Water in the polar and nonpolar cavities of the protein interleukin-1β

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 49, 2010, Pages 16290-16297

  Yin, Hao ^a   Feng, Guogang ^a   Clore, G Marius ^b   Hummer, Gerhard ^b   Rasaiah, Jayendran C ^a  

^a University of Maine   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EXPERIMENTS; FUNCTIONAL GROUPS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; PROTEINS; RESONANCE; THERMODYNAMICS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

DRUG BINDING; FORCE FIELDS; HYDRATION EQUILIBRIA; INTERLEUKIN-1; METHYL GROUP; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NON-POLAR; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECTS; PARTITION FUNCTIONS; PROTEIN CAVITY; SIMULATION METHODS; SIMULATION STUDIES; SMALL SIZE; SURFACE WATER MOLECULES; WATER INTERACTIONS; WATER MODELS; WATER MOLECULE;

NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE;

EID: 78650161532     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp108731r     Document Type: Article

References (48)

1. Eriksson, A. E.; Baase, W. A.; Zhang, X. J.; Heinz, D. W.; Blaber, M.; Baldwin, E. P.; Matthews, B. W. Science 1992, 255, 178-183
2. Otting, G.; Wüthrich, K. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 1871-1875
3. Clore, G. M.; Bax, A.; Wingfield, P. T.; Gronenborn, A. M. Biochemistry 1990, 29, 5671-5676
4. Denisov, V. P.; Halle, B. Faraday Discuss. 1996, 103, 227-244
5. Otting, G.; Liepinsh, E.; Halle, B.; Frey, U. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 396-404
6. Matthews, B. W.; Liu, L. J. Protein Sci. 2009, 18, 494-502
7. García, A. E.; Hummer, G. Proteins Struct. Funct. Genet. 2000, 38, 261-272
8. Zhang, L.; Hermans, J. Proteins Struct. Funct. Genet. 1996, 24, 433-438
9. Roux, B.; Nina, M.; Pomès, R.; Smith, J. C. Biophys. J. 1996, 71, 670-681
10. Oprea, T. I.; Hummer, G.; García, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 2133-2138
11. Olano, L. R.; Rick, S. W. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7991-8000
12. Collins, M. D.; Hummer, G.; Quillin, M. L.; Matthews, B. W.; Gruner, S. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 16668-16671
13. Rasaiah, J. C.; Garde, S.; Hummer, G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2008, 59, 713-740
14. Finzel, B. C.; Clancy, L. L.; Holland, D. R.; Muchmore, S. W.; Watenpaugh, K. D.; Einspahr, H. M. J. Mol. Biol. 1989, 209, 779-791
15. Priestle, J. P.; Schar, H. P.; Grutter, M. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1989, 86, 9667-9671
16. Treharne, A. C.; Ohlendorf, D. H.; Weber, P. C.; Wendoloski, J. J.; Salemme, F. R. Prog. Clin. Biol. Res. 1990, 349, 309-319
17. Veerapandian, B.; Gilliland, G. L.; Raag, R.; Svensson, A. L.; Masui, Y.; Hirai, Y.; Poulos, T. L. Proteins Struct. Funct. Genet. 1992, 12, 10-23
18. Ernst, J. A.; Clubb, R. T.; Zhou, H. X.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1995, 267, 1813-1817
19. Yu, B.; Blaber, M.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M.; Caspar, D. L. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 103-108
20. Quillin, M. L.; Wingfield, P. T.; Matthews, B. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 19749-19753
21. Yin, H.; Hummer, G.; Rasaiah, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7369-7377
22. Somani, S.; Chng, C. P.; Verma, C. S. Proteins Struct. Funct. Bioinf. 2007, 67, 868-885
23. Oikawa, M.; Yonetani, Y. Biophys. J. 2010, 98, 2974-2983
24. Clore, G. M.; Wingfield, P. T.; Gronenborn, A. M. Biochemistry 1991, 30, 2315-2323
25. Levitt, M.; Park, B. H. Structure 1993, 1, 223-226
26. Yin, H. Computer Simulations of Water in Non-Polar Cavities and Proteins. Ph.D. Thesis, University of Maine, 2007.
27. Ernst, J. A.; Clubb, R. T.; Zhou, H. X.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. Science 1995, 270, 1848-1849
28. Vaitheeswaran, S.; Yin, H.; Rasaiah, J. C.; Hummer, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 17002-17005
29. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
30. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271
31. Bennett, C. H. J. Comput. Phys. 1976, 22, 245-268
32. Hummer, G.; Rasaiah, J. C.; Noworyta, J. P. Nature 2001, 414, 188-190
33. Petrone, P. M.; García, A. E. J. Mol. Biol. 2004, 338, 419-435
34. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
35. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G. M.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J. M.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
36. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
37. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
38. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
39. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
40. Peter, C.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. J. Biomol. NMR 2001, 20, 297-310
41. Vaitheeswaran, S.; Rasaiah, J. C.; Hummer, G. J. Chem. Phys. 2004, 121, 7955-7965
42. Matthews, B. W.; Morton, A. G.; Dahlquist, F. W. Science 1995, 270, 1847-1848
43. Stetefeld, J.; Jenny, M.; Schulthess, T.; Landwehr, R.; Engel, J.; Kammerer, R. A. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 772-776
44. Hummer, G.; Pratt, L. R.; García, A. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8523-8527
45. Dunitz, J. D. Science 1994, 264, 670-670
46. Collins, M. D.; Quillin, M. L.; Hummer, G.; Matthews, B. W.; Gruner, S. M. J. Mol. Biol. 2007, 367, 752-763
47. Shaanan, B.; Gronenborn, A. M.; Cohen, G. H.; Gilliland, G. L.; Veerapandian, B.; Davies, D. R.; Clore, G. M. Science 1992, 257, 961-964
48. Kuszewski, J.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2337-2338