Polarized X-ray absorption near-edge structure spectroscopy of neuroglobin and myoglobin single crystals

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 41, 2010, Pages 13223-13231

  Arcovito, Alessandro ^a   Ardiccioni, Chiara ^b   Cianci, Michele ^c   D'Angelo, Paola ^b   Vallone, Beatrice ^b   Della Longa, Stefano ^d  

^a CATHOLIC UNIVERSITY   (Italy)

^b SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME   (Italy)

^c EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Germany)

^d UNIVERSITY OF L'AQUILA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION; ABSORPTION SPECTROSCOPY; CRYSTAL STRUCTURE; PORPHYRINS; PROTEINS; X RAY ABSORPTION; X RAY DIFFRACTION; X RAY DIFFRACTION ANALYSIS; X RAYS;

ALTERNATIVE METHODS; CRYSTAL CRACKING; FE K-EDGE; FULL MULTIPLE SCATTERING; HEME POCKETS; HIGH RESOLUTION X RAY DIFFRACTION; METALLO-PROTEINS; NEUROGLOBIN; PHOTOPRODUCTS; POLARIZED X-RAY; PROTEIN RELAXATION; RESIDUAL ENERGY; ROOM TEMPERATURE; SPERM WHALES; SYNCHROTRON BEAMLINES; X-RAY ABSORPTION NEAR-EDGE STRUCTURE; XANES; XRD;

SINGLE CRYSTALS;

EID: 77958026039     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp104395g     Document Type: Article

References (51)

1. Weigelt, J. Exp. Cell. Res. 2010, 316, 1332-1338
2. Cook, J. D.; Penner-Hahn, J. E.; Stemmler, T. L. Methods Cell Biol. 2008, 90, 199-216
3. Strange, R. W.; Feiters, M. C. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 609-16
4. Arcovito, A.; Bonamore, A.; Hazemann, J. L.; Boffi, A.; D'Angelo, P. Biophys. Chem. 2009, 147, 1-7
5. Arcovito, A.; Lamb, D. C.; Nienhaus, G. U.; Hazemann, J. L.; Benfatto, M.; Della Longa, S. Biophys. J. 2005, 88, 2954-64
6. D'Angelo, P.; Lucarelli, D.; della Longa, S.; Benfatto, M.; Hazemann, J. L.; Feis, A.; Smulevich, G.; Ilari, A.; Bonamore, A.; Boffi, A. Biophys. J. 2004, 86, 3882-92
7. Della Longa, S.; Arcovito, A.; Benfatto, M.; Congiu-Castellano, A.; Girasole, M.; Hazemann, J. L.; Lo Bosco, A. Biophys. J. 2003, 85, 549-58
8. Della Longa, S.; Arcovito, A.; Girasole, M.; Hazemann, J. L.; Benfatto, M. Phys. Rev. Lett. 2001, 87, 155501
9. Green, M. T.; Dawson, J. H.; Gray, H. B. Science 2004, 304, 1653-6
10. Brunori, M. Protein Sci. 2009, 19, 195-201
11. Burmester, T.; Weich, B.; Reinhardt, S.; Hankeln, T. Nature 2000, 407, 520-3
12. Sun, Y.; Jin, K.; Mao, X. O.; Zhu, Y.; Greenberg, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 15306-11
13. Yano, J.; Yachandra, V. K. Photosynth. Res. 2009, 102, 241-254.
14. Bricogne, G.; Capelli, S. C.; Evans, G.; Mitschler, A.; Pattison, P.; Roversi, P.; Schiltz, M. J. Appl. Crystallogr. 2004, 38, 168-72
15. Arcovito, A.; Benfatto, M.; Cianci, M.; Hasnain, S. S.; Nienhaus, K.; Nienhaus, G. U.; Savino, C.; Strange, R. W.; Vallone, B.; Della Longa, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 6211-6
16. Benfatto, M.; Della Longa, S. J. Synchrotron Radiat. 2001, 8, 1087-94
17. Cabaret, D.; Joly, Y.; Renevier, H.; Natoli, C. R. J. Synchrotron Radiat. 1999, 6, 258-60
18. Joly, Y. Phys. Rev. B 2001, 63, 125120-9
19. Ankudinov, A. L.; Ravel, B.; Rehr, J. J.; Conradson, S. D. Phys. Rev. B 1998, 58, 7565-76
20. D'Angelo, P.; Lapi, A.; Migliorati, V.; Arcovito, A.; Benfatto, M.; Roscioni, O. M.; Meyer-Klaucke, W.; Della-Longa, S. Inorg. Chem. 2008, 47, 9905-18
21. Benfatto, M.; D'Angelo, P.; Della Longa, S.; Pavel, N. V. Phys. Rev. B 2002, 65 (174205) 1-5
22. D'Angelo, P.; Benfatto, M.; Della Longa, S.; Pavel, N. V. Phys. Rev. B 2002, 66 (064209) 1-7
23. Hayakawa, K.; Hatada, K.; D'Angelo, P.; Della Longa, S.; Natoli, C. R.; Benfatto, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15618-23
24. Giorgetti, M.; Della Longa, S.; Benfatto, M. J. Phys.: Conf. Ser. 2009, 190 012145-1/6
25. Vallone, B.; Nienhaus, K.; Matthes, A.; Brunori, M.; Nienhaus, G. U. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17351-6
26. Vallone, B.; Nienhaus, K.; Brunori, M.; Nienhaus, G. U. Proteins 2004, 56, 85-92
27. Strange, R. W.; Hasnain, S. S. Combined Use of XAFS and Crystallography for Studying Protein-Ligand Interactions in Metalloproteins. In Protein-Ligand Interactions: Methods and Applications; Nienhaus, G. U., Ed.; Humana Press Inc.: Totowa, NJ, 2005; Vol. 305, pp 167-96.
28. Yano, J.; Kern, J.; Sauer, K.; Latimer, M. J.; Pushkar, Y.; Biesiadka, J.; Loll, B.; Saenger, W.; Messinger, J.; Zouni, A.; Yachandra, V. K. Science 2006, 314, 821-5
29. Cianci, M.; Antonyuk, S.; Bliss, N.; Bailey, M. W.; Buffey, S. G.; Cheung, K. C.; Clarke, J. A.; Derbyshire, G. E.; Ellis, M. J.; Enderby, M. J.; Grant, A. F.; Holbourn, M. P.; Laundy, D.; Nave, C.; Ryder, R.; Stephenson, P.; Helliwell, J. R.; Hasnain, S. S. J. Synchrotron Radiat. 2005, 12, 455-66
30. Arcovito, A.; Moschetti, T.; D'Angelo, P.; Mancini, G.; Vallone, B.; Brunori, M.; Della Longa, S. Arch. Biochem. Biophys. 2008, 475, 7-13
31. Proux, O.; Biquard, X.; Lahera, E.; Menthonnex, J. J.; Prat, A.; Ulrich, O.; Soldo, Y.; Trévisson, P.; Kapoujyan, G.; Perroux, G.; Taunier, P.; Grand, D.; Jeantet, P.; Deleglise, M.; Roux, J. P.; Hazemann, J. L. Phys. Scr. 2005, 115, 970-3
32. Della Longa, S.; Arcovito, A.; Vallone, B.; Castellano, A. C.; Kahn, R.; Vicat, J.; Soldo, Y.; Hazemann, J. L. J. Synchrotron Radiat. 1999, 6, 1138-47
33. Owen, R. L.; Rudino-Pinera, E.; Garman, E. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 4912-7
34. Filipponi, A.; Di Cicco, A. Phys. Rev. B: Condens. Matter 1995, 52, 15135-49
35. Filipponi, A.; Di Cicco, A.; Natoli, C. R. Phys. Rev. B: Condens. Matter 1995, 52, 15122-34
36. Hedin, L.; Lundqvist, B. I. J. Phys. C 1971, 4, 2064-75
37. Vojtechovsky, J.; Chu, K.; Berendzen, J.; Sweet, R. M.; Schlichting, I. Biophys. J. 1999, 77, 2153-74
38. Kachalova, G. S.; Popov, A. N.; Bartunik, H. D. Science 1999, 284, 473-6
39. Kim, K.; Fettinger, J.; Sessler, J. L.; Cyr, M.; Hugdahl, J.; Collman, J. P.; Ibers, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 403-5
40. Rovira, C.; Kunc, K.; Hutter, J.; Ballone, P.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8914-25
41. Tomita, A.; Sato, T.; Ichiyanagi, K.; Nozawa, S.; Ichikawa, H.; Chollet, M.; Kawai, F.; Park, S. Y.; Tsuduki, T.; Yamato, T.; Koshihara, S. Y.; Adachi, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 2612-6
42. Brucker, E. A.; Olson, J. S.; Ikeda-Saito, M.; Phillips, G. N., Jr. Proteins 1998, 30, 352-6
43. Copeland, D. M.; Soares, A. S.; West, A. H.; Richter-Addo, G. B. J. Inorg. Biochem. 2006, 100, 1413-25
44. Rich, A. M.; Ellis, P. J.; Tennant, L.; Wright, P. E.; Armstrong, R. S.; Lay, P. A. Biochemistry 1999, 38, 16491-9
45. Natoli, C. R.; Benfatto, M.; Della Longa, S.; Hatada, K. J. Synchrotron Radiat. 2003, 10, 26-42
46. Anselmi, M.; Brunori, M.; Vallone, B.; Di Nola, A. Biophys. J. 2007, 93, 434-41
47. Anselmi, M.; Brunori, M.; Vallone, B.; Di Nola, A. Biophys. J. 2008, 95, 4157-62
48. Chayen, N. E.; Saridakis, E. Nat. Methods 2008, 5, 147-53
49. Schlichting, I.; Berendzen, J.; Phillips, G. N. J.; Sweet, R. M. Nature 1994, 371, 808-12
50. Teng, T. Y.; Srajer, V.; Moffat, K. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 701-5
51. Cruickshank, D. W. J. Acta Crystallogr. D 1999, 55, 583-601