Designing triple helical fragments: The crystal structure of the undecamer d(TGGCCTTAAGG) mimicking T•AT base triplets

Crystal Growth and Design

Volumn 10, Issue 10, 2010, Pages 4622-4629

  Van Hecke, Kristof ^a   Uytterhoeven, Koen ^a   Voet, Arnout ^a   De Maeyer, Marc ^a   Van Meervelt, Luc ^a  

^a UNIVERSITY OF LEUVEN   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CRYSTAL PACKINGS; ENGINEERING TECHNIQUES; STRUCTURAL MODELS;

MODEL STRUCTURES;

CRYSTAL STRUCTURE;

EID: 77957700302     PISSN: 15287483     EISSN: 15287505     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cg1009048     Document Type: Conference Paper

References (42)

1. Dervan, P. B. Nature 1992, 359, 87-88
2. Sun, J. -S.; Hélène, C. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 345-356
3. Frank-Kamenetskii, M. D.; Mirkin, S. M. Annu. Rev. Biochem. 1995, 64, 65-95
4. Maher, L. J.; Wold, B.; Dervan, P. B. Science 1989, 245, 725-730
5. Duval-Valentin, G.; Thuong, N. T.; Hélène, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 504-508
6. Cooney, M.; Czernuszewicz, G.; Postel, E. H.; Flint, S. J.; Hogan, M. E. Science 1988, 241, 456-459
7. Strobel, S. A.; Doucette-Stamm, L. A.; Riba, L.; Housman, D. E.; Dervan, P. B. Science 1991, 254, 1639-1642
8. Hsieh, P.; Camerini-Otero, C. S.; Camerini-Otero, R. D. Genes Dev. 1990, 4, 1951-1963
9. Kohwi, Y.; Malkhosyan, S. R.; Kowhi-Shigematsu, T. J. Mol. Biol. 1992, 223, 817-822
10. Brown, P. M.; Madden, C. A.; Fox, K. R. Biochemistry 1998, 37, 16139-16151
11. Simon, H.; Fortsch, I.; Burckhardt, G.; Gabrielyan, A.; Birch-Hirschfeld, E.; Stelzner, A.; Prévot-Halter, I.; Leumann, C.; Zimmer, C. Antisense Nucleic Acid Drug Development 1999, 9, 527-531
12. Obika, S.; Uneda, T.; Sugimoto, T.; Nanbu, D.; Minami, T.; Doi, T.; Imanishi, T. Bioorg. Med. Chem. 2001, 9, 1001-1011
13. Seidman, N. M.; Glazer, P. M. J. Clin. Invest 2003, 112, 487-494
14. Chin, J. Y.; Schleifman, E. B.; Glazer, P. M. Frontiers Biosci. 2007, 12, 4288-4297
15. Radhakrishnan, I.; Patel, D. J. Structure 1993, 1, 135-152
16. Radhakrishnan, I.; Patel, D. J. Structure 1994, 2, 17-32
17. Radhakrishnan, I.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1994, 241, 600-619
18. Sorensen, J. J.; Nielsen, J. T.; Petersen, M. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6078-6085
19. Betts, L.; Josey, J. A.; Veal, J. M.; Jordan, S. R. Science 1995, 270, 1838-1841
20. Liu, K. L.; Miles, H. T.; Parris, K. D.; Sasisekharan, V. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 11-12
21. Rhee, S.; Han, Z. -J.; Liu, K.; Miles, H. T.; Davies, D. R. Biochemistry 1999, 38, 16810-16815
22. Van Meervelt, L.; Vlieghe, D.; Dautant, A.; Gallois, B.; Précigoux, G.; Kennard, O. Nature 1995, 374, 742-744
23. Vlieghe, D.; Van Meervelt, L.; Dautant, A.; Gallois, B.; Précigoux, G.; Kennard, O. Science 1996, 273, 1702-1705
24. Vlieghe, D.; Van Meervelt, L.; Dautant, A.; Gallois, B.; Précigoux, G.; Kennard, O. Acta Crystallogr. 1996, D52, 766-775
25. Vlieghe, D.; Turkenburg, J. P.; Van Meervelt, L. Acta Crystallogr. 1999, D55, 1495-1502
26. Vlieghe, D.; Sponer, J.; Van Meervelt, L. Biochemistry 1999, 38, 16443-16451
27. Uytterhoeven, K.; Sponer, J.; Van Meervelt, L. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 2868-2877
28. Van Hecke, K.; Nam, P. C.; Nguyen, M. T.; Van Meervelt, L. FEBS J. 2005, 272, 3531-3541
29. Van Hecke, K.; Uytterhoeven, K.; Van Meervelt, L. Acta Crystallogr. 2007, F63, 52-55
30. Leslie, A. G. W. Joint CCP4 + ESF-EAMCB Newsletter on Protein Crystallography, 1992, No. 26.
31. Evans, P. R. Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter 1997, 33, 22-24
32. Collaborative Computational Project, Number 4, Acta Crystallogr. 1994, D50, 760 - 763.
33. McCoy, A. J.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Storoni, L. C.; Read, R. J. Acta Crystallogr. 2005, D62, 458-464
34. Murshudov, G. N.; Vagin, A. A.; Dodson, E. J. Acta Crystallogr. 1997, D53, 240-255
35. Emsley, P.; Cowtan, K. Acta Crystallogr. 2004, D60, 2126-2132
36. Olson, W. K.; Bansal, M.; Burley, S. K.; Dickerson, R. E.; Gerstein, M.; Harvey, S. C.; Heinemann, U.; Lu, X. -J.; Neidle, S.; Shakked, Z.; Sklenar, H.; Suzuki, M.; Tung, C. -S.; Westhof, E.; Wolberger, C.; Berman, H. M. J. Mol. Biol. 2001, 313, 229-237
37. Lu, X. -J.; Olson, W. K. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5108-5121
38. Delhaise, P.; Bardiaux, M.; De Maeyer, M.; Prevost, M.; Vanbelle, D.; Donneux, J.; Lasters, I.; Vancustem, E.; Alard, P.; Wodak, S. J. Mol. Graph. 1998, 6, 219-219
39. Fratini, A. V.; Kopka, M. L.; Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1982, 257, 14686-14707
40. Radhakrishnan, I.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 1615-1617
41. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242
42. Berman, H. M.; Olson, W. K.; Beveridge, D. L.; Westbrook, J.; Gelbin, A.; Demeny, T.; Hsieh, S. -H.; Srinivasan, A. R.; Schneider, B. Biophys. J. 1992, 63, 751-759