Molecular dynamics simulations on the mechanism of transporting methylamine and ammonia by ammonium transporter AmtB

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 46, 2010, Pages 15172-15179

  Wang, Jinan ^a   Yang, Huaiyu ^a   Zuo, Zhili ^b   Yan, Xiuhua ^a   Wang, Yong ^a   Luo, Xiaomin ^a   Jiang, Hualiang ^a   Chen, Kaixian ^a   Zhu, Weiliang ^a,c  

^a SHANGHAI INSTITUTE OF MATERIA MEDICA   (China)

^b CURTIN UNIVERSITY   (Australia)

^c EAST CHINA UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMMONIA; AMMONIUM COMPOUNDS; CYTOLOGY; DYNAMICS; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS;

AMMONIA MOLECULES; AMMONIUM TRANSPORTERS; AROMATIC RINGS; CELLULAR MEMBRANES; CONDUCTION MECHANISM; DRIVING FORCES; HYDROGEN BOND INTERACTION; HYDROGEN BOND NETWORKS; HYDROGEN BONDINGS; HYDROPHOBIC INTERACTIONS; IN-VITRO; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SIMULATION TIME;

SUBSTRATES;

EID: 78649619396     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp104508k     Document Type: Article

References (58)

1. Broach, J.; Neumann, C.; Kustu, S. J. Bacteriol. 1976, 128, 86-98
2. Javelle, A.; Severi, E.; Thornton, J.; Merrick, M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 8530-8538
3. Ninnemann, O.; Jauniaux, J. C.; Frommer, W. B. EMBO J. 1994, 13, 3464-3471
4. Marini, A. M.; Soussi-Boudekou, S.; Vissers, S.; Andre, B. Mol. Cell. Biol. 1997, 17, 4282-4293
5. Marini, A. M.; Vissers, S.; Urrestarazu, A.; Andre, B. EMBO J. 1994, 13, 3456-3463
6. Marini, A. M.; Urrestarazu, A.; Beauwens, R.; Andre, B. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 460-461
7. Andrade, S. L.; Einsle, O. Mol. Membr. Biol. 2007, 24, 357-365
8. Bakouh, N.; Benjelloun, F.; Cherif-Zahar, B.; Planelles, G. Transfus. Clin. Biol. 2006, 13, 139-146
9. Javelle, A.; Lupo, D.; Li, X. D.; Merrick, M.; Chami, M.; Ripoche, P.; Winkler, F. K. J. Struct. Biol. 2007, 158, 472-481
10. Ludewig, U. Transfus. Clin. Biol. 2006, 13, 111-116
11. Ludewig, U.; Neuhauser, B.; Dynowski, M. FEBS Lett. 2007, 581, 2301-2308
12. Planelles, G. Nephron Physiol. 2007, 105, 11-17
13. Winkler, F. K. Pflugers. Arch. 2006, 451, 701-707
14. Tremblay, P. L.; Hallenbeck, P. C. Mol. Microbiol. 2009, 71, 12-22
15. Drepper, T.; Gross, S.; Yakunin, A. F.; Hallenbeck, P. C.; Masepohl, B.; Klipp, W. Microbiology 2003, 149, 2203-2212
16. Javelle, A.; Merrick, M. Biochem. Soc. Trans. 2005, 33, 170-172
17. Khademi, S.; O'Connell, J.; Remis, J.; Robles-Colmenares, Y.; Miercke, L. J.; Stroud, R. M. Science 2004, 305, 1587-1594
18. Zheng, L.; Kostrewa, D.; Berneche, S.; Winkler, F. K.; Li, X. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17090-17095
19. Soupene, E.; Chu, T.; Corbin, R. W.; Hunt, D. F.; Kustu, S. J. Bacteriol. 2002, 184, 3396-3400
20. Soupene, E.; He, L.; Yan, D.; Kustu, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 7030-7034
21. Javelle, A.; Thomas, G.; Marini, A. M.; Kramer, R.; Merrick, M. Biochem. J. 2005, 390, 215-222
22. Javelle, A.; Lupo, D.; Ripoche, P.; Fulford, T.; Merrick, M.; Winkler, F. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 5040-5045
23. Fong, R. N.; Kim, K. S.; Yoshihara, C.; Inwood, W. B.; Kustu, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 18706-18711
24. Andrade, S. L.; Dickmanns, A.; Ficner, R.; Einsle, O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 14994-14999
25. Lupo, D.; Li, X. D.; Durand, A.; Tomizaki, T.; Cherif-Zahar, B.; Matassi, G.; Merrick, M.; Winkler, F. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 19303-19308
26. Lin, Y.; Cao, Z.; Mo, Y. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4922-4929
27. Yang, H.; Xu, Y.; Zhu, W.; Chen, K.; Jiang, H. Biophys. J. 2007, 92, 877-885
28. Lamoureux, G.; Klein, M. L.; Berneche, S. Biophys. J. 2007, 92, L82-84
29. Ishikita, H.; Knapp, E. W. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1210-1215
30. Cao, Z.; Mo, Y.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 6811-6815
31. Bostick, D. L.; Brooks, C. L., III. PLoS Comput. Biol. 2007, 3 0231-0246
32. Bostick, D. L.; Brooks, C. L., III. Biophys. J. 2007, 92, L103-105
33. Nygaard, T. P.; Rovira, C.; Peters, G. H.; Jensen, M. O. Biophys. J. 2006, 91, 4401-4412
34. Luzhkov, V. B.; Almlof, M.; Nervall, M.; Aqvist, J. Biochemistry 2006, 45, 10807-10814
35. Liu, Y.; Hu, X. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 1375-1381
36. Lin, Y.; Cao, Z.; Mo, Y. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10876-10884
37. Javelle, A.; Lupo, D.; Zheng, L.; Li, X. D.; Winkler, F. K.; Merrick, M. J. Biol. Chem. 2006, 281, 39492-19498
38. Van Der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
39. Lindahl., E.; Hess., B.; Spoel, D. v. d. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
40. Berendsen, H. J. C.; Vanderspoel, D.; Vandrunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
41. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013
42. Marrink, S. J.; Berger, O.; Tieleman, P.; Jahnig, F. Biophys. J. 1998, 74, 931-943
43. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J.; Sansom, M. S. Biophys. J. 1999, 76, 1757-1769
44. Tieleman, D. P.; Sansom, M. S.; Berendsen, H. J. Biophys. J. 1999, 76, 40-49
45. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361-373
46. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
47. Dardent, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
48. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
49. Wallace, A. C.; Laskowski, R. A.; Thornton, J. M. Protein Eng. 1995, 8, 127-134
50. McDonald, I. K.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1994, 238, 777-793
51. Conroy, M. J.; Durand, A.; Lupo, D.; Li, X. D.; Bullough, P. A.; Winkler, F. K.; Merrick, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1213-1218
52. Gruswitz, F.; O'Connell, J., 3rd; Stroud, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 42-47
53. Rodham, D. A.; Suzuki, S.; Suenram, R. D.; Lovas, F.; Dasgupta, S.; Goddard, W. A.; Blake, G. A. Nature 1993, 362, 735-737
54. Dougherty, D. A. Science 1996, 271, 163-168
55. Singh, N.; Min, S.; Kim, D.; Kim, K. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 515-529
56. Vaupel, S.; Brutschy, B.; Tarakeshwar, P.; Kims, K. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5416-5426
57. Mons, M.; Dimicoli, I.; Tardivel, B.; Piuzzi, F.; Brenner, V.; Millié, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 571-576
58. Zhu., W.; Tan., X.; Puah., C. M.; Gu., J.; Jiang., H.; Chen., K.; Felder., C. E.; Silman., I.; Sussman, J. L. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 9573-9580