Analysis of measured and calculated raman spectra of indole, 3-methylindole, and tryptophan on the basis of observed and predicted isotope shifts

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 114, Issue 40, 2010, Pages 10897-10905

  Dieng, Senghane D ^a   Schelvis, Johannes P M ^a  

^a MONTCLAIR STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AROMATIC AMINO ACID; BASIS SETS; COMBINATION BANDS; COMPUTATIONAL WORK; DENSITY FUNCTIONAL THEORY CALCULATIONS; DYNAMIC CHANGES; ELECTRON-TRANSFER; ENZYME CATALYSIS; FERMI RESONANCES; FORCE FIELDS; ISOTOPE SHIFTS; ISOTOPOMERS; RAMAN BANDS; RAMAN SPECTRA; SCALING FACTORS; VIBRATIONAL NORMAL MODES;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ISOTOPES; PROTEINS; RAMAN SCATTERING; RAMAN SPECTROSCOPY;

AMINO ACIDS;

CARBON; DEUTERIUM; DRUG DERIVATIVE; INDOLE; INDOLE DERIVATIVE; NITROGEN; SKATOLE; TRYPTOPHAN;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; METHODOLOGY; RAMAN SPECTROMETRY;

CARBON ISOTOPES; COMPUTER SIMULATION; DEUTERIUM; INDOLES; MODELS, CHEMICAL; MOLECULAR STRUCTURE; NITROGEN ISOTOPES; SKATOLE; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN; TRYPTOPHAN;

EID: 77957837248     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp107295p     Document Type: Article

References (50)

1. Stubbe, J.; van der Donk, W. A. Chem. Rev. 1998, 98, 705
2. Bleifuss, G.; Kolberg, M.; Pötsch, S.; Hofbauer, W.; Bittl, R.; Lubitz, W.; Gräslund, A.; Lassmann, G.; lendzian, F. Biochemistry 2001, 40, 15362
3. Baldwin, J.; Krebs, C.; Ley, B. A.; Edmondson, D. E.; Huynh, B. H.; Bollinger, J. M., Jr. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12195
4. Barry, B. A.; Babcock, G. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 7099
5. Chouchane, S.; Girotto, S.; Yu, S.; Magliozzo, R. S. J. Biol. Chem. 2002, 277, 42633
6. Ivancich, A.; Jakopitsch, C.; Auer, M.; Un, S.; Obinger, C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14093
7. Sirajava, M.; Goodin, D. B.; Smith, M.; Hoffman, B. M. Science 1989, 245, 738
8. Kim, S.-T.; Sancar, A.; Essenmacher, C.; Babcock, G. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 8023
9. Aubert, C.; Vos, M. H.; Mathis, P.; Eker, A. P. M.; Brettel, K. Nature 2000, 405, 586
10. Miller, J. E.; Gradinaru, C.; Crane, B. R.; Di Bilio, A. J.; Wehbi, W. A.; Un, S.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14220
11. Sjödin, M.; Ghanem, R.; Polivka, T.; Pan, J.; Styring, S.; Sun, L.; Sundström, V.; Hammarström, L. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 4851
12. Sjödin, M.; Styring, S.; Wolpher, H.; Xu, Y.; Sun, L.; Hammarström, L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3855
13. Callis, P. R. Rev. Fluoresc. 2009, 4, 199
14. Rava, R. P.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 4062
15. Harada, I.; Miura, T.; Takeuchi, H. Spectrochim. Acta 1986, 42A, 307
16. Miura, T.; Takeuchi, H.; Harada, I. J. Raman Spectrosc. 1989, 20, 667
17. Rodgers, K. R.; Su, C.; Subramaniam, S.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3697
18. Maruyama, T.; Takeuchi, H. J. Raman Spectrosc. 1995, 26, 319
19. Overman, S. A.; Thomas, G. J., Jr. Biochemistry 1995, 34, 5440
20. Tsuboi, M.; Ueda, T.; Ushizawa, K.; Ezaki, Y.; Overman, S. A.; Thomas, G. J., Jr. J. Mol. Struct. 1996, 379, 43
21. Hu, X.; Spiro, T. G. Biochemistry 1997, 36, 15701
22. Hashimoto, S.; Fukasaka, J.-I.; Takeuchi, H. J. Raman Spectrosc. 2001, 32, 557
23. Takeuchi, H. Biopolymers 2003, 72, 305
24. Juszczak, L. J.; Desamero, R. Z. B. Biochemistry 2009, 48, 2777
25. Harada, I.; Takeuchi, H. In Spectroscopy of Biological Systems; Clark, R. J. H.; Hester, R. E., Eds.; Wiley: Chichester, U.K., 1986; Vol. 113.
26. Johnson, C. R.; Ludwig, M.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 905
27. Bisby, R. H.; Johnson, S. A.; Parker, A. W.; Tavender, S. M. Ann. Rep., Central Laser Facility; Rutherford Appleton Laboratory: UK, 1995; Vol. 154.
28. Gurudas, U.; Schelvis, J. P. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 12788
29. Shafaat, H. S.; Leigh, B. S.; Tauber, M. J.; Kim, J. E. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 382
30. Shafaat, H. S.; Leigh, B. S.; Tauber, M. J.; Kim, J. E. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9030
31. Hirakawa, A. Y.; Nishimura, Y.; Matsumoto, T.; Nakanishi, M.; Tsuboi, M. J. Raman Spectrosc. 1978, 7, 282
32. Lautié, A.; Lautié, M. F.; Gruger, A.; Fakhri, S. A. Spectrochim. Acta 1980, 36A, 85
33. Takeuchi, H.; Harada, I. Spectrochim. Acta 1986, 42A, 1069
34. Jensen, G. M.; Goodin, D. B.; Bunte, S. W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 954
35. Walden, S. E.; Wheeler, R. A. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1996, 2, 2653
36. Gallouj, H.; Lagant, P.; Vergoten, G. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 343
37. Bunte, S. W.; Jensen, G. M.; McNesby, K. L.; Goodin, D. B.; Chabalowski, C. F.; Nieminen, R. M.; Suhai, S.; Jalkanen, K. J. Chem. Phys. 2001, 265, 13
38. Combs, A.; McCann, K.; Autrey, D.; Laane, J.; Overman, S. A.; Thomas, G. J., Jr. J. Mol. Struct. 2005, 735-736, 271
39. Jalkanen, K. J.; Würtz Jürgensen, V.; Claussen, A.; Rahim, A.; Jensen, G. M.; Wade, R. C.; Nardi, F.; Jung, C.; Degtyarenko, I. M.; Nieminen, R. M.; Herrmann, F.; Knapp-Mohammed, M.; Niehaus, T. A.; Frimand, K.; Suhai, S. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 1160
40. Sundaraganesan, N.; Umamaheswari, H.; Joshua, B. D.; Meganathan, C.; Ramalingam, M. J. Mol. Struc. THEOCHEM 2008, 850, 84
41. Chuang, C.-H.; Chen, Y.-T. J. Raman Spectrosc. 2008, 40, 150
42. Walden, S. E.; Wheeler, R. A. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1996, 2, 2663
43. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.05; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2003.
44. Scott, A. P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502
45. Gaff, J. F.; Franzen, S. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 5414
46. Fodor, S. P. A.; Copeland, R. A.; Grygon, C. A.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 5509
47. Cao, X.; Fischer, G. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9995
48. Pulay, P.; Fogarasi, G.; Pongor, G.; Boggs, J. E.; Vargha, A. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 7037
49. Kozlowski, P. M.; Jarzecki, A. A.; Pulay, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 7007
50. Baker, J.; Jarzecki, A. A.; Pulay, P. J. Phys. Chem. A 1998, 112, 1412