Predicting conserved essential genes in bacteria: In silico identification of putative drug targets

Molecular BioSystems

Volumn 6, Issue 12, 2010, Pages 2482-2489

  Duffield, Melanie ^a   Cooper, Ian ^a   McAlister, Erin ^a   Bayliss, Marc ^a   Ford, Donna ^a   Oyston, Petra ^a  

^a DEFENCE SCIENCE AND TECHNOLOGY LABORATORY   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIINFECTIVE AGENT; BACTERIAL PROTEIN;

ARTICLE; BACTERIAL COUNT; BACTERIAL GENE; BACTERIUM; BIOLOGY; CYTOLOGY; DRUG EFFECT; ESSENTIAL GENE; GENETICS; METABOLISM; METHODOLOGY; MUTATION; NUCLEOTIDE SEQUENCE; REPRODUCIBILITY;

ANTI-BACTERIAL AGENTS; BACTERIA; BACTERIAL PROTEINS; COLONY COUNT, MICROBIAL; COMPUTATIONAL BIOLOGY; CONSERVED SEQUENCE; GENES, BACTERIAL; GENES, ESSENTIAL; MUTATION; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

BACTERIA (MICROORGANISMS); YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS;

EID: 78149433133     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0mb00001a     Document Type: Article

References (54)

1. N. Kyrpides Bioinformatics 1999 15 773 774
2. F. Aguero B. Al-Lazikani M. Aslett M. Berriman F. S. Buckner R. K. Campbell S. Carmona I. M. Carruthers A. W. E. Chan F. Chen G. J. Crowther M. A. Doyle C. Hertz-Fowler A. L. Hopkins G. McAllister S. Nwaka J. P. Overington A. Pain G. V. Paolini U. Pieper S. A. Ralph A. Riechers D. S. Roos A. Sali D. Shanmugam T. Suzuki W. C. Van Voorhis C. L. M. J. Verlinde Nat. Rev. Drug Discovery 2008 7 900 907
3. B. Akerley E. Rubin V. Novick K. Amaya N. Judson J. Mekalanos Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 966 971
4. L. Gallagher E. Ramage M. Jacobs R. Kaul M. Brittnacher C. Manoil Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1009 1014
5. N. Salama B. Shepherd S. Falkow J. Bacteriol. 2004 186 7926 7935
6. C. Sassetti D. Boyd E. Rubin Mol. Microbiol. 2003 48 77 84
7. N. Liberati J. Urbach S. Miyata D. Lee E. Drenkard G. Wu J. Villanueva T. Wei F. Ausubel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 2833 2838
8. S. Gerdes M. Scholle W. Campbell G. Balazsi E. Ravasz M. Daugherty A. Somera N. Kyrpies M. Gelfand A. Bhattacharyya V. Kapatral M. D'Souza M. Baev Y. Gechkin F. Mseeh M. Fonstein R. Overbeek A.-L. Barabasi Z. Oltvai A. Osterman J. Bacteriol. 2003 185 5673 5684
9. J. Glass N. Assad-Garcia N. Alperovich S. Yooseph M. Lewis M. Maruf C. Hutchinson H. Smith J. Venter Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 425 460
10. C. French P. Lao A. Loraine B. Matthews H. Yu K. Dybvig Mol. Microbiol. 2008 69 67 76
11. G. Giaever A. M. Chu L. Ni C. Connelly L. Riles S. Veronneau S. Dow A. Lucau-Danila K. Anderson B. Andre A. P. Arkin A. Astromoff M. El Bakkoury R. Bangham R. Benito S. Brachat S. Campanaro M. Curtiss K. Davis A. Deutschbauer K. Entian P. Flaherty F. Foury D. Garfinkel M. Gerstein D. Gotte U. Guldener J. H. Hegemann S. Hempel Z. Herman D. F. Jaramillo D. E. Kelly S. L. Kelly P. Kotter D. LaBonte D. C. Lamb N. Lan H. Liang H. Liao L. Liu C. Luo M. Lussier R. Mao P. Menard S. Ooi J. L. Revuelta C. J. Roberts M. Rose P. Ross-Macdonald B. Scherens G. Schimmack B. Shafer D. D. Shoemaker S. Sookhai-Mahadeo R. K. Storms J. N. Strathern G. Valle M. Voet G. Volckaert C. Wang T. R. Ward J. Wilhelmy E. A. Winzeler Y. Yang G. Yen E. Youngman K. Yu H. Bussey J. D. Boeke M. Snyder P. Philippsen R. W. Davis M. Johnston Nature 2002 418 387 391
12. K. Kobayashi S. Ehrlich Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 4678 4683
13. T. Baba T. Ara M. Hasegawa Y. Takai Y. Okumura M. Baba K. Datsenko M. Tomita B. Wanner H. Mori Mol. Syst. Biol. 2006 2 8
14. V. de Berardinis D. Vallent V. M. Besnard A. Pinet C. Cruaud S. Samair G. Lechaplais C. Gyapay C. Richez M. Durot A. Kreimeyer F. Le Fevre Mol. Syst. Biol. 2008 4 174
15. R. H.-Y. Zhang C.-T. Zhang Nucleic Acids Res. 2004 32 D271 D272
16. R. Zhang Y. Lin Nucleic Acids Res. 2008 37 D455 D458
17. V. Sharma P. Gupta A. Dixit In Silico Biol. 2008 8 26
18. C.-E. Chong B.-S. Lim S. Nathan R. Mohamed In Silico Biol. 2006 6 341 346
19. A. Dutta S. Singh P. Ghosh R. Mukherjee S. Mitter P. Bandyopadhyay In Silico Biol. 2006 6 5
20. D. Barh A. Kumar In Silico Biol. 2009 9 19
21. K. Sakharkar M. Sakharkar V. Chow In Silico Biol. 2004 4 28
22. A. Holman P. Davis J. Foster C. Carlow S. Kumar BMC Microbiol. 2010 9 243
23. D. Barh A. Misra Bioinformation 2009 4 50 51
24. M. A. Doyle R. Gasser B. Woodcroft R. Hall S. A. Ralph BMC Genomics 2010 11 222
25. M.-L. Rosso S. Chauvaux R. Dessein C. Laurans L. Frangeul C. Lacroix A. Schiavo M.-A. Dillies J. Foulon J.-Y. Coppee C. Medigue E. Carneil M. Simonet M. Marceau BMC Microbiol. 2008 8 211
26. P. Chain E. Carneil F. Larimer J. Lamerdin P. Stoutland W. Regala A. Georgescu L. Vergez M. Land R. Brubaker J. Fowler J. Hinnebusch M. Marceau C. Medigue M. Simonet V. Chenal-Francisque B. Souza M. Elliott L. Hauser E. Garcia Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 13826 13831
27. C. Hutchinson S. Peterson S. Gill R. Cline O. White C. Fraser H. Smith J. Venter Science 2008 286 2165 2169
28. M. Bakheet A. Doig Bioinformatics 2009 25 451 457
29. S. Hunter R. Apweiler T. Attwood A. Bairoch A. Bateman D. Binns P. Bork U. Das L. Daugherty L. Duquenne R. Finn J. Gough D. Haft N. Hulo D. Kahn E. Kelly A. Laugraud I. Letunic D. Lonsdale R. Lopez M. Madera J. Maslen C. McAnulla J. McDowall J. Mistry A. Mitchell N. Mulder D. Natale C. Orengo A. Quinn J. Selengut C. Sigrist M. Thimma P. Thomas F. Valentin D. Wilson C. Wu C. Yeats Nucleic Acids Res. 2010 37 D211 D215
30. E. Koehn A. Kohen Arch. Biochem. Biophys 2010 493 1 96 102
31. R. Wehelie S. Eriksson G. Bolske L. Wang Vet. Microbiol. 2010 10.1016/j.vetmic.2010.03.029
32. A. Cersini A. Salvia M. Bernardini Infect. Immun. 1998 66 549 557
33. F. Yu G. Qi Y. Liu S. Gao B. Kan Mol. Biotechnol 2005 29 3 191 196
34. C. Hayes K. Keiler FEBS Lett. 2010 584 413 419
35. M. Thibonnier J.-M. Thiberge H. De Reuse PLoS One 2009 3 338140
36. N. Okan P. Mena J. Benach J. Bliska A. Karzai Infect. Immun. 2010 78 1284 1293
37. N. Okan J. Bliska A. Karzai PLoS Pathog. 2006 2 e6
38. S. Urgaonkar H. La Pierre I. Meir H. Lund D. RayChaudhuri J. Shaw Org. Lett. 2005 8 5609 5612
39. S. Brinster G. Lamberet B. Staels P. Trieu-Cuot A. Gruss C. Poyart Nature 2009 458 83 86
40. D. Henderson S. Payne Infect. Immun. 1994 62 5120 5125
41. M. Prentice, in Oxford Textbook of Medicine, ed., D. A. Warrell, T. M. Cox, and, J. D. Firth, Oxford University Press, Oxford, 5th edn, 2010, vol. 1, ch. 7.6.17, pp. 776-777
42. I. Chambaud R. Heilig S. Ferris V. Barbe D. Samson F. Galisson I. Moszer K. Dybvig H. Wroblewski A. Viari E. Rocha A. Blanchard Nucleic Acids Res. 2001 29 2145 2153
43. L. Csonka Microbiol. Rev. 1989 53 121 147
44. K. Knuth H. Niesalla C. Hueck T. Fuchs Mol. Microbiol. 2004 51 1729 1744
45. R. Forsyth R. Haselback K. Ohisen R. Yamamoto R. Xu Mol. Microbiol. 2002 43 1387 1400
46. J. Thanassi S. Hartman-Neumann T. Dougherty B. Dougherty M. Pucci Nucleic Acids Res. 2002 30 3152 3162
47. J.-H. Song K. Ko J.-Y. Lee J. Baek W. Oh H. Yoon J. Jeong J. Chun Mol. Cells 2005 19 365 374
48. N. Judson J. Mekalanos Nat. Biotechnol. 2000 18 740 745
49. D. Cameron J. Urbach J. J. Mekalanos Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 8735 8741
50. J. Heidelberg J. Eisen W. Nelson R. Clayton M. Gwinn R. Dodson D. Haft E. Hickey J. Petersom L. Umayam S. Gill K. Nelson T. Read H. Tettelin D. Richardson M. Ermolaeva J. Vamathevan S. Bass H. Qin I. Dragoi P. Sellers L. Mcdonald T. Utterback R. Fleischman W. Nierman O. White S. Salzberg H. Smith R. Colwell J. J. Mekalanos J. Venter C. Fraser Nature 2000 406 477 486
51. S. Altschul T. Madden A. Schaffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. Lipman Nucleic Acids Res. 1997 25 3389 3402
52. R. Rosqvist H. Wolf-Watz Microb. Pathog. 1986 1 229 240
53. C. Stubbens M. Duffield I. Cooper D. Ford J. Gans A. Karlyshev B. Lingard P. Oyston A. de Rochford J. Song B. Wren R. Titball M. Wolinsky BMC Genomics 2009 10 501
54. V. L. Taylor R. Titball P. Oyston Microbiology 2005 151 1919 1926