349102156
- E. Delgado-Eckert PLoS One 2009 4 e4939
- (2009) PLoS One , vol.4 , pp. 4939
- Delgado-Eckert, E.¹

57
- 58549108388
- A. M. Feist M. J. Herrgard I. Thiele J. L. Reed B. O. Palsson Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 129 143
- (2009) Nat. Rev. Microbiol. , vol.7 , pp. 129-143
- Feist, A.M.¹ Herrgard, M.J.² Thiele, I.³ Reed, J.L.⁴ Palsson, B.O.⁵

58
- 36148990678
- J. A. Westerhuis E. P. P. A. Derks H. C. J. Hoefsloot A. K. Smilde J. Chemom. 2007 21 474 485
- (2007) J. Chemom. , vol.21 , pp. 474-485
- Westerhuis, J.A.¹ Derks, E.P.P.A.² Hoefsloot, H.C.J.³ Smilde, A.K.⁴

59
- 68149164746
- H. Hache H. Lehrach R. Herwig EURASIP J. Bioinform. Syst. Biol. 2009 2009 617281
- (2009) EURASIP J. Bioinform. Syst. Biol. , vol.2009 , pp. 617281
- Hache, H.¹ Lehrach, H.² Herwig, R.³

60
- 41849150166
- A. Agrawal A. Mittal World Academy of Science, Engineering and Technology 2005 9 167 174
- (2005) World Academy of Science, Engineering and Technology , vol.9 , pp. 167-174
- Agrawal, A.¹ Mittal, A.²

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.