The binding of vitamin B12 to transcobalamin(II); Structural considerations for bioconjugate design - A molecular dynamics study

Molecular BioSystems

Volumn 6, Issue 9, 2010, Pages 1611-1618

  Allis, Damian G ^a   Fairchild, Timothy J ^b   Doyle, Robert P ^a  

^a SYRACUSE UNIVERSITY   (United States)

^b MURDOCH UNIVERSITY   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYANOCOBALAMIN; TRANSCOBALAMIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

HUMANS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; TRANSCOBALAMINS; VITAMIN B 12;

EID: 78650567196     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c003476b     Document Type: Article

References (30)

1. A. K. Petrus T. J. Fairchild R. P. Doyle Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 2
2. C. C. Smeltzer M. J. Cannon P. R. Pinson J. D. Munger, Jr. F. G. West C. B. Grissom Org. Lett. 2001 3 799
3. S. Kunze F. Zobi P. Kurz B. Spingler R. Alberto Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 5025
4. R. P. Doyle N. Viola-Villegas A. E. Rabideau J. Zubieta M. Bartholomä J. Med. Chem. 2009 52 5253
5. R. P. Doyle A. K. Petrus A. R. Vortherms T. J. Fairchild ChemMedChem 2007 2 1717
6. R. Mukherjee E. G. Donnay M. A. Radomski C. Miller D. A. Redfern A. Gericke D. S. Damron N. E. Brasch Chem. Commun. 2008 3783
7. G. J. Russell-Jones S. W. Westwood P. G. Farnworth J. K. Findlay H. G. Burger Bioconjugate Chem. 1995 6 34
8. F. S. Mathews M. M. Gordon Z. Chen K. R. Rajashankar S. E. Ealick D. H. Alpers N. Sukumar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 17311
9. J. Wuerges G. Garau S. Geremia S. N. Fedosov T. E. Petersen L. Randaccio Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 4386
10. P. M. Pathare D. S. Wilbur S. Heusser E. V. Quadros P. McLoughlin A. C. Morgan Bioconjugate Chem. 1996 7 217
11. H. M. Marques B. Ngoma T. J. Egan K. L. Brown J. Mol. Struct. 2001 561 71
12. H. M. Marques K. L. Brown Coord. Chem. Rev. 2002 225 123
13. K. L. Brown X. Zou H. M. Marques THEOCHEM 1998 453 209
14. C. Kandt Z. Xu D. P. Tieleman Biochemistry 2006 45 13284
15. J. Gumbart M. C. Wiener E. Tajkhorshid J. Mol. Biol. 2009 393 1129
16. A. K. Petrus D. G. Allis R. P. Smith T. J. Fairchild R. P. Doyle ChemMedChem 2009 4 297
17. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435
18. W. F. van Gunsteren, S. R. Billeter, A. A. Eising, P. H. Hünenberger, P. Krüger, A. E. Mark, W. R. P. Scott and I. G. Tironi, Biomolecular Simulation: The Gromos96 Manual and User Guide, Vdf Hochschulverlag AG, ETH Zürich, Groningen, 1996, p. 1044
19. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
20. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089
21. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
22. P. J. Stephens F. J. Devlin C. F. Chabalowski M. J. Frisch J. Phys. Chem. 1994 98 11623
23. W. J. Hehre R. Ditchfield J. A. Pople J. Chem. Phys. 1972 56 2257
24. M. J. Frisch et al., GAUSSIAN 03, Revision C.02, Gaussian Inc., Wallingford, CT (USA), 2004
25. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33
26. L. Randaccio S. Geremia J. Wuerges J. Organomet. Chem. 2007 692 1198
27. J. D. Bagnato A. L. Eilers R. A. Horton C. B. Grissom J. Org. Chem. 2004 69 8987
28. S. Mundwiler B. Spingler P. Kurz S. Kunze R. Alberto Chem.-Eur. J. 2005 11 4089
29. S. N. Fedosov N. U. Fedosova E. Nexø T. E. Petersen J. Biol. Chem. 2000 275 11791
30. S. N. Fedosov L. Berglund N. U. Fedosova E. Nexø T. E. Petersen J. Biol. Chem. 2002 277 9989