Distal histidine conformational flexibility in dehaloperoxidase from Amphitrite ornata

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 65, Issue 1, 2009, Pages 34-40

  Chen, Zuxu ^a   De Serrano, Vesna ^a   Betts, Laurie ^b   Franzen, Stefan ^a  

^a NORTH CAROLINA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF NORTH CAROLINA SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

Amphitrite ornata; Dehaloperoxidase; Heme proteins

Indexed keywords

4 IODOPHENOL; 4-IODOPHENOL; DHP I DEHALOPEROXIDASE; HEME OXYGENASE; HEMOGLOBIN; HISTIDINE; IODOBENZENE; PEROXIDASE; SOLVENT;

ANIMAL; ARTICLE; CHEMISTRY; CRYSTALLIZATION; ENZYMOLOGY; METABOLISM; POLYCHAETA; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

ANIMALS; CRYSTALLIZATION; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; HEME OXYGENASE (DECYCLIZING); HEMOGLOBINS; HISTIDINE; IODOBENZENES; PEROXIDASES; POLYCHAETA; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; SOLVENTS;

AMPHITRITE ORNATA; PHYSETERIDAE; POLYCHAETA; TEREBELLIDA;

EID: 58549116124     PISSN: 09074449     EISSN: 13990047     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0907444908036548     Document Type: Article

References (57)

1. Andersson, L. A., Renganathan, V., Loehr, T. M. & Gold, M. H. (1987). Biochemistry, 26, 2258-2263.
2. Badyal, S. K., Joyce, M. G., Sharp, K. H., Seward, H. E., Mewies, M., Basran, J., Macdonald, I. K., Moody, P. C. E. & Raven, E. L. (2006). J. Biol. Chem. 281, 24512-24520.
3. Belyea, J., Belyea, C. M., Lappi, S. & Franzen, S. (2006). Biochemistry, 45, 14275-14284.
4. Belyea, J., Gilvey, L. B., Davis, M. F., Godek, M., Sit, T. L., Lommel, S. A. & Franzen, S. (2005). Biochemistry, 44, 15637-15644.
5. Braunstein, D. P., Chu, K., Egeberg, K. D., Frauenfelder, H., Mourant, J. R., Nienhaus, G. U., Ormos, P., Sligar, S. G., Springer, B. A. & Young, R. D. (1993). Biophys. J. 65, 2447-2454.
6. Brucker, E. A., Olson, J. S. & Phillips, G. N. Jr (1996). J. Biol. Chem. 271, 25419-25422.
7. Brünger, A. T., Adams, P. D., Clore, G. M., DeLano, W. L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R. W., Jiang, J.-S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N. S., Read, R. J., Rice, L. M., Simonson, T. & Warren, G. L. (1998). Acta Cryst. D54, 905-921.
8. Cameron, A. D., Smerdon, S. J., Wilkinson, A. J., Habash, J., Helliwell, J. R., Li, T. & Olson, J. S. (1993). Biochemistry, 32, 13061-13070.
9. Cheek, J., Mandelman, D., Poulos, T. L. & Dawson, J. (1999). J. Biol. Inorg. Chem. 4, 64-72.
10. Chouchane, S., Lippai, I. & Magliozzo, R. S. (2000). Biochemistry, 39, 9975-9983.
11. Christian, J. F., Unno, M., Sage, J. T., Champion, P. M., Chien, E. & Sligar, S. G. (1997). Biochemistry, 36, 11198-11204.
12. Chu, K., Vojtchovsky, J., McMahor, B., Sweet, R., Berendzen, J. & Schlichting, I. (2000). Nature (London), 403, 921-923.
13. Collaborative Computational Project, Number 4 (1994). Acta Cryst. D50, 760-763.
14. Colon, W., Elove, G. A., Wakem, L. P., Sherman, F. & Roder, H. (1996). Biochemistry, 35, 5538-5549.
15. Davis, M. F., Gracz, H., Vendeix, F. A. P., Gilvey, L. B., Somasundaram, A., Decatur, S. M. & Franzen, S. (2008). In the press.
16. Della Longa, S., Arcovito, A., Benefatto, M., Congiu-Castellano, A., Girasole, M., Hazemann, J. L. & Lo Bosco, A. (2003). Biophys. J. 85, 549-558.
17. Elove, G. A., Bhuyan, A. K. & Roder, H. (1994). Biochemistry, 33, 6925-6935.
18. Emsley, P. & Cowtan, K. (2004). Acta Cryst. D60, 2126-2132.
19. Franzen, S., Gilvey, L. B. & Belyea, J. (2007). Biochim. Biophys. Acta, 1774, 121-130.
20. Franzen, S., Jasaitis, A., Belyea, J., Brewer, S. H., Casey, R., MacFarlane, A. W. IV, Stanley, R., Vos, M. H. & Martin, J.-L. (2006). J. Phys. Chem. B, 110, 14483-14493.
21. Franzen, S., Lambry, J.-C., Bohn, B., Poyart, C. & Martin, J.-L. (1994). Nature Struct. Biol. 1, 230-233.
22. Hartmann, H., Zinser, S., Komninos, P., Schneider, R. T., Nienhaus, G. U. & Parak, F. (1996). Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 7013-7016.
23. Hashimoto, S., Teraoka, J., Inubushi, T., Yonetani, T. & Kitagawa, T. (1986). J. Biol. Chem. 261, 11110-11118.
24. Hoffman, B. M., Spilburg, C. A. & Petering, D. H. (1972). Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 36, 343-348.
25. Kachalova, G. S., Popov, A. N. & Bartunik, H. D. (1999). Science, 284, 473-476.
26. Katz, D. S., White, S. P., Huang, W., Kumar, R. & Christianson, D. W. (1994). J. Mol. Biol. 244, 541-553.
27. Kuila, D., Tien, M., Fee, J. A. & Ondrias, M. R. (1985). Biochemistry, 24, 3394-3397.
28. Kunishima, N., Amada, F., Fukujama, K., Kawamoto, M., Maesunaga, T. & Matsubara, H. (1996). FEBS Lett. 378, 291-294.
29. LaCount, M. W., Zhang, E., Chen, Y. P., Han, K., Whitton, M. M., Loncoln, D. E., Woodin, S. A. & Lebioda, L. (2000). J. Biol. Chem. 275, 18712-18716.
30. Laskowski, R. A., MacArthur, M. W., Moss, D. S. & Thornton, J. M. (1993). J. Appl. Cryst. 26, 283-291.
31. Liu, X.-Z., Li, S.-L., Jing, H., Liang, Y.-H., Hua, Z.-Q. & Lu, G.-Y. (2001). Acta Cryst. D57, 775-783.
32. McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Storoni, L. C. & Read, R. J. (2005). Acta Cryst. D61, 458-464.
33. Morikis, D., Champion, P. M., Springer, B. A. & Sligar, S. G. (1989). Biochemistry, 28, 4791-4800.
34. Murshudov, G. N., Vagin, A. A. & Dodson, E. J. (1997). Acta Cryst. D53, 240-255.
35. Nardini, M., Tarricone, C., Rizzi, M., Lania, A., Desideri, A., De Danctie, G., Coletta, M., Petruzzeli, R., Ascenzi, P., Coda, A. & Bolognesi, M. (1995). J. Mol. Biol. 247, 459-465.
36. Nienhaus, K., Deng, P., Belyea, J., Franzen, S. & Nienhaus, G. U. (2006). J. Phys. Chem. B, 110, 13264-13276.
37. Nienhaus, K., Palladino, P. & Nienhaus, G. U. (2008). Biochemistry, 47, 935-948.
38. Otwinowski, Z. & Minor, W. (1997). Methods Enzymol. 276, 307-326.
39. Perutz, M. F. (1970). Nature (London), 228, 726-734.
40. Phillips, S. E. V. (1980). J. Mol. Biol. 142, 531-554.
41. Ropp, J. S. de, La Mar, G. N., Wariishi, H. & Gold, M. H. (1991). J. Biol. Chem. 266, 15001-15008.
42. Royer, W. E. Jr (1994). J. Mol. Biol. 235, 657-681.
43. Sage, J. T., Morikis, D. & Champion, P. M. (1991). Biochemistry, 30, 1227-1237.
44. Schlichting, I., Berendzen, J., Phillips, G. & Sweet, R. (1994). Nature (London), 137, 808-812.
45. Serrano, V. de, Chen, Z., Davis, M. F. & Franzen, S. (2007). Acta Cryst. D63, 1094-1101.
46. Smirnova, T. I., Weber, R. T., Davis, M. F. & Franzen, S. (2008). J. Am. Chem. Soc. 130, 2128-2129.
47. Takahashi, S., Yeh, S.-R., Das, T. K., Chan, C.-K., Gottfried, D. S. & Rousseau, D. L. (1997). Nature Struct. Biol. 4, 44-50.
48. Tian, W., Saga, J. & Champion, P. (1993). J. Mol. Biol. 233, 155-156.
49. Tian, W., Saga, J., Champion, P., Chien, E. & Sligar, S. (1996). Biochemistry, 35, 3487-3502.
50. Vojtechovsky, J., Chu, K., Berendzen, J., Sweet, R. M. & Schlichting, I. (1999). Biophys. J. 77, 2153-2174.
51. Wang, J., Mauro, M., Edwards, S. L., Oatley, S. J., Fishel, L. A., Ashford, V. A., Xuong, N.-H. & Kraut, J. (1990). Biochemistry, 29, 7160-7173.
52. Williams, P. A., Fülöp, V., Garman, E. F., Saunders, N. F. W., Ferguson, S. J. & Hajdu, J. (1997). Nature (London), 389, 406-412.
53. Yamazaki, I., Tamura, M. & Nakajima, R. (1981). Mol. Cell. Biochem. 40, 143-153.
54. Yang, F. & Phillips, G. N. (1996). J. Mol. Biol. 256, 762-774.
55. Yeh, S.-R., Takahashi, S., Fan, B. & Rousseau, D. L. (1997). Nature Struct. Biol. 4, 51-56.
56. Yonetani, T. & Anni, H. (1987). J. Biol. Chem. 262, 9547-9554.
57. Zhang, E., Chen, Y. P., Roach, M. P., Lincoln, D. E., Lovell, C. R., Woodin, S. A., Dawson, J. H. & Lebioda, L. (1996). Acta Cryst. D52, 1191-1193.