Kinetic analysis of a naturally occurring bioremediation enzyme: Dehaloperoxidase-hemoglobin from Amphitrite ornata

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 43, 2010, Pages 13823-13829

  Huan, Ma ^a,b   Thompson, Matthew K ^a   Gaff, John ^a   Franzen, Stefan ^a,b  

^a NORTH CAROLINA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b ZHEJIANG UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOREMEDIATION; HEMOGLOBIN; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; SUBSTRATES;

DENSITY FUNCTION THEORY CALCULATIONS; DIFFUSION RATE CONSTANTS; ELEMENTARY STEPS; INITIAL RATE; KINETIC ANALYSIS; KINETIC DATA; MICHAELIS-MENTEN EQUATIONS; NATURALLY OCCURRING; PHENOMENOLOGICAL APPROACH; PHENOXY RADICALS; PING-PONG MECHANISM; SUBSTRATE OXIDATION; TEMPERATURE DEPENDENCE; TEMPERATURE INCREMENT; TWO-ELECTRON TRANSFER;

RATE CONSTANTS;

EID: 78549237806     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp1014516     Document Type: Article

References (42)

1. Thompson, M. K.; Davis, M. F.; de Sorrano, V.; Howes, B. D.; Smulevich, G.; Franzen, S. Biophys. J. 2010, 99, 1586-1595.
2. LaCount, M. W.; Zhang, E.; Chen, Y. P.; Han, K.; Whitton, M. M.; Lincoln, D. E.; Woodin, S. A.; Lebioda, L. J. Biol. Chem. 2000, 275, 18712.
3. Davis, M. F.; Bobay, B. G.; Franzen, S. Biochemistry 2010, 49, 1199.
4. de Serrano, V.; Chen, Z.; Davis, M. F.; Franzen, S. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2007, D63, 1094.
5. Chen, Z.; De Serrano, V.; Betts, L.; Franzen, S. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2009, 65, 34.
6. Nicoletti, F. P.; Thompson, M. K.; Howes, B. D.; Franzen, S.; Smulevich, G. Biochemistry 2010, 49, 1903.
7. Han, K.; Woodin, S. A.; Lincoln, D. E.; Fielman, K. T.; Ely, B. Mar. Biotechnol. 2001, 3, 287.
8. de Serrano, V.; D'Antonio, J.; Franzen, S.; Ghiladi, R. A. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2010, 66, 529.
9. D'Antonio, J.; D'Antonio, E. L.; Thompson, M. K.; Bowden, E. F.; Smirnova, T.; Franzen, S.; Ghiladi, R. A. Biochemistry 2010, 49, 6600.
10. Ator, M. A.; Montellano, O. D. J. Biol. Chem. 1987, 262, 1542.
11. Sharp, K. H.; Moody, P. C. E.; Brown, K. A.; Raven, E. L. Biochemistry 2004, 43, 8644.
12. Feducia, J.; Dumarieh, R.; Gilvey, L. B. G.; Smirnova, T.; Franzen, S.; Ghiladi, R. A. Biochemistry 2009, 48, 995.
13. Witting, P. K.; Mauk, A. G.; Lay, P. A. Biochemistry 2002, 41, 11495.
14. Hildebrand, D. P.; Lim, K. Y.; Rosell, F. I.; Twitchett, M. B.; Wan, L. G.; Mauk, A. G. J. Inorg. Biochem. 1998, 70, 11.
15. Wan, L. L.; Twitchett, M. B.; Eltis, L. D.; Mauk, A. G.; Smith, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 12825.
16. Matsui, T.; Ozaki, S.; Watanabe, Y. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9952.
17. Lardinois, O. M.; de Montellano, P. R. O. J. Biol. Chem. 2001, 276, 23186.
18. Tsaprailis, G.; English, A. M. J. Biol. Inorg. Chem. 2003, 8, 248.
19. Wright, P. J.; English, A. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8655.
20. Harvey, P. J.; Floris, R.; Lundell, T.; Palmer, J. M.; Schoemaker, H. E.; Wever, R. Biochem. Soc. Trans. 1992, 20, 345.
21. Yamada, K.; Shibuya, T.; Noda, M.; Uchiyama, N.; Kashiwada, A.; Matsuda, K.; Hirata, M. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2007, 71, 2503.
22. Dunford, H. B. Xenobiotica 1995, 25, 725.
23. Lincoln, D. E.; Fielman, K. T.; Marinelli, R. L.; Woodin, S. A. Biochem. Syst. Ecol. 2005, 33, 559.
24. Davidenko, T. I.; Oseychuk, O. V.; Sevastyanov, O. V.; Romanovskaya, I. I. Appl. Biochem. Microbiol. 2004, 40, 542.
25. Franzen, S.; Chaudhary, C.; Belyea, J.; Gilvey, L.; Davis, M. F.; Sit, T. L.; Lommel, S. A. Biochemistry 2006, 45, 9085.
26. Dunford, B. H. Heme Peroxidases; John Wiley and Sons: New York, 1999.
27. Belyea, J.; Gilvey, L. B.; Davis, M. F.; Godek, M.; Sit, T. L.; Lommel, S. A.; Franzen, S. Biochemistry 2005, 44, 15637.
28. Franzen, S.; Gilvey, L. B.; Belyea, J. L. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1774, 121.
29. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
30. Andzelm, J.; King-Smith, R. D.; Fitzgerald, G. Chem. Phys. Lett. 2001, 335, 321.
31. Baker, J.; Kessi, A.; Delley, B. J. Chem. Phys. 1996, 105, 192.
32. Delley, B. J. Chem. Phys. 1990, 92, 508.
33. Delley, B. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7756.
34. Weinert, M.; Davenport, J. W. Phys. Rev. B 1992, 45, 13709.
35. Andzelm, J.; Kolmel, C.; Klamt, A. J. Chem. Phys. 1995, 103, 9312.
36. Lente, G.; Espenson, J. H. Int. J. Chem. Kinet. 2004, 36, 449.
37. Dunford, H. B. J. Biol. Inorg. Chem. 2001, 6, 819.
38. Davis, M. F.; Gracz, H.; Vendeix, F. A. P.; de Serrano, V.; Somasundaram, A.; Decatur, S. M.; Franzen, S. Biochemistry 2009, 48, 2164.
39. Nienhaus, K.; Nickel, E.; Davis, M. F.; Franzen, S.; Nienhaus, G. U. Biochemistry 2008, 47, 12985.
40. Smirnova, T. I.; Weber, R. T.; Davis, M. F.; Franzen, S. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2128.
41. Khopde, S. M.; Priyadarsini, K. I. Biophys. Chem. 2000, 88, 103.
42. Folkes, L. K.; Candeias, L. P. FEBS Lett. 1997, 412, 305.