Temperature effects on donor-acceptor couplings in peptides. A combined quantum mechanics and molecular dynamics study

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 10, 2010, Pages 3241-3248

  Wallrapp, Frank H ^a   Voityuk, Alexander A ^b,c   Guallar, Victor ^a,c  

^a BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER   (Spain)

^b UNIVERSITY OF GIRONA   (Spain)

^c INSTITUCIÓ CATALANA DE RECERCA I ESTUDIS AVANÇATS ICREA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77957959690     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100363e     Document Type: Article

References (44)

1. Marcus, R. A.; Sutin, N. Biochim. Biophys. Acta 1985, 811, 265-322
2. Beratan, D. N.; Onuchic, J. N.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Science 1992, 258, 1740-1741
3. Gray, H. B.; Winkler, J. R. Annu. Rev. Biochem. 1996, 65, 537-561
4. Balzani, V.; Piotrowiak, P.; Rodgers, M. A. J.; Mattay, J.; Astruc, D.; Gray, H. B.; Fukuzumi, S.; Mallouk, T. E.; Haas, Y.; de Silva, A. P.; Gould, I. R. Electron Transfer in Chemistry; Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2001; Vols. I-V.
5. Newton, M. D. Chem. Rev. 1991, 91, 767-792
6. Ungar, L. W.; Newton, M. D.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7367-7382
7. Isied, S. S.; Ogawa, M. Y.; Wishart, J. F. Chem. Rev. 1992, 92, 381-394
8. Ogawa, M. Y.; Wishart, J. F.; Young, Z.; Miller, J. R.; Isied, S. S. J. Phys. Chem. 1993, 97, 11456-11463
9. Felts, A. K.; Pollard, W. T.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2929-2940
10. Wallrapp, F.; Voityuk, A.; Guallar, V. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3312-3320
11. Malak, R. A.; Gao, Z.; Wishart, J. F.; Isied, S. S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13888-13889
12. Kawatsu, T.; Kakitani, T.; Yamato, T. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11356-11366
13. Skourtis, S. S.; Balabin, I. A.; Kawatsu, T.; Beratan, D. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 3552-3557
14. Balabin, I. A.; Beratan, D. N.; Skourtis, S. S. Phys. Rev. Lett. 2008, 101, 158102-158104
15. Hoffman, B. M.; Ratner, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 6237-6243
16. Balabin, I. A.; Onuchic, J. Science 2000, 290, 114-117
17. Hartings, M. R.; Kurnikov, I. V.; Dunn, A. R.; Winkler, J. R.; Gray, H. B.; Ratner, M. A. Coord. Chem. Rev. 2010, 254, 248-253
18. Read, I.; Napper, A.; Kaplan, R.; Zimmt, M. B.; Waldeck, D. H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10976-10986
19. Davis, W. B.; Ratner, M. A.; Wasielewski, M. R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7877-7886
20. Huppman, P.; Arlt, T.; Penzkofer, H.; Schmidt, S.; Bibikova, M.; Dohse, B.; Oesterhelt, D.; Wachtveit, J.; Zinth, W. Biophys. J. 2002, 82, 3186-3197
21. Napper, A. M.; Read, I.; Waldeck, D. H.; Kaplan, R. W.; Zimmt, M. B. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4784-4793
22. Jean, J. M.; Krueger, B. P. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2899-2909
23. Eng, M. P.; Martensson, J.; Albinsson, B. Chem.-Eur. J. 2008, 14, 2819-2826
24. Eng, M. P.; Albinsson, B. Chem. Phys. 2009, 357, 132-139
25. Selzer, Y.; Cabassi, M. A.; Mayer, T. S.; Allara, D. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4052-4053
26. Poot, M.; Osorio, E.; O'Neill, K.; Thijssen, J. M.; Vanmaekelbergh, D.; van Walree, C. A.; Jenneskens, L. W.; van der Zant, H. S. J. Nano Lett. 2006, 6, 1031-1035
27. Haiss, W.; Zalinge, H. v.; Bethell, D.; Ulstrup, J.; Schiffrin, D. J.; Nichols, R. J. Faraday Discuss. 2006, 131, 253-264
28. Liang, C.; Newton, M. D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 2855-2866
29. Onuchic, J. N.; Beratan, D. N.; Hopfield, J. J. J. Phys. Chem. 1986, 90, 3707-3721
30. Rösch, N.; Voityuk, A. A. Quantum Chemical Calculation of Donor-Acceptor Coupling for Charge Transfer in DNA. Long-Range Charge Transfer in DNA II; 2004; pp 37 - 72.
31. Prytkova, T. R.; Kurnikov, I. V.; Beratan, D. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1618-1625
32. Lambert, C.; Amthor, S.; Schelter, J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6474-6486
33. Voityuk, A. Chem. Phys. Lett. 2006, 427, 177-180
34. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151
35. Impact, 5.0 ed.; Schrödinger, LCC: New York, NY, 2008.
36. Patriksson, A.; Spoel, D. v. d. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2073-2077
37. Denschlag, R.; Lingenheil, M.; Tavan, P. Chem. Phys. Lett. 2009, 473, 193-195
38. Voityuk, A. A.; Rosch, N. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5607-5616
39. Cave, R. J.; Newton, M. D. J. Chem. Phys. 1997, 106, 9213-9226
40. Voityuk, A. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 17917-17921
41. Hsu, C.-P.; You, Z.-Q.; Chen, H.-C. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 1204-1212
42. Subotnik, J. E.; Cave, R. J.; Steele, R. P.; Shenvi, N. J. Chem. Phys. 2009, 130, 234102-234102
43. Ridley, J.; Zerner, M. Theor. Chem. Acc. 1973, 32, 111-134
44. Berlin, Y. A.; Burin, A. L.; Siebbeles, L. D. A.; Ratner, M. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 5666-5678