Acoustic characterization of nanoswitch structures: Application to the DNA holliday junction

Nano Letters

Volumn 10, Issue 12, 2010, Pages 5093-5097

  Papadakis, George ^a   Tsortos, Achilleas ^a   Gizeli, Electra ^a,b  

^a INSTITUTE OF MOLECULAR BIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY   (Greece)

^b UNIVERSITY OF CRETE   (Greece)

Author keywords

Acoustic biosensor; conformational transition; intrinsic viscosity; nanomachines; QCM D; structural characterization

Indexed keywords

CONFORMATIONAL TRANSITIONS; INTRINSIC VISCOSITY; NANOMACHINES; QCM-D; STRUCTURAL CHARACTERIZATION;

ACOUSTIC DEVICES; VISCOSITY;

BIOSENSORS;

CRUCIFORM DNA; NANOMATERIAL;

ACOUSTICS; ARTICLE; CHEMISTRY; CONFORMATION; GENETIC PROCEDURES;

ACOUSTICS; BIOSENSING TECHNIQUES; DNA, CRUCIFORM; NANOSTRUCTURES; NUCLEIC ACID CONFORMATION;

EID: 78650085852     PISSN: 15306984     EISSN: 15306992     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/nl103491v     Document Type: Article

References (31)

1. Niemeyer, C. M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 609-618
2. Seeman, N. C. Mol. Biotechnol. 2007, 37, 246-257
3. Rothemund, P. W. K. Nature 2006, 440, 297-302
4. Andersen, E. S.; Dong, M.; Nielsen, M. M.; Jahn, K.; Subramani, R.; Mamdouh, W.; Golas, M. M.; Sander, B.; Stark, H.; Oliveira, C. L. P.; Pedersen, J. S.; Birkedal, V.; Besenbacher, F.; Gothelf, K. V.; Kjems, J. Nature 2009, 459, 73-77
5. Steinhauer, C.; Jungmann, R.; Sobey, T. L.; Simmel, F. C.; Tinnefeld, P. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 8870-8873
6. Seelig, G.; Soloveichik, D.; Zhang, D. Y.; Winfree, E. Science 2006, 314, 1585-1588
7. Kershner, R. J.; Bozano, L. D.; Micheel, C. M.; Hung, A. M.; Fornof, A. R.; Cha, J. N.; Rettner, C. T.; Bersani, M.; Frommer, J.; Rothemund, P. W. K.; Wallraff, G. M. Nat. Nanotechnol. 2009, 4, 557-561
8. Modi, S.; Swetha, M. G.; Goswami, D.; Gupta, G. D.; Mayor, S.; Krishnan, Y. Nat. Nanotechnol. 2009, 4, 325-330
9. Papadakis, G.; Tsortos, A.; Gizeli, E. Biosens. Bioelectron. 2009, 25, 702-707
10. Papadakis, G.; Tsortos, A.; Mitsakakis, K.; Gizeli, E. FEBS Lett. 2010, 584, 935-940
11. Tsortos, A.; Papadakis, G.; Mitsakakis, K.; Melzak, A. K.; Gizeli, E. Biophys. J. 2008, 94, 2706-2715
12. Tsortos, A.; Papadakis, G.; Gizeli, E. Biosens. Bioelectron. 2008, 24, 836-841
13. Bender, F.; Roach, P.; Tsortos, A.; Papadakis, G.; Newton, M. I.; McHale, G.; Gizeli, E. Meas. Sci. Technol. 2009, 20, 124011
14. Miick, S. M.; Fee, R. S.; Millar, D. P.; Chazin, W. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 9080-9084
15. Hadden, J. M.; Déclais, A.-C.; Carr, S. B.; Lilley, D. M. J.; Phillips, S. E. V. Nature 2007, 449, 621-625
16. Picksley, S. M.; Parsons, C. A.; Kernper, B.; West, S. C. J. Mol. Biol. 1990, 212, 723-735
17. Holliday, R. Genet. Res. 1964, 5, 282-304
18. Liu, Y.; West, S. C. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 937-946
19. Hays, F. A.; Jeffrey Watson, J.; Shing Ho, P. J. Biol. Chem. 2003, 278, 49663-49666
20. Buck, A. H.; Campbell, C. J.; Dickinson, P.; Mountford, C. P.; Stoquert, H. C.; Terry, J. G.; Evans, S. A. G.; Keane, L. M.; Su, T.-J.; Mount, A. R.; Walton, A. J.; Beattie, J. S.; Crain, J.; Ghazal, P. Anal. Chem. 2007, 79, 4724-4728
21. Ferapontova, E. E.; Mountford, C. P.; Crain, J.; Buck, A. H.; Dickinson, P.; Beattie, J. S.; Ghazal, P.; Terry, J. G.; Walton, A. J.; Mount, A. R. Biosens. Bioelectron. 2008, 24, 422-428
22. Mount, A. R.; Mountford, C. P.; Evans, S. A. G.; Su, T.-J.; Buck, A. H.; Dickinson, P.; Campbell, C. J.; Keane, L. M.; Terry, J. G.; Beattie, J. S.; Walton, A. J.; Ghazal, P.; Crain, J. Biophys. Chem. 2006, 124, 214-221
23. Yakubovskaya, M. G.; Neschastnova, A. A.; Humphrey, K. E.; Babon, J. J.; Popenko, V. I.; Smith, M. J.; Lambrinakos, A.; Lipatova, Z. V.; Dobrovolskaia, M. A.; Cappai, R.; Masters, C. L.; Belitsky, G. A.; Cotton, R. G. Eur. J. Biochem. 2001, 268, 7-14
24. Hsu, M.-T. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 7193-7199
25. Lee, S.; Cavallo, L.; Griffith, J. D. J. Biol. Chem. 1997, 272, 7532-7539
26. Compton, S. A.; Tolun, G.; Kamath-Loeb, A. S.; Loeb, L. A.; Griffith, J. D. J. Biol. Chem. 2008, 283, 24478-24483
27. Zheng, H.; Goldner, L. S.; Leuba, S. H. Methods 2007, 41, 342-352
28. Dickie, P.; McFadden, G.; Morgan, A. R. J. Biol. Chem. 1987, 262, 14826-14836
29. Muller, B.; Jones, C.; West, S. C. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 5633-5636
30. Buranachai, C.; McKinney, S. A.; Ha, T. Nano Lett. 2006, 6 (3) 496-500
31. McKinney, S. A.; Déclais, A.-C.; Lilley, D. M. J.; Ha, T. Nat. Struct. Biol. 2003, 10 (2) 93-97